Խաչակիրները սկսեցին լքել Կոստանդնուպոլիսը 1097 թվականի ապրիլի վերջին: Գոդֆրի Բուլյոնացին առաջինն էր, ով ժամանեց Նիկիա, Բոհեմոնդ Տարանտացին, Բոհեմոնդի եղբորորդին՝ Տանկրեդը, Ռայմոնդ IV-ը Թուլուզացին և Ռոբերտ II Ֆլանդրացին, որին հետևում էին Պետրոսի հետ միասին: Ճգնավորը և Ժողովրդական խաչակրաց արշավանքից փրկվածներից մի քանիսը և
բյուզանդական փոքրաթիվ ուժեր Մանուել Բուտումիտի ղեկավարությամբ:Նրանք ժամանեցին մայիսի 6-ին, ուտելիքի խիստ պակասով, բայց Բոհեմոնդը կազմակերպեց, որ սնունդը բերվի ցամաքով և ծովով:Նրանք քաղաքը պաշարեցին մայիսի 14-ից՝ իրենց ուժերը տեղակայելով պարիսպների տարբեր հատվածներում, որը լավ պաշտպանված էր 200 աշտարակներով։Բոհեմոնդը բանակեց քաղաքի հյուսիսային կողմում, Գոդֆրին հարավում, իսկ Ռայմոնդն ու Ադեմարը Լե Պույից՝ արևելյան դարպասի վրա։Մայիսի 16-ին թուրք պաշտպանները հարձակվեցին խաչակիրների վրա, սակայն
թուրքերը պարտություն կրեցին 200 հոգու կորստով։Թուրքերը հաղորդագրություններ ուղարկեցին Քիլիջ Արսլանին՝ աղաչելով նրան վերադառնալ, և երբ նա հասկացավ խաչակիրների ուժը, արագ ետ դարձավ։Մայիսի 20-ին Ռայմոնդ և Ռոբերտ II Ֆլանդրացու ղեկավարությամբ զորքերը ջախջախեցին առաջխաղացման խումբը, իսկ մայիսի 21-ին խաչակիրների բանակը ջախջախեց Կիլիջին մարտում, որը երկար տևեց մինչև գիշեր:Կորուստները երկու կողմից էլ ծանր էին, բայց ի վերջո սուլթանը նահանջեց՝ չնայած Նիկիայի թուրքերի աղաչանքին։Մնացած խաչակիրները ժամանեցին մայիսի մնացած ժամանակահատվածում, իսկ հունիսի սկզբին ժամանեցին Ռոբերտ Քերթոզը և Բլուայի Սթիվենը:Միևնույն ժամանակ, Ռայմոնդը և Ադեմարը կառուցեցին մեծ պաշարման շարժիչ, որը գլորվեց մինչև Գոնատաս աշտարակը, որպեսզի պաշտպաններին ներգրավի պատերին, մինչդեռ հանքագործները ականապատում էին աշտարակը ներքևից:Աշտարակը վնասվել է, սակայն հետագա առաջընթաց չի գրանցվել։Բյուզանդիայի կայսր Ալեքսիոս I-ը նախընտրեց չուղեկցել խաչակիրներին, բայց դուրս եկավ նրանց հետևից և ճամբար դրեց մոտակա Պելեկանումում:Այնտեղից նա նավակներ ուղարկեց՝ գլորվելով ցամաքի վրայով, որպեսզի օգնի խաչակիրներին շրջափակել Ասկանիոս լիճը, որը մինչ այս պահը թուրքերն օգտագործում էին Նիկիայի պարենամթերք մատակարարելու համար։Նավակները ժամանեցին հունիսի 17-ին՝ Մանուել Բուտումիտեսի հրամանատարությամբ։Ուղարկվեց նաև Թաթիկիոս զորավարը՝ 2000 հետիոտնով։Ալեքսիոսը Բուտումիտներին հանձնարարել էր գաղտնի բանակցել քաղաքը հանձնելու մասին՝ առանց խաչակիրների իմացության։Տատիկիոսին հանձնարարվել է միանալ խաչակիրներին և ուղիղ հարձակում գործել պարիսպների վրա, մինչդեռ բուտումացիները նույն կերպ կձևացնեին, որպեսզի թվաց, թե բյուզանդացիները քաղաքը գրավել են մարտում։Դա արվեց, և հունիսի 19-ին թուրքերը հանձնվեցին բուտումիտներին:Երբ խաչակիրները հայտնաբերեցին Ալեքսիոսի արածը, նրանք բավականին զայրացան, քանի որ հույս ունեին թալանել քաղաքը փողի և պաշարների համար:Բուտումիտը, սակայն, կոչվեց Նիկիայի դուքս և խաչակիրներին արգելեց մտնել 10 հոգուց ավելի խմբերի մեջ։Բուտումիները վտարեցին նաև թուրք գեներալներին, որոնց նա համարում էր նույնքան անվստահելի։Քիլիջ Արսլանի ընտանիքը գնաց Կոստանդնուպոլիս և ի վերջո ազատ արձակվեց առանց փրկագնի:Ալեքսիոսը խաչակիրներին փող, ձիեր և այլ նվերներ տվեց, բայց խաչակիրներին դա դուր չեկավ՝ հավատալով, որ կարող էին ավելին ունենալ, եթե իրենք գրավեին Նիկիան։Բուտումիտները թույլ չէին տա նրանց հեռանալ, քանի դեռ նրանք բոլորը վասալության երդում չեն տվել Ալեքսիոսին, եթե դեռ դա չանեին Կոստանդնուպոլսում:Ինչպես Կոստանդնուպոլսում, Թանկրեդը սկզբում հրաժարվեց, բայց ի վերջո տեղի տվեց:Հունիսի 26-ին խաչակիրները լքեցին Նիկիայի երկու զորախումբ՝ Բոհեմոնդը, Տանկրեդը, Ֆլանդրիայի Ռոբերտ II-ը և Տատիկիոսը ավանգարդում, իսկ Գոդֆրին, Բուլոնյան Բոլդվինը, Ստեֆանն ու Հյու Վերմանդուան՝ հետևում։Տատիկիոսին հանձնարարվել է ապահովել գրավված քաղաքների վերադարձը կայսրությանը։Նրանց տրամադրությունը բարձր էր, և Ստեֆանը գրեց իր կնոջը՝ Ադելային, որ նրանք ակնկալում են, որ հինգ շաբաթից Երուսաղեմում կլինեն։