1999 থেকে 2007 সাল পর্যন্ত পারভেজ মোশাররফের রাষ্ট্রপতির সময় প্রথমবারের মতো উদারপন্থী বাহিনী পাকিস্তানে উল্লেখযোগ্য ক্ষমতায় অধিষ্ঠিত হয়েছিল।সিটি ব্যাংকের নির্বাহী শওকত আজিজ অর্থনীতির নিয়ন্ত্রণ নিয়ে অর্থনৈতিক উদারীকরণ, বেসরকারীকরণ এবং মিডিয়ার স্বাধীনতার জন্য উদ্যোগগুলি চালু করা হয়েছিল।মোশাররফের সরকার উদারপন্থী দলগুলোর রাজনৈতিক কর্মীদের সাধারণ ক্ষমা মঞ্জুর করে, রক্ষণশীল এবং বামপন্থীদের পাশ কাটিয়ে।ভারতের সাংস্কৃতিক প্রভাব মোকাবেলা করার লক্ষ্যে মুশাররফ বেসরকারি মিডিয়াকে উল্লেখযোগ্যভাবে প্রসারিত করেছিলেন।সুপ্রিম কোর্ট 2002 সালের অক্টোবরের মধ্যে সাধারণ নির্বাচনের নির্দেশ দেয়, এবং মুশাররফ 2001 সালে আফগানিস্তানে মার্কিন আক্রমণকে সমর্থন করে। কাশ্মীর নিয়ে ভারতের সাথে উত্তেজনা 2002 সালে একটি সামরিক স্থবিরতা সৃষ্টি করে।মোশাররফের 2002 সালের গণভোট, বিতর্কিত বলে বিবেচিত, তার রাষ্ট্রপতির মেয়াদ বৃদ্ধি করে।2002 সালের সাধারণ নির্বাচনে উদারপন্থী এবং কেন্দ্রবাদীরা সংখ্যাগরিষ্ঠতা অর্জন করে, মোশাররফের সমর্থনে সরকার গঠন করে।পাকিস্তানের সংবিধানের 17 তম সংশোধনী মোশাররফের কর্মকে বৈধতা দেয় এবং তার রাষ্ট্রপতির মেয়াদ বাড়িয়ে দেয়।শওকত আজিজ 2004 সালে প্রধানমন্ত্রী হন, অর্থনৈতিক প্রবৃদ্ধির দিকে মনোনিবেশ করেন কিন্তু সামাজিক সংস্কারের জন্য বিরোধিতার সম্মুখীন হন।মুশাররফ এবং আজিজ আল-কায়েদার সাথে যুক্ত একাধিক হত্যা প্রচেষ্টা থেকে বেঁচে যান।আন্তর্জাতিকভাবে, পারমাণবিক বিস্তারের অভিযোগ তাদের বিশ্বাসযোগ্যতাকে কলঙ্কিত করেছে।গার্হস্থ্য চ্যালেঞ্জের মধ্যে ছিল উপজাতীয় এলাকায় সংঘর্ষ এবং 2006 সালে তালেবানের সাথে যুদ্ধবিরতি, যদিও সাম্প্রদায়িক সহিংসতা অব্যাহত ছিল।