নেপোলিয়ন বোনাপার্টের নেতৃত্বে মিশরে ফরাসি অভিযান , দৃশ্যত অটোমান পোর্টকে সমর্থন এবংমামলুকদের দমন করার জন্য।আলেকজান্দ্রিয়ায় বোনাপার্টের ঘোষণা সাম্য, যোগ্যতা এবং ইসলামের প্রতি সম্মানের উপর জোর দিয়েছিল, মামলুকদের এই গুণাবলীর অভাবের সাথে বিপরীতে।তিনি প্রশাসনিক পদের জন্য সমস্ত মিশরীয়দের জন্য উন্মুক্ত প্রবেশাধিকারের প্রতিশ্রুতি দিয়েছিলেন এবং ইসলামের প্রতি ফরাসী আনুগত্য প্রদর্শনের জন্য পোপ কর্তৃত্বকে উৎখাত করার পরামর্শ দিয়েছিলেন।^[১০২]যাইহোক, মিশরীয়রা ফরাসি অভিপ্রায় নিয়ে সন্দিহান ছিল।এমবাবেহের যুদ্ধে (পিরামিডের যুদ্ধ) ফরাসি বিজয়ের পর, যেখানে মুরাদ বে এবং ইব্রাহিম বে-এর বাহিনী পরাজিত হয়েছিল, কায়রোতে শেখ, মামলুক এবং ফরাসি সদস্যদের নিয়ে একটি মিউনিসিপ্যাল ​​কাউন্সিল গঠিত হয়েছিল, প্রধানত ফরাসি ডিক্রি কার্যকর করার জন্য কাজ করেছিল।^[১০২]নীল নদের যুদ্ধে তাদের নৌবহরের পরাজয় এবং উচ্চ মিশরে ব্যর্থতার পর ফরাসিদের অপরাজেয়তা প্রশ্নবিদ্ধ হয়।গৃহ কর প্রবর্তনের সাথে উত্তেজনা বৃদ্ধি পায়, যার ফলে 1798 সালের অক্টোবরে কায়রোতে একটি বিদ্রোহ শুরু হয়। ফরাসি জেনারেল ডুপুই নিহত হন, কিন্তু বোনাপার্ট এবং জেনারেল ক্লেবার দ্রুত বিদ্রোহ দমন করেন।আল-আজহার মসজিদকে আস্তাবল হিসাবে ফরাসি ব্যবহার গভীর অপরাধের কারণ হয়েছিল।^[১০২]1799 সালে বোনাপার্টের সিরিয়া অভিযান সাময়িকভাবে মিশরে ফরাসি নিয়ন্ত্রণকে দুর্বল করে দেয়।ফিরে আসার পর, তিনি মুরাদ বে এবং ইব্রাহিম বেয়ের যৌথ আক্রমণকে পরাজিত করেন এবং পরে আবুকিরে একটি তুর্কি সেনাবাহিনীকে পরাস্ত করেন।বোনাপার্ট তারপর ক্লেবারকে তার উত্তরসূরি হিসেবে নিযুক্ত করে মিশর ত্যাগ করেন।^[১০২] ক্লেবার একটি অনিশ্চিত পরিস্থিতির সম্মুখীন হন।ফরাসিদের সরিয়ে নেওয়ার প্রাথমিক চুক্তি ব্রিটিশদের দ্বারা অবরুদ্ধ করার পর, কায়রো দাঙ্গার সম্মুখীন হয়, যা ক্লেবার দমন করেন।তিনি মুরাদ বেয়ের সাথে আলোচনা করেন, তাকে উচ্চ মিশরের নিয়ন্ত্রণ প্রদান করেন, কিন্তু ক্লেবারকে 1800 সালের জুন মাসে হত্যা করা হয় ^{[। 102]}জেনারেল জ্যাক-ফ্রাঁসোয়া মেনউ ক্লেবারের স্থলাভিষিক্ত হন, মুসলমানদের অনুগ্রহ লাভের চেষ্টা করেছিলেন কিন্তু ফরাসি আশ্রিত রাজ্য ঘোষণা করে মিশরীয়দের বিচ্ছিন্ন করেছিলেন।1801 সালে, ইংরেজ ও তুর্কি বাহিনী আবু কিরে অবতরণ করে, যার ফলে ফরাসি পরাজয় ঘটে।জেনারেল বেলিয়ার্ড মে মাসে কায়রোতে আত্মসমর্পণ করেন এবং মেনু আগস্টে আলেকজান্দ্রিয়ায় আত্মসমর্পণ করেন, ফরাসি দখলের অবসান ঘটে।^[১০২] ফরাসি দখলদারিত্বের দীর্ঘস্থায়ী উত্তরাধিকার ছিল ফরাসি পণ্ডিতদের দ্বারা মিশরের একটি বিস্তারিত অধ্যয়ন, যা ইজিপ্টোলজির ক্ষেত্রে উল্লেখযোগ্যভাবে অবদান রাখে।^[১০২]