1958 সালে, সামরিক আইন জারির মাধ্যমে পাকিস্তানের সংসদীয় ব্যবস্থার অবসান ঘটে।বেসামরিক আমলাতন্ত্র ও প্রশাসনের দুর্নীতির প্রতি জনগণের মোহভঙ্গ জেনারেল আইয়ুব খানের কর্মকাণ্ডকে সমর্থন করে।^[১৬] সামরিক সরকার উল্লেখযোগ্য ভূমি সংস্কার গ্রহণ করে এবং এইচ এস সোহরাওয়ার্দীকে সরকারি পদ থেকে বাদ দিয়ে ইলেকটিভ বডিজ ডিসকোয়ালিফিকেশন অর্ডার কার্যকর করে।খান "বেসিক ডেমোক্রেসি" প্রবর্তন করেন, একটি নতুন রাষ্ট্রপতি ব্যবস্থা যেখানে 80,000 জনের একটি ইলেক্টোরাল কলেজ রাষ্ট্রপতিকে নির্বাচিত করে এবং 1962 সালের সংবিধান জারি করে।^[১৭] 1960 সালে, আইয়ুব খান একটি জাতীয় গণভোটে জনসমর্থন অর্জন করেন, একটি সামরিক থেকে একটি সাংবিধানিক বেসামরিক সরকারে রূপান্তরিত হয়।^[১৬]আইয়ুব খানের রাষ্ট্রপতির সময় উল্লেখযোগ্য উন্নয়নের মধ্যে ছিল করাচি থেকে ইসলামাবাদে রাজধানীর অবকাঠামো স্থানান্তর করা।"মহান দশক" নামে পরিচিত এই যুগটি পপ সঙ্গীত, চলচ্চিত্র এবং নাটক শিল্পের ^{[উত্থান]} সহ অর্থনৈতিক উন্নয়ন এবং সাংস্কৃতিক পরিবর্তনের জন্য পালিত হয়।আইয়ুব খান সেন্ট্রাল ট্রিটি অর্গানাইজেশন (CENTO) এবং দক্ষিণ-পূর্ব এশিয়া চুক্তি সংস্থা (SEATO)-এ যোগদান করে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র এবং পশ্চিমা বিশ্বের সাথে পাকিস্তানকে একত্রিত করেন।বেসরকারী খাত বেড়েছে, এবং দেশটি শিক্ষা, মানব উন্নয়ন এবং বিজ্ঞানে অগ্রগতি করেছে, যার মধ্যে একটি মহাকাশ কর্মসূচি চালু করা এবং পারমাণবিক বিদ্যুৎ কার্যক্রম চালিয়ে যাওয়া।^[১৮]যাইহোক, 1960 সালে U2 গুপ্তচর বিমানের ঘটনা পাকিস্তান থেকে গোপন মার্কিন অভিযানকে প্রকাশ করে, জাতীয় নিরাপত্তার সাথে আপোষ করে।একই বছর সম্পর্ক স্বাভাবিক করতে পাকিস্তান ভারতের সঙ্গে সিন্ধু জল চুক্তি স্বাক্ষর করে।^[১৯] চীনের সাথে সম্পর্ক জোরদার হয়, বিশেষ করে চীন-ভারত যুদ্ধের পর, যার ফলে 1963 সালে একটি সীমানা চুক্তি হয় যা শীতল যুদ্ধের গতিশীলতা পরিবর্তন করে।1964 সালে, পাকিস্তানি সশস্ত্র বাহিনী পশ্চিম পাকিস্তানে একটি সন্দেহভাজন কমিউনিস্টপন্থী বিদ্রোহকে দমন করে এবং 1965 সালে, আইয়ুব খান ফাতিমা জিন্নাহর বিরুদ্ধে বিতর্কিত রাষ্ট্রপতি নির্বাচনে অল্পের জন্য জয়লাভ করেন।