Прэзідэнцтва Первеза Мушарафа з 1999 па 2007 гады стала першым выпадкам, калі ліберальныя сілы атрымалі значную ўладу ў Пакістане.Былі ўведзены ініцыятывы па эканамічнай лібералізацыі, прыватызацыі і свабодзе СМІ, а кіраўнік Citibank Шаўкат Азіз узяў пад кантроль эканоміку.Урад Мушарафа амніставаў палітычных дзеячаў з ліберальных партый, адсунуўшы кансерватараў і левых.Мушараф значна пашырыў прыватныя СМІ, імкнучыся супрацьстаяць культурнаму ўплыву Індыі.Вярхоўны суд пастанавіў правесці ўсеагульныя выбары да кастрычніка 2002 г., і Мушараф падтрымаў уварванне ЗША ў Афганістан у 2001 г. Напружанасць у адносінах з Індыяй з-за Кашміра прывяла да ваеннага супрацьстаяння ў 2002 г.Рэферэндум 2002 года Мушарафа, які быў прызнаны спрэчным, падоўжыў яго прэзідэнцкі тэрмін.На ўсеагульных выбарах 2002 г. лібералы і цэнтрысты атрымалі большасць, сфармаваўшы ўрад пры падтрымцы Мушарафа.17-я папраўка да канстытуцыі Пакістана задняй датай узаконіла дзеянні Мушарафа і падоўжыла тэрмін яго прэзідэнцтва.Шаўкат Азіз стаў прэм'ер-міністрам у 2004 годзе, засяродзіўшыся на эканамічным росце, але сутыкнуўшыся з апазіцыяй за сацыяльныя рэформы.Мушараф і Азіз перажылі некалькі замахаў, звязаных з Аль-Каідай.На міжнародным узроўні абвінавачанні ў распаўсюдзе ядзернай зброі падарвалі давер да іх.Унутраныя праблемы ўключалі канфлікты ў плямённых раёнах і перамір'е з талібамі ў 2006 г., хоць канфесійны гвалт працягваўся.