في شتاء 1226-1227، سقط جنكيز خان عن حصانه أثناء الصيد وأصبح مريضًا بشكل متزايد.أدى مرضه إلى إبطاء تقدم الحصار ضد شيا.وعلى الرغم من النصيحة بالعودة إلى المنزل والتعافي، إلا أنه أصر على الاستمرار.توفي جنكيز في 25 أغسطس 1227، لكن وفاته ظلت طي الكتمان.سقطت مدينة شيا، غير المدركة لوفاته، في الشهر التالي.عانى السكان من وحشية شديدة، مما أدى إلى انقراض حضارة شيا.هناك تكهنات حول كيفية وفاة جنكيز.تشير بعض المصادر إلى مرض مثل الملاريا أو الطاعون الدبلي، بينما يزعم البعض الآخر أنه أصيب بسهم أو أصيب بالبرق.وبعد وفاته، دُفن جنكيز بالقرب من قمة برخان خلدون في جبال خينتي، وهو الموقع الذي كان قد اختاره سابقًا.وبقيت تفاصيل جنازته خاصة.عندما أصبح ابنه أوجيدي خانًا عام 1229، تم تكريم القبر بالقرابين وتضحيات ثلاثين عذراء.تشير بعض النظريات إلى أنه ربما تم دفنه في منطقة أوردوس لمنع التحلل.