কেনেডি প্রশাসন বে অফ পিগস আক্রমণের পর কাস্ত্রোকে ক্ষমতাচ্যুত করার উপায় খুঁজতে থাকে, গোপনে কিউবার সরকারকে উৎখাত করার বিভিন্ন উপায়ে পরীক্ষা করে।1961 সালে কেনেডি প্রশাসনের অধীনে প্রণীত সন্ত্রাসী হামলা এবং অন্যান্য অস্থিতিশীলতা কার্যক্রমের কর্মসূচীতে উল্লেখযোগ্য আশা ছিল, যা 1961 সালে কেনেডি প্রশাসনের অধীনে প্রণীত হয়েছিল।শঙ্কিত, কেনেডি বিভিন্ন প্রতিক্রিয়া বিবেচনা করেছিলেন।তিনি শেষ পর্যন্ত কিউবায় নৌ-অবরোধ দিয়ে পারমাণবিক ক্ষেপণাস্ত্র স্থাপনের প্রতিক্রিয়া জানান এবং তিনি সোভিয়েত ইউনিয়নের কাছে একটি আল্টিমেটাম পেশ করেন।ক্রুশ্চেভ একটি সংঘর্ষ থেকে পিছু হটে, এবং সোভিয়েত ইউনিয়ন আবার কিউবা আক্রমণ না করার প্রকাশ্য আমেরিকান প্রতিশ্রুতির বিনিময়ে ক্ষেপণাস্ত্রগুলি সরিয়ে দেয় এবং সেইসাথে তুরস্ক থেকে মার্কিন ক্ষেপণাস্ত্র অপসারণের একটি গোপন চুক্তি।ক্যাস্ট্রো পরে স্বীকার করেছিলেন যে "আমি পারমাণবিক অস্ত্রের ব্যবহারে সম্মত হতাম। ... আমরা এটা মেনে নিয়েছিলাম যে এটি যেভাবেই হোক পারমাণবিক যুদ্ধে পরিণত হবে, এবং আমরা অদৃশ্য হয়ে যাচ্ছি।"কিউবান ক্ষেপণাস্ত্র সংকট (অক্টোবর-নভেম্বর 1962) বিশ্বকে আগের চেয়ে পারমাণবিক যুদ্ধের কাছাকাছি নিয়ে এসেছে।সংকটের পর পরমাণু নিরস্ত্রীকরণ এবং সম্পর্কের উন্নতিতে পারমাণবিক অস্ত্র প্রতিযোগিতায় প্রথম প্রচেষ্টার দিকে পরিচালিত করে, যদিও স্নায়ুযুদ্ধের প্রথম অস্ত্র নিয়ন্ত্রণ চুক্তি, অ্যান্টার্কটিক চুক্তি, 1961 সালে কার্যকর হয়েছিল।1964 সালে, ক্রুশ্চেভের ক্রেমলিন সহকর্মীরা তাকে ক্ষমতাচ্যুত করতে সক্ষম হন, কিন্তু তাকে শান্তিপূর্ণ অবসর গ্রহণের অনুমতি দেন।অভদ্রতা এবং অক্ষমতার জন্য অভিযুক্ত, জন লুইস গ্যাডিস যুক্তি দেন যে ক্রুশ্চেভকে সোভিয়েত কৃষিকে ধ্বংস করার জন্যও কৃতিত্ব দেওয়া হয়েছিল, বিশ্বকে পারমাণবিক যুদ্ধের দ্বারপ্রান্তে নিয়ে এসেছিল এবং ক্রুশ্চেভ যখন বার্লিন প্রাচীর নির্মাণের অনুমোদন দিয়েছিলেন তখন তিনি 'আন্তর্জাতিক বিব্রত' হয়েছিলেন।