1999 সালে, পাকিস্তান জেনারেল পারভেজ মোশাররফের নেতৃত্বে একটি রক্তপাতহীন সামরিক অভ্যুত্থানের সম্মুখীন হয় এবং জয়েন্ট স্টাফ সদর দফতরের সামরিক কর্মীরা।12 অক্টোবর, তারা প্রধানমন্ত্রী নওয়াজ শরিফের বেসামরিক সরকারের কাছ থেকে নিয়ন্ত্রণ দখল করে।দুই দিন পর, মোশাররফ প্রধান নির্বাহী হিসেবে পাকিস্তানের সংবিধান বিতর্কিতভাবে স্থগিত করেন।শরীফের প্রশাসন ও সামরিক বাহিনীর মধ্যে বিশেষ করে জেনারেল মোশাররফের মধ্যে উত্তেজনা বৃদ্ধির মাধ্যমে অভ্যুত্থানটি পরিচালিত হয়েছিল।মোশাররফের স্থলাভিষিক্ত হয়ে লেফটেন্যান্ট-জেনারেল জিয়াউদ্দিন বাটকে সেনাপ্রধান করার জন্য শরীফের প্রচেষ্টা জ্যেষ্ঠ সামরিক কর্মকর্তাদের প্রতিরোধের সম্মুখীন হয় এবং বাটকে আটকে নিয়ে যায়।অভ্যুত্থানের মৃত্যুদন্ড দ্রুত ছিল।17 ঘন্টার মধ্যে, সামরিক কমান্ডাররা গুরুত্বপূর্ণ সরকারী প্রতিষ্ঠানগুলি দখল করে, শরীফ এবং তার ভাই সহ তার প্রশাসনকে গৃহবন্দী করে।সামরিক বাহিনী গুরুত্বপূর্ণ যোগাযোগ অবকাঠামোর নিয়ন্ত্রণও নিয়েছে।প্রধান বিচারপতি ইরশাদ হাসান খানের নেতৃত্বে পাকিস্তানের সুপ্রিম কোর্ট সামরিক আইনকে "প্রয়োজনীয়তার মতবাদ" এর অধীনে বৈধতা দিয়েছে, কিন্তু এর মেয়াদ তিন বছরের মধ্যে সীমিত করেছে।মোশাররফকে বহনকারী একটি বিমানে জীবন বিপন্ন করার জন্য শরীফের বিচার এবং দোষী সাব্যস্ত করা হয়েছিল, একটি সিদ্ধান্ত যা বিতর্কের জন্ম দেয়।2000 সালের ডিসেম্বরে, মোশাররফ অপ্রত্যাশিতভাবে শরীফকে ক্ষমা করে দেন, যিনি তখন সৌদি আরবে উড়ে যান।2001 সালে, রাষ্ট্রপতি রফিক তারারকে পদত্যাগ করতে বাধ্য করার পর মোশাররফ রাষ্ট্রপতি হন।2002 সালের এপ্রিলে একটি জাতীয় গণভোট, অনেকের দ্বারা প্রতারণামূলক হিসাবে সমালোচিত, মোশাররফের শাসনের মেয়াদ বাড়িয়ে দেয়।2002 সালের সাধারণ নির্বাচন গণতন্ত্রে ফিরে আসে, মোশাররফের পিএমএল (কিউ) সংখ্যালঘু সরকার গঠন করে।