У 1965 годзе, сутыкнуўшыся з эскалацыяй напружанасці і каб прадухіліць далейшы канфлікт, прэм'ер-міністр Малайзіі Тунку Абдул Рахман прапанаваў выгнаць Сінгапур са складу Малайзіі .Гэтая рэкамендацыя была пасля зацверджана парламентам Малайзіі 9 жніўня 1965 года аднагалосным галасаваннем за аддзяленне Сінгапура.У той жа дзень эмацыянальны Лі Куан Ю, прэм'ер-міністр Сінгапура, абвясціў аб здабытай незалежнасці горада-дзяржавы.Насуперак распаўсюджанаму меркаванню, што Сінгапур быў выключаны ў аднабаковым парадку, апошнія дакументы паказваюць, што дыскусіі паміж Партыяй народнага дзеяння (PAP) Сінгапура і Альянсам Малайзіі працягваліся з ліпеня 1964 г. Лі Куан Ю і Го Кенг Суі, высокапастаўлены лідэр PAP, арганізавалі раздзяленне такім чынам, каб гэта было прадстаўлена грамадскасці як безапеляцыйнае рашэнне з мэтай атрымання як палітычнай, так і эканамічнай выгады.^[16]Пасля падзелу ў Сінгапур былі ўнесены канстытуцыйныя папраўкі, якія ператварылі горад-дзяржаву ў Рэспубліку Сінгапур.Юзаф Ішак, раней Янг ды-Пертуан Негара або віцэ-каралеўскі прадстаўнік, быў уведзены ў якасці першага прэзідэнта Сінгапура.У той час як малайскі долар і долар Брытанскага Барнэа заставаўся законнай валютай на працягу кароткага перыяду, дыскусіі аб агульнай валюце паміж Сінгапурам і Малайзіяй вяліся да канчатковага ўвядзення сінгапурскага даляра ў 1967 г. ^[17] У Малайзіі месцы ў парламенце раней займалі Сінгапурам былі перададзены Малаі, што змяніла баланс сіл і ўплыву штатаў Сабах і Саравак.Рашэнне аддзяліць Сінгапур ад Малайзіі было сустрэта рэзкай рэакцыяй, асабліва з боку лідэраў Сабаха і Саравака.Гэтыя лідэры выказалі пачуццё здрады і расчаравання з-за таго, што з імі не параіліся падчас працэсу падзелу. Галоўны міністр штата Сабах Фуад Стывенс выказаў глыбокі смутак у лісце Лі Куан Ю, у той час як такія лідэры, як Он Кі Хуэй з Аб'яднанай народнай партыі Саравака, сумняваліся самая прычына існавання Малайзіі пасля падзелу.Нягледзячы на ​​гэтыя асцярогі, віцэ-прэм'ер Малайзіі Абдул Разак Хусэйн абараніў гэтае рашэнне, звязаўшы сакрэтнасць і тэрміновасць гэтага кроку з працяглым супрацьстаяннем паміж Інданезіяй і Малайзіяй.^[18]