У пачатку 16 стагоддзя, пасля асманскай заваёвы Егіпта ў 1517 годзе, султан Селім I прызначыў Юнус-пашу губернатарам Егіпта, але неўзабаве яго змяніў Хайыр-бей з-за праблем з карупцыяй.^[97] Гэты перыяд адзначыўся барацьбой за ўладу паміж асманскімі прадстаўнікамі імамлюкамі , якія захавалі значны ўплыў.Мамлюкі былі ўключаны ў адміністрацыйную структуру, займаючы ключавыя пасады ў 12 санджаках Егіпта.Пры султане Сулеймане Пышным для дапамогі пашы былі створаны Вялікі і Малы Дыван з прадстаўніцтвам арміі і рэлігійных уладаў.Селім стварыў шэсць палкоў для абароны Егіпта, да якіх Сулейман дадаў сёмы.^[98]Асманская адміністрацыя часта мяняла егіпецкага губернатара, часта штогод.Адзін губернатар, Хаін Ахмед-паша, спрабаваў усталяваць незалежнасць, але быў сарваны і пакараны.^[98] У 1527 г. у Егіпце было праведзена зямельнае абследаванне, якое падзяліла землі на чатыры тыпу: уладанні султана, феоды, землі ваеннага абслугоўвання і землі рэлігійных фондаў.Гэта даследаванне было праведзена ў 1605 г. ^{[98 .]}XVII стагоддзе ў Егіпце характарызавалася ваеннымі мяцежамі і канфліктамі, часта з-за спробаў спыніць паборы з боку войскаў.У 1609 годзе значны канфлікт прывёў да трыумфальнага ўступлення Кара Мехмеда-пашы ў Каір, за якім рушылі ўслед фінансавыя рэформы.^[98] У гэты час мясцовыя беі-мамлюкі атрымалі дамінаванне ў егіпецкай адміністрацыі, часта займаючы ваенныя пасады і кідаючы выклік прызначаным асманамі губернатарам.^[99] Егіпецкая армія, з моцнымі мясцовымі сувязямі, часта ўплывала на прызначэнне губернатараў і мела істотны кантроль над адміністрацыяй.^[100]У стагоддзі таксама ўзніклі дзве ўплывовыя фракцыі ў Егіпце: факары, звязаныя з асманскай кавалерыяй, і касімы, звязаныя з карэннымі егіпецкімі войскамі.Гэтыя фракцыі, сімвалізаваныя сваімі рознымі колерамі і сімваламі, істотна паўплывалі на кіраванне і палітыку Асманскага Егіпта.^[101]