1258 এবং 1291 সালের মধ্যে, মঙ্গোল আক্রমণকারীদের , মাঝে মাঝে ক্রুসেডারদের সাথে এবংমিশরেরমামলুকদের মধ্যকার সীমান্ত হিসাবে এই অঞ্চলটি অশান্তির সম্মুখীন হয়েছিল।এই সংঘাতের ফলে উল্লেখযোগ্য জনসংখ্যা হ্রাস এবং অর্থনৈতিক কষ্ট হয়।মামলুকরা বেশিরভাগই ছিল তুর্কি বংশোদ্ভূত, এবং তাদের শিশু হিসাবে কেনা হয়েছিল এবং তারপর যুদ্ধের প্রশিক্ষণ দেওয়া হয়েছিল।তারা ছিল অত্যন্ত মূল্যবান যোদ্ধা, যারা শাসকদের দেশীয় অভিজাতদের স্বাধীনতা দিয়েছিল।মিশরে ক্রুসেডারদের (সপ্তম ক্রুসেড) ব্যর্থ আক্রমণের পর তারা রাজ্যের নিয়ন্ত্রণ নেয়।মামলুকরা মিশরে নিয়ন্ত্রণ নেয় এবং ফিলিস্তিনে তাদের শাসন বিস্তৃত করে।প্রথম মামলুক সুলতান, কুতুজ, আইন জালুতের যুদ্ধে মঙ্গোলদের পরাজিত করেছিলেন, কিন্তু বাইবার্স দ্বারা তাকে হত্যা করা হয়েছিল, যিনি তার উত্তরাধিকারী হন এবং বেশিরভাগ ক্রুসেডার ফাঁড়িগুলিকে নির্মূল করেছিলেন।মামলুকরা 1516 সাল পর্যন্ত ফিলিস্তিনকে সিরিয়ার অংশ হিসাবে শাসন করেছিল।হেব্রনে, ইহুদিরা প্যাট্রিয়ার্কস গুহায় বিধিনিষেধের সম্মুখীন হয়েছিল, ইহুদি ধর্মের একটি উল্লেখযোগ্য স্থান, একটি সীমাবদ্ধতা যা ছয় দিনের যুদ্ধ পর্যন্ত অব্যাহত ছিল।^[১৪৬]আল-আশরাফ খলিল, একজন মামলুক সুলতান, 1291 সালে ক্রুসেডারদের শেষ শক্ত ঘাঁটি দখল করেন। মামলুকরা, আইয়ুবিদের নীতি অব্যাহত রেখে, সম্ভাব্য ক্রুসেডার সামুদ্রিক আক্রমণ প্রতিরোধ করার জন্য টায়ার থেকে গাজা পর্যন্ত উপকূলীয় অঞ্চলগুলিকে কৌশলগতভাবে ধ্বংস করে।এই ধ্বংসযজ্ঞ এই এলাকায় দীর্ঘমেয়াদী জনসংখ্যা এবং অর্থনৈতিক পতনের দিকে পরিচালিত করে।^[১৪৭]ফিলিস্তিনের ইহুদি সম্প্রদায় 1492 সালেস্পেন থেকে বিতাড়িত হওয়ার পরে এবং 1497 সালে পর্তুগালে নিপীড়নের পরে সেফার্ডিক ইহুদিদের আগমনের সাথে পুনরুজ্জীবন দেখেছিল। মামলুক এবং পরবর্তীতে অটোমান শাসনের অধীনে, এই সেফার্ডিক ইহুদিরা প্রধানত সাফেদ এবং জেরুজালেমের মতো শহুরে অঞ্চলে বসতি স্থাপন করেছিল। বেশিরভাগ গ্রামীণ মুস্তা'আরবি ইহুদি সম্প্রদায়।^[১৪৮]