মালাক্কান রাজবংশের শেষ সুলতান, সুলতান মাহমুদ শাহ দ্বিতীয়, তার অনিয়মিত আচরণের জন্য পরিচিত ছিলেন, যা বেনদেহারা হাবিবের মৃত্যুর পরে এবং বেনদাহারা আবদুল জলিলের পরবর্তী নিয়োগের পরে অনেকাংশে নিয়ন্ত্রণহীন হয়ে পড়েছিল।এই আচরণের পরিসমাপ্তি ঘটে সুলতান একটি ছোটখাট অপরাধের জন্য একজন সম্ভ্রান্তের গর্ভবতী স্ত্রীর মৃত্যুদণ্ডের আদেশে।প্রতিশোধ স্বরূপ, সুলতানকে সংক্ষুব্ধ অভিজাতদের দ্বারা হত্যা করা হয়, 1699 সালে সিংহাসনটি শূন্য হয়। ওরাং কায়স, সুলতানের উপদেষ্টা, সা আকর দিরাজা, মুয়ার রাজা তেমেনগং-এর দিকে ফিরে যান, যিনি বেনদাহারা আব্দুল জলিলকে সিংহাসনের উত্তরাধিকারী হওয়ার পরামর্শ দিয়েছিলেন।যাইহোক, উত্তরাধিকার কিছু অসন্তোষের সাথে দেখা হয়েছিল, বিশেষ করে ওরাং লাউট থেকে।অস্থিতিশীলতার এই সময়কালে, জোহরের দুটি প্রভাবশালী গোষ্ঠী - বুগিস এবং মিনাংকাবাউ - ক্ষমতা দখল করার একটি সুযোগ দেখেছিল।মিনাংকাবাউ রাজা কেসিলকে পরিচয় করিয়ে দেন, একজন রাজপুত্র যিনি নিজেকে সুলতান দ্বিতীয় মাহমুদের মরণোত্তর পুত্র বলে দাবি করেন।ধন ও ক্ষমতার প্রতিশ্রুতি দিয়ে, বুগিরা প্রথমে রাজা কেসিলকে সমর্থন করেছিল।যাইহোক, রাজা কেসিল তাদের সাথে বিশ্বাসঘাতকতা করেন এবং তাদের সম্মতি ছাড়াই নিজেকে জোহরের সুলতানের মুকুট পরিয়ে দেন, যার ফলে পূর্ববর্তী সুলতান আব্দুল জলিল চতুর্থ পালিয়ে যান এবং শেষ পর্যন্ত তাকে হত্যা করা হয়।প্রতিশোধ হিসেবে, বুগিরা সুলতান আব্দুল জলিল চতুর্থের পুত্র রাজা সুলাইমানের সাথে বাহিনীতে যোগ দেয়, যার ফলে 1722 সালে রাজা কেসিলের সিংহাসনচ্যুত হয়। রাজা সুলাইমান যখন সুলতান হিসেবে আরোহণ করেন, তখন তিনি বুগিদের দ্বারা প্রবলভাবে প্রভাবিত হন, যারা কার্যত জোহরকে শাসন করেন।18 শতকের মাঝামাঝি সুলতান সুলাইমান বদরুল আলম শাহের শাসনামল জুড়ে, বুগিরা জোহরের প্রশাসনের উপর উল্লেখযোগ্য নিয়ন্ত্রণ প্রয়োগ করেছিল।তাদের প্রভাব এতটাই বৃদ্ধি পায় যে 1760 সাল নাগাদ, বিভিন্ন বুগিস পরিবার তাদের আধিপত্যকে আরও সুসংহত করে জোহর রাজকীয় বংশের মধ্যে আন্তঃবিবাহ করে।তাদের নেতৃত্বে, জোহর অর্থনৈতিক প্রবৃদ্ধির অভিজ্ঞতা লাভ করেছিল, যা চীনা ব্যবসায়ীদের একীভূতকরণের দ্বারা শক্তিশালী হয়েছিল।যাইহোক, 18 শতকের শেষের দিকে, তেমেনগং গোষ্ঠীর এনককাউ মুদা ক্ষমতা পুনরুদ্ধার করতে শুরু করে, তেমেনগং আব্দুল রহমান এবং তার বংশধরদের নির্দেশনায় সুলতানির ভবিষ্যতের সমৃদ্ধির ভিত্তি স্থাপন করে।