ჰოლანდიური მალაკა (1641–1825) იყო ყველაზე გრძელი პერიოდი, როდესაც მალაკა უცხოური კონტროლის ქვეშ იყო.ჰოლანდიელები თითქმის 183 წელი მართავდნენ ბრიტანეთის წყვეტილი ოკუპაციის დროს ნაპოლეონის ომების დროს (1795-1815).ამ ეპოქაში შედარებით მშვიდობა დაფიქსირდა მალაის სასულთნოთა მხრიდან მცირე სერიოზული შეფერხებით ჰოლანდიელებსა და ჯოჰორის სულთანატს შორის 1606 წელს დამყარებული ურთიერთგაგების გამო. ამჯერად ასევე აღინიშნება მალაკას მნიშვნელობის შემცირება.ჰოლანდიელებმა ამჯობინეს ბატავია (დღევანდელი ჯაკარტა), როგორც მათი ეკონომიკური და ადმინისტრაციული ცენტრი რეგიონში, ხოლო მალაკაში მათი დაკავება იყო, რათა თავიდან აიცილონ ქალაქის დაკარგვა სხვა ევროპული ძალებისთვის და, შემდგომში, კონკურენცია, რომელიც მოჰყვებოდა მას.ამრიგად, მე-17 საუკუნეში, როდესაც მალაკამ შეწყვიტა მნიშვნელოვანი პორტი, ჯოჰორის სულთანატი გახდა დომინანტური ადგილობრივი ძალა რეგიონში მისი პორტების გახსნისა და ჰოლანდიელებთან ალიანსის გამო.