Падчас баснійскай і харвацкай вайны 1991–1995 гадоў Чарнагорыя разам з сербскімі войскамі ўдзельнічала са сваімі паліцэйскімі і ваеннымі сіламі ў нападах на Дуброўнік, Харватыю і баснійскія гарады, агрэсіўныя дзеянні, накіраваныя на захоп большай колькасці тэрыторый сілай, якія характарызуюцца паслядоўнай схемай грубыя і сістэматычныя парушэнні правоў чалавека.Чарнагорскі генерал Паўле Стругар быў асуджаны за ўдзел у бамбардзіроўцы Дуброўніка.Басьнійскія ўцекачы былі арыштаваныя чарнагорскай паліцыяй і перавезеныя ў сэрбскія лягеры ў Фочы, дзе падвяргаліся сыстэматычным катаваньням і пакараныя сьмерцю.У маі 1992 г. Арганізацыя Аб'яднаных Нацый увяла эмбарга ў дачыненні да СРЮ: гэта паўплывала на многія бакі жыцця краіны.Дзякуючы свайму выгаднаму геаграфічнаму размяшчэнню (выхад да Адрыятычнага мора і водная сувязь з Албаніяй праз Скадарскае возера) Чарнагорыя стала цэнтрам кантрабанднай дзейнасці.Уся прамысловая вытворчасць у Чарнагорыі спынілася, і асноўнай эканамічнай дзейнасцю рэспублікі стала кантрабанда спажывецкіх тавараў - асабліва дэфіцытных, такіх як бензін і цыгарэты, цэны на якія рэзка ўзляцелі.Гэта стала дэ-факта ўзаконенай практыкай і працягвалася гадамі.Урад Чарнагорыі ў лепшым выпадку заплюшчваў вочы на ​​незаконную дзейнасць, але ў асноўным прымаў у ёй актыўны ўдзел.Кантрабанда зрабіла мільянерамі рознага кшталту сумных асоб, у тым ліку высокапастаўленых дзяржаўных чыноўнікаў.Міла Джукановіч працягвае сутыкацца з іскамі ў розных італьянскіх судах за яго ролю ў шырока распаўсюджанай кантрабандзе ў 1990-я гады і ў забеспячэнні прытулку ў Чарнагорыі для розных дзеячаў італьянскай мафіі, якія таксама нібыта ўдзельнічалі ў ланцужку распаўсюджвання кантрабанды.