Падчас акупацыі ўзрасла міжнацыянальная напружанасць і вырас нацыяналізм.^[82] Брытанія была банкрутам, і новы лейбарысцкі ўрад імкнуўся вывесці свае войскі з Усходу.Але большасць малайцаў больш клапаціліся абараніць сябе ад MCP, чым патрабаваць незалежнасці ад брытанцаў.У 1944 годзе брытанцы распрацавалі план Малайскага саюза, які ператварыў бы федэратыўныя і нефедэратыўныя малайскія штаты, а таксама Пенанг і Малаку (але не Сінгапур ) у адзіную калонію Кароны з мэтай атрымання незалежнасці.Гэты крок, накіраваны на канчатковую незалежнасць, сустрэў значны супраціў з боку малайцаў, у першую чаргу з-за прапанаванага роўнага грамадзянства для этнічных кітайцаў і іншых меншасцей.Брытанцы ўспрынялі гэтыя групы як больш лаяльныя падчас вайны, чым малайцы.Гэтая апазіцыя прывяла да роспуску Малайскага саюза ў 1948 годзе, саступіўшы месца Малайскай федэрацыі, якая захавала аўтаномію малайскіх дзяржаўных кіраўнікоў пад брытанскай абаронай.Паралельна з гэтымі палітычнымі зменамі, Камуністычная партыя Малайі (MCP), якую падтрымлівалі пераважна этнічныя кітайцы, набірала моц.MCP, першапачаткова легальная партыя, перайшла да партызанскай вайны з памкненнямі выгнаць брытанцаў з Малаі.Да ліпеня 1948 года брытанскі ўрад абвясціў надзвычайнае становішча, што прымусіла MCP адступіць у джунглі і сфармаваць Малайскую народна-вызваленчую армію.Карэнныя прычыны гэтага канфлікту вар'іраваліся ад канстытуцыйных змяненняў, якія маргіналізавалі этнічных кітайцаў, да выцяснення сялян для развіцця плантацый.Аднак MCP атрымала мінімальную падтрымку з боку сусветных камуністычных дзяржаў.Малайскае надзвычайнае становішча, якое доўжылася з 1948 па 1960 гады, прывяло да таго, што брытанцы выкарысталі супраць MCP сучасную тактыку барацьбы з паўстанцамі, арганізаваную генерал-лейтэнантам сэрам Джэральдам Тэмплерам.У той час як канфлікт меў сваю долю зверстваў, такіх як разня ў Батанг Калі, брытанская стратэгія ізаляцыі MCP ад базы падтрымкі ў спалучэнні з эканамічнымі і палітычнымі саступкамі паступова аслабіла паўстанцаў.Да сярэдзіны 1950-х гадоў хваля павярнулася супраць MCP, падрыхтаваўшы аснову для незалежнасці Федэрацыі ў рамках Садружнасці 31 жніўня 1957 года з Тунку Абдул Рахманам у якасці прэм'ер-міністра.