კენედის ადმინისტრაცია აგრძელებდა გზების ძიებას კასტროს განდევნის მიზნით ღორების ყურეში შემოჭრის შემდეგ, ცდილობდა კუბის მთავრობის დამხობის ფარულად ხელშეწყობის სხვადასხვა გზებს.მნიშვნელოვანი იმედები იყო ამყარებული ტერორისტული თავდასხმების და სხვა დესტაბილიზაციის ოპერაციების პროგრამაზე, რომელიც ცნობილია როგორც Operation Mongoose, რომელიც შემუშავებული იყო კენედის ადმინისტრაციის დროს 1961 წელს. ხრუშჩოვმა პროექტის შესახებ შეიტყო 1962 წლის თებერვალში და საპასუხოდ დაიწყო კუბაში საბჭოთა ბირთვული რაკეტების დასაყენებლად მზადება.შეშფოთებულმა კენედიმ განიხილა სხვადასხვა რეაქცია.მან საბოლოოდ უპასუხა კუბაში ბირთვული რაკეტების დაყენებას საზღვაო ბლოკადით და ულტიმატუმი წარუდგინა საბჭოთა კავშირს .ხრუშჩოვმა უკან დაიხია დაპირისპირება და საბჭოთა კავშირმა ამოიღო რაკეტები საჯარო ამერიკელების დაპირების სანაცვლოდ, რომ აღარ შეჭრილიყვნენ კუბაში, ისევე როგორც ფარული შეთანხმება თურქეთიდან ამერიკული რაკეტების ამოღების შესახებ.მოგვიანებით კასტრომ აღიარა, რომ "მე დავთანხმდებოდი ბირთვული იარაღის გამოყენებას... ჩვენ ჩავთვალეთ, რომ ის მაინც ატომურ ომად გადაიქცევა და ჩვენ ვაპირებდით გაქრობას".კუბის სარაკეტო კრიზისმა (1962 წლის ოქტომბერი-ნოემბერი) მსოფლიო უფრო ახლოს მიიყვანა ბირთვულ ომთან, ვიდრე ოდესმე.კრიზისის შედეგებმა გამოიწვია ბირთვული შეიარაღების რბოლაში ბირთვული განიარაღებისა და ურთიერთობების გაუმჯობესების პირველი მცდელობები, თუმცა ცივი ომის პირველი იარაღის კონტროლის შეთანხმება, ანტარქტიდის ხელშეკრულება, ძალაში შევიდა 1961 წელს.1964 წელს ხრუშჩოვის კრემლის კოლეგებმა მოახერხეს მისი განდევნა, მაგრამ მშვიდობიანი პენსიაზე გასვლის საშუალება მისცეს.უხეშობასა და არაკომპეტენტურობაში ბრალდებული ჯონ ლუის გადისი ამტკიცებს, რომ ხრუშჩოვს ასევე მიაწერეს საბჭოთა სოფლის მეურნეობის დანგრევა, მსოფლიო ბირთვული ომის ზღვარზე მიყვანა და რომ ხრუშჩოვი იქცა "საერთაშორისო სირცხვილად", როდესაც მან ბერლინის კედლის აშენების უფლება მისცა.