1997 সালের নির্বাচনে, রক্ষণশীল দল একটি উল্লেখযোগ্য সংখ্যাগরিষ্ঠতা অর্জন করে, যা তাদেরকে প্রধানমন্ত্রীর ক্ষমতার উপর চেক এবং ভারসাম্য কমাতে সংবিধান সংশোধন করতে সক্ষম করে।প্রেসিডেন্ট ফারুক লেঘারি, জয়েন্ট চিফ অফ স্টাফ কমিটির চেয়ারম্যান জেনারেল জাহাঙ্গীর কারামাত, নৌবাহিনীর প্রধান অ্যাডমিরাল ফাসিহ বোখারি এবং প্রধান বিচারপতি সাজ্জাদ আলি শাহের মতো গুরুত্বপূর্ণ ব্যক্তিদের কাছ থেকে নওয়াজ শরিফ প্রাতিষ্ঠানিক চ্যালেঞ্জের মুখোমুখি হন।শরীফ সফলভাবে এই চ্যালেঞ্জ মোকাবেলা করেন, যার ফলে চারজনই পদত্যাগ করেন, প্রধান বিচারপতি শাহ শরীফের সমর্থকদের দ্বারা সুপ্রিম কোর্টে হামলার পর পদত্যাগ করেন।1998 সালে ভারতীয় পারমাণবিক পরীক্ষার (অপারেশন শক্তি) পরে ভারতের সাথে উত্তেজনা বৃদ্ধি পায়।এর প্রতিক্রিয়ায়, শরীফ একটি মন্ত্রিপরিষদ প্রতিরক্ষা কমিটির বৈঠক ডাকেন এবং পরবর্তীতে চাগাই পাহাড়ে পাকিস্তানের নিজস্ব পারমাণবিক পরীক্ষার নির্দেশ দেন।আন্তর্জাতিকভাবে নিন্দা করা হলেও, এই পদক্ষেপটি অভ্যন্তরীণভাবে জনপ্রিয় ছিল এবং ভারতীয় সীমান্তে সামরিক প্রস্তুতি বাড়িয়েছিল।পারমাণবিক পরীক্ষার পর আন্তর্জাতিক সমালোচনায় শরীফের কঠোর প্রতিক্রিয়ার মধ্যে রয়েছে পারমাণবিক বিস্তারের জন্য ভারতের নিন্দা করা এবংজাপানে পারমাণবিক অস্ত্রের ঐতিহাসিক ব্যবহারের জন্য মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের সমালোচনা করা:বিশ্ব, [ভারত] উপর চাপ দেওয়ার পরিবর্তে... ধ্বংসাত্মক রাস্তা না নেওয়ার জন্য... তার কোনো দোষ ছাড়াই [পাকিস্তানের] উপর সব ধরনের নিষেধাজ্ঞা আরোপ করেছে...!যদি জাপানের নিজস্ব পারমাণবিক সক্ষমতা থাকত...তার নেতৃত্বে পাকিস্তান সপ্তম ঘোষিত পারমাণবিক অস্ত্র সমৃদ্ধ রাষ্ট্র এবং মুসলিম বিশ্বের প্রথম রাষ্ট্রে পরিণত হয়।পারমাণবিক উন্নয়নের পাশাপাশি, শরীফের সরকার পাকিস্তান এনভায়রনমেন্টাল প্রোটেকশন এজেন্সি প্রতিষ্ঠা করে পরিবেশ নীতি বাস্তবায়ন করে।ভুট্টোর সাংস্কৃতিক নীতি অব্যাহত রেখে, শরীফ ভারতীয় মিডিয়ায় কিছু প্রবেশের অনুমতি দিয়েছিলেন, মিডিয়া নীতিতে সামান্য পরিবর্তন চিহ্নিত করে।