Адміністрацыя Кэнэдзі працягвала шукаць спосабы зрынуць Кастра пасля ўварвання ў заліве Свіней, эксперыментуючы з рознымі спосабамі таемнага садзейнічання звяржэнню кубінскага ўрада.Значныя надзеі ўскладаліся на праграму тэрарыстычных нападаў і іншых аперацый па дэстабілізацыі, вядомую як аперацыя «Мангуст», распрацаваную пры адміністрацыі Кэнэдзі ў 1961 г. Хрушчоў даведаўся аб гэтым праекце ў лютым 1962 г., і ў адказ была распачата падрыхтоўка да размяшчэння савецкіх ядзерных ракет на Кубе.Устрывожаны, Кенэдзі разглядаў розныя рэакцыі.У канчатковым выніку ён адказаў на ўстаноўку ядзерных ракет на Кубе марской блакадай і выставіў ультыматум Савецкаму Саюзу .Хрушчоў адмовіўся ад канфрантацыі, і Савецкі Саюз вывеў ракеты ў абмен на публічнае абяцанне Амерыкі больш не ўрывацца на Кубу, а таксама на таемную здзелку аб выдаленні амерыканскіх ракет з Турцыі.Пазней Кастра прызнаўся, што «я б пагадзіўся на выкарыстанне ядзернай зброі... мы ўспрынялі як належнае, што гэта ўсё роўна стане ядзернай вайной, і што мы збіраемся знікнуць».Кубінскі ракетны крызіс (кастрычнік-лістапад 1962 г.) наблізіў свет да ядзернай вайны як ніколі раней.Наступствы крызісу прывялі да першых намаганняў у гонцы ядзерных узбраенняў па ядзернаму раззбраенню і паляпшэнню адносін, хаця першае пагадненне аб кантролі над узбраеннямі ў перыяд халоднай вайны, Дагавор аб Антарктыцы, уступіла ў сілу ў 1961 годзе.У 1964 годзе крамлёўскія калегі Хрушчова здолелі яго выгнаць, але дазволілі спакойна сысці на пенсію.Абвінавачваны ў грубасці і некампетэнтнасці, Джон Льюіс Гэдзіс сцвярджае, што Хрушчову таксама прыпісваюць разбурэнне савецкай сельскай гаспадаркі, паставіўшы свет на мяжу ядзернай вайны, і што Хрушчоў стаў «міжнароднай ганьбай», калі дазволіў будаўніцтва Берлінскай сцяны.