1997-2005 সালে রাষ্ট্রপতি হিসাবে মোহাম্মদ খাতামির দুই মেয়াদের আট বছরকে কখনও কখনও ইরানের সংস্কার যুগ বলা হয়।^[122] মোহাম্মদ খাতামির রাষ্ট্রপতিত্ব, 23 মে, 1997 থেকে শুরু করে, ইরানের রাজনৈতিক ভূখণ্ডে একটি উল্লেখযোগ্য পরিবর্তন চিহ্নিত করে, যা সংস্কার ও আধুনিকীকরণের উপর জোর দেয়।প্রায় 80% এর উচ্চ ভোটের মধ্যে উল্লেখযোগ্য 70% ভোটের সাথে নির্বাচনে জয়ী হওয়া, খাতামির বিজয় ঐতিহ্যবাহী বামপন্থী, অর্থনৈতিক উন্মুক্ততার পক্ষে ব্যবসায়ী নেতা এবং তরুণ ভোটারদের সহ ব্যাপক ভিত্তিক সমর্থনের জন্য উল্লেখযোগ্য।^[123]খাতামির নির্বাচন ইরানী সমাজে পরিবর্তনের আকাঙ্ক্ষার ইঙ্গিত দেয়, বিশেষ করে ইরান- ইরাক যুদ্ধের পরে এবং সংঘাত-পরবর্তী পুনর্গঠনের সময়।তাঁর সভাপতিত্ব, প্রায়ই "খোরদাদ আন্দোলনের দ্বিতীয়" এর সাথে যুক্ত, আইনের শাসন, গণতন্ত্র এবং অন্তর্ভুক্তিমূলক রাজনৈতিক অংশগ্রহণের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে।প্রথমদিকে, নতুন যুগ উল্লেখযোগ্য উদারীকরণ দেখেছিল।ইরানে প্রকাশিত দৈনিক পত্রিকার সংখ্যা পাঁচ থেকে ছাব্বিশে উন্নীত হয়।জার্নাল এবং বই প্রকাশনাও বেড়েছে।ইরানের ফিল্ম ইন্ডাস্ট্রি খাতামি শাসনের অধীনে বিকাশ লাভ করে এবং ইরানি চলচ্চিত্র কান এবং ভেনিসে পুরস্কার জিতেছিল।^[124] যাইহোক, তার সংস্কারবাদী এজেন্ডা প্রায়ই ইরানের রক্ষণশীল উপাদানের সাথে সংঘর্ষে লিপ্ত হয়, বিশেষ করে যারা গার্ডিয়ান কাউন্সিলের মতো শক্তিশালী অবস্থানে রয়েছে।এই সংঘর্ষের ফলে প্রায়ই রাজনৈতিক লড়াইয়ে খাতামির পরাজয় ঘটে, যার ফলে তার সমর্থকদের মধ্যে হতাশা দেখা দেয়।1999 সালে, প্রেসে নতুন নিষেধাজ্ঞা দেওয়া হয়েছিল।আদালত ৬০টির বেশি সংবাদপত্র নিষিদ্ধ করেছে।^[১২৪] প্রেসিডেন্ট খাতামির গুরুত্বপূর্ণ সহযোগীদের গ্রেফতার করা হয়, বিচার করা হয় এবং কারাগারে বন্দী করা হয় বাইরের পর্যবেক্ষকরা যাকে "ট্রাম্পড আপ" ^[১২৫] বা আদর্শগত ভিত্তি বলে মনে করেন।খাতামির প্রশাসন সাংবিধানিকভাবে সর্বোচ্চ নেতার অধীনস্থ ছিল, প্রধান রাষ্ট্রীয় প্রতিষ্ঠানের উপর তার কর্তৃত্ব সীমিত করে।তার উল্লেখযোগ্য আইন প্রয়াস, "যমজ বিল", যার লক্ষ্য ছিল নির্বাচনী আইন সংস্কার করা এবং রাষ্ট্রপতির ক্ষমতা স্পষ্ট করা।এই বিলগুলি সংসদ দ্বারা পাস হয়েছিল কিন্তু অভিভাবক পরিষদ দ্বারা ভেটো দেওয়া হয়েছিল, যা সংস্কার বাস্তবায়নে খাতামি যে চ্যালেঞ্জগুলির মুখোমুখি হয়েছিল তার প্রতীক।সংবাদপত্রের স্বাধীনতা, সুশীল সমাজ, নারীর অধিকার, ধর্মীয় সহিষ্ণুতা এবং রাজনৈতিক উন্নয়নের উপর জোর দিয়ে খাতামির রাষ্ট্রপতিত্বের বৈশিষ্ট্য ছিল।তিনি আন্তর্জাতিকভাবে ইরানের ভাবমূর্তি উন্নত করার চেষ্টা করেছিলেন, ইউরোপীয় ইউনিয়নের সাথে যুক্ত হয়েছিলেন এবং প্রথম ইরানি প্রেসিডেন্ট হয়েছিলেন যিনি ইউরোপের কয়েকটি দেশ সফর করেছিলেন।তার অর্থনৈতিক নীতিগুলি পূর্ববর্তী সরকারগুলির শিল্পায়নের প্রচেষ্টা অব্যাহত রেখেছিল, বেসরকারীকরণের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে এবং ইরানের অর্থনীতিকে বিশ্ব বাজারে একীভূত করে।এই প্রচেষ্টা সত্ত্বেও, ইরান বেকারত্ব এবং দারিদ্র্যের সাথে অবিরাম সংগ্রাম সহ উল্লেখযোগ্য চ্যালেঞ্জের মুখোমুখি হয়েছিল।বিদেশী নীতিতে, খাতামির লক্ষ্য ছিল সংঘর্ষের উপর সমঝোতা, "সভ্যতার মধ্যে সংলাপ" এবং পশ্চিমাদের সাথে সম্পর্ক সংশোধনের চেষ্টা করা।ইউরোপীয় ইউনিয়নের বেশ কয়েকটি দেশ 1990 এর দশকের শেষের দিকে ইরানের সাথে অর্থনৈতিক সম্পর্ক পুনর্নবীকরণ শুরু করে এবং বাণিজ্য ও বিনিয়োগ বৃদ্ধি পায়।1998 সালে, ব্রিটেন ইরানের সাথে কূটনৈতিক সম্পর্ক পুনঃপ্রতিষ্ঠিত করে, 1979 সালের বিপ্লবের পর থেকে ভেঙে যায়।মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র তার অর্থনৈতিক নিষেধাজ্ঞা শিথিল করে, কিন্তু এটি আরও স্বাভাবিক সম্পর্ককে অবরুদ্ধ করে রেখেছিল, এই যুক্তিতে যে দেশটি আন্তর্জাতিক সন্ত্রাসবাদে জড়িত ছিল এবং একটি পারমাণবিক অস্ত্রের সক্ষমতা বিকাশ করছে।