Шамяка кіраваў неэфектыўна, не здолеў прыцягнуць саюзнікаў, і шляхта пачала перабягаць з Масквы ў Волагду.Васілю ўдалося таксама звязацца з казанскімі татарамі.У канцы 1446 г., калі Дзмітрый Шамяка знаходзіўся ў Валакаламску, войска Васіля II увайшло ў Маскву.Васіль тады пачаў гнацца за Шамякам.У 1447 г. яны прасілі міру і згадзіліся прыняць верхавенства Васіля.Тым не менш Дзмітрый Шамяка працягваў супраціўленне, спрабуючы прыцягнуць на свой бок саюзнікаў і сабраць дастаткова вялікае войска для барацьбы з Васілём.У 1448 годзе Васіль пачаў ваенныя дзеянні, якія ахапілі пераважна паўночныя землі да Вялікага Усцюга і з некаторымі перапынкамі працягваліся да 1452 года, калі Шамяка быў канчаткова разбіты і ўцёк у Ноўгарад.У 1453 годзе ён быў атручаны там па прамым загадзе Васіля.Пасля Васілю ўдалося зняць усіх мясцовых князёў, якія раней падтрымлівалі Шамяку.Мажайскае і Серпухаўскае княствы ўвайшлі ў склад Вялікага княства Маскоўскага.