1511 সালে, মালাক্কা পর্তুগিজদের হাতে পড়ে এবং সুলতান মাহমুদ শাহ মালাক্কা ছেড়ে পালাতে বাধ্য হন।সুলতান রাজধানী পুনরুদ্ধারের জন্য অনেক চেষ্টা করেছিলেন কিন্তু তার প্রচেষ্টা ব্যর্থ হয়।পর্তুগিজরা প্রতিশোধ নেয় এবং সুলতানকে পাহাংয়ে পালিয়ে যেতে বাধ্য করে।পরে, সুলতান বিনতানে যান এবং সেখানে একটি নতুন রাজধানী স্থাপন করেন।একটি ঘাঁটি স্থাপন করে, সুলতান বিশৃঙ্খল মালয় বাহিনীকে সমাবেশ করেন এবং পর্তুগিজ অবস্থানের বিরুদ্ধে বেশ কয়েকটি আক্রমণ ও অবরোধ সংগঠিত করেন।পেকান তুয়া, সুঙ্গাই তেলুর, জোহরে ভিত্তি করে, জোহর সালতানাত প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল রাজা আলী ইবনে সুলতান মাহমুদ মেলাকা, যিনি সুলতান আলাউদ্দিন রিয়াত শাহ দ্বিতীয় (1528-1564) নামে পরিচিত, 1528 সালে ^{[। 53]} যদিও সুলতান আলাউদ্দিন রিয়াত শাহ এবং তার উত্তরসূরি ছিলেন। মালাক্কায় পর্তুগিজদের এবং সুমাত্রায় আচেনিদের আক্রমণের সাথে লড়াই করতে হয়েছিল, তারা জোহর সালতানাতের উপর তাদের দখল বজায় রাখতে সক্ষম হয়েছিল।মালাক্কায় ঘন ঘন অভিযান পর্তুগিজদের মারাত্মক কষ্টের কারণ হয় এবং এটি পর্তুগিজদের নির্বাসিত সুলতানের বাহিনীকে ধ্বংস করতে রাজি করতে সাহায্য করে।মালয়দের দমন করার জন্য অনেক চেষ্টা করা হয়েছিল কিন্তু 1526 সাল পর্যন্ত পর্তুগিজরা বিনতানকে মাটিতে ফেলে দেয়।এরপর সুলতান সুমাত্রার কাম্পারে ফিরে যান এবং দুই বছর পর মারা যান।তিনি মুজাফফর শাহ ও দ্বিতীয় আলাউদ্দিন রিয়াত শাহ নামে দুই পুত্র রেখে গেছেন।^[৫৩] মুজাফফর শাহ পেরাক প্রতিষ্ঠা অব্যাহত রাখেন এবং আলাউদ্দিন রিয়াত শাহ জোহরের প্রথম সুলতান হন।^[৫৩]