У 1511 г. Малака захапіла партугальцы , і султан Махмуд Шах быў вымушаны бегчы з Малакі.Султан некалькі разоў спрабаваў вярнуць сталіцу, але яго намаганні былі безвыніковымі.Партугальцы адпомсцілі і прымусілі султана бегчы ў Паханг.Пазней султан адплыў у Бінтан і заснаваў там новую сталіцу.Стварыўшы базу, султан згуртаваў разгубленыя малайскія сілы і арганізаваў некалькі нападаў і блакадаў партугальскіх пазіцый.Заснаваны ў Пекан-Туа, Сунгай-Тэлур, Джахор, Джахор-султанат быў заснаваны Раджа Алі Ібні Султанам Махмудам Мелака, вядомым як Султан Алауддзін Рыаят Шах II (1528—1564), у 1528 г. ^[53] Хоць султан Алаудзін Рыаят Шах і яго пераемнік прыйшлося змагацца з нападамі партугальцаў у Малацы і ачэнцаў на Суматры, ім удалося ўтрымаць султанат Джахор.Частыя набегі на Малаку прычынялі партугальцам сур'ёзныя цяжкасці, і гэта дапамагло пераканаць партугальцаў знішчыць сілы выгнанага султана.Былі зроблены шэраг спробаў здушыць малайцаў, але толькі ў 1526 г. партугальцы канчаткова зраўнялі Бінтан з зямлёй.Затым султан адступіў у Кампар на Суматры і памёр праз два гады.Ён пакінуў пасля сябе двух сыноў па імені Музафар Шах і Алауддзін Рыят Шах II.^[53] Музаффар-шах працягваў ствараць Перак, а Алауддзін Рыят-шах стаў першым султанам Джахора.^[53]