হিস্টিয়াস মিলেটাসের পতনের কথা শুনে মনে হয় তিনি নিজেকে পারস্যের বিরুদ্ধে প্রতিরোধের নেতা হিসেবে নিযুক্ত করেছিলেন।তার লেসবিয়ানদের বাহিনী নিয়ে বাইজেন্টিয়াম থেকে যাত্রা করে তিনি চিওসের উদ্দেশ্যে যাত্রা করেন।চিয়ানরা তাকে গ্রহণ করতে অস্বীকৃতি জানায়, তাই তিনি চিয়ান বহরের অবশিষ্টাংশ আক্রমণ করে ধ্বংস করেন।সমুদ্রে দুটি পরাজয়ের দ্বারা পঙ্গু হয়ে, চিয়ানরা তখন হিস্টিয়াসের নেতৃত্বে সম্মত হয়।হিস্টিয়াস এখন আয়োনিয়ান এবং এওলিয়ানদের একটি বড় বাহিনী জড়ো করেছিলেন এবং থাসোসকে ঘেরাও করতে গিয়েছিলেন।যাইহোক, তিনি তখন খবর পান যে পারস্য নৌবহর মিলেটাস থেকে বাকি আইওনিয়া আক্রমণ করার জন্য যাত্রা করছে, তাই তিনি দ্রুত লেসবসে ফিরে আসেন।তার সেনাবাহিনীকে খাওয়ানোর জন্য, তিনি আটার্নিয়াস এবং মায়ুসের কাছে মূল ভূখণ্ডে চরা অভিযান পরিচালনা করেছিলেন।হারপাগাসের অধীনে একটি বৃহৎ পারস্য বাহিনী এই অঞ্চলে ছিল এবং অবশেষে মালেনের কাছে একটি চারণ অভিযানকে বাধা দেয়।পরবর্তী যুদ্ধটি কঠিন লড়াই হয়েছিল, কিন্তু একটি সফল পারস্য অশ্বারোহী বাহিনী দ্বারা গ্রীক লাইনকে রুট করে শেষ হয়েছিল।হিস্টিয়াস নিজেই পারসিকদের কাছে আত্মসমর্পণ করেছিলেন, এই ভেবে যে তিনি দারিয়াসের কাছ থেকে ক্ষমার জন্য নিজেকে কথা বলতে পারবেন।যাইহোক, তার পরিবর্তে তাকে আর্টাফেরনেসের কাছে নিয়ে যাওয়া হয়েছিল, যিনি হিস্টিয়াসের অতীত বিশ্বাসঘাতকতা সম্পর্কে পুরোপুরি অবগত ছিলেন, তাকে শূলে মেরেছিলেন এবং তারপরে তার শুল্কযুক্ত মাথাটি দারিয়াসের কাছে পাঠিয়েছিলেন।493 খ্রিস্টপূর্বাব্দে শেষ পর্যন্ত বিদ্রোহের শেষ অঙ্গার বন্ধ করার জন্য পার্সিয়ান নৌবহর এবং সেনাবাহিনী মিলেটাসে শীতকালে।তারা চিওস, লেসবোস এবং টেনিডোস দ্বীপপুঞ্জ আক্রমণ করে দখল করে।প্রতিটিতে, তারা সৈন্যদের একটি 'মানব-জাল' তৈরি করেছিল এবং যে কোনও লুকিয়ে থাকা বিদ্রোহীদের তাড়িয়ে দেওয়ার জন্য পুরো দ্বীপ জুড়ে ছড়িয়ে পড়েছিল।তারপরে তারা মূল ভূখণ্ডে চলে যায় এবং আইওনিয়ার প্রতিটি অবশিষ্ট শহর দখল করে, একইভাবে অবশিষ্ট বিদ্রোহীদের খুঁজে বের করে।যদিও পরবর্তীতে আইওনিয়ার শহরগুলি নিঃসন্দেহে যন্ত্রণাদায়ক ছিল, তবে কেউই মিলেটাসের ভাগ্যের শিকার হয়নি বলে মনে হয়।হেরোডোটাস বলেছেন যে পার্সিয়ানরা প্রতিটি শহর থেকে সবচেয়ে সুদর্শন ছেলেদের বেছে নিত এবং তাদের কাস্টেট করত এবং সবচেয়ে সুন্দর মেয়েদের বেছে নিয়ে তাদের রাজার হারেমে পাঠিয়ে দিত এবং তারপর শহরের মন্দিরগুলি পুড়িয়ে দিত।যদিও এটি সম্ভবত সত্য, হেরোডোটাসও সম্ভবত ধ্বংসের মাত্রাকে অতিরঞ্জিত করেছেন। কয়েক বছরের মধ্যে, শহরগুলি কমবেশি স্বাভাবিক অবস্থায় ফিরে এসেছিল এবং তারা গ্রিসের দ্বিতীয় পারস্য আক্রমণের জন্য একটি বড় নৌবহর সজ্জিত করতে সক্ষম হয়েছিল, মাত্র 13 বছর। অনেক বছর পর.পার্সিয়ান সেনাবাহিনী তখন প্রোপোন্টিসের এশীয় দিকের বসতিগুলি পুনরায় জয় করে, যখন পারস্য নৌবহর হেলেস্পন্টের ইউরোপীয় উপকূলে যাত্রা করে, প্রতিটি বসতিকে পালাক্রমে গ্রহণ করে।সমস্ত এশিয়া মাইনর এখন দৃঢ়ভাবে পারস্য শাসনে ফিরে আসার সাথে, বিদ্রোহ শেষ পর্যন্ত শেষ হয়েছিল।