واصلت إدارة كينيدي البحث عن طرق للإطاحة بكاسترو بعد غزو خليج الخنازير ، وجربت طرقًا مختلفة لتسهيل الإطاحة بالحكومة الكوبية.علقت آمال كبيرة على برنامج الهجمات الإرهابية وعمليات زعزعة الاستقرار الأخرى المعروفة باسم عملية النمس ، التي تم وضعها في عهد إدارة كينيدي في عام 1961. علم خروتشوف بالمشروع في فبراير 1962 ، وتم تنفيذ الاستعدادات لتثبيت الصواريخ النووية السوفيتية في كوبا ردًا على ذلك.وبسبب الانزعاج ، اعتبر كينيدي ردود فعل مختلفة.رد في النهاية على تركيب صواريخ نووية في كوبا بحصار بحري ، وقدم إنذارًا نهائيًا إلى الاتحاد السوفيتي .تراجع خروتشوف عن المواجهة ، وأزال الاتحاد السوفيتي الصواريخ مقابل تعهد أمريكي علني بعدم غزو كوبا مرة أخرى ، وكذلك صفقة سرية لإزالة الصواريخ الأمريكية من تركيا.اعترف كاسترو لاحقًا بأنني "كنت سأوافق على استخدام الأسلحة النووية ... لقد اعتبرنا أنها ستصبح حربًا نووية على أي حال ، وأننا سنختفي".أدت أزمة الصواريخ الكوبية (أكتوبر - نوفمبر 1962) إلى اقتراب العالم من الحرب النووية أكثر من أي وقت مضى.أدت تداعيات الأزمة إلى الجهود الأولى في سباق التسلح النووي لنزع السلاح النووي وتحسين العلاقات ، على الرغم من أن أول اتفاقية للحد من التسلح في الحرب الباردة ، معاهدة أنتاركتيكا ، دخلت حيز التنفيذ في عام 1961.في عام 1964 ، تمكن زملاء خروتشوف في الكرملين من الإطاحة به ، لكنهم سمحوا له بالتقاعد السلمي.متهمًا بالفظاظة وعدم الكفاءة ، يجادل جون لويس جاديس بأن خروتشوف كان له الفضل أيضًا في تدمير الزراعة السوفيتية ، مما جعل العالم على شفا حرب نووية وأن خروتشوف أصبح `` إحراجًا دوليًا '' عندما سمح ببناء جدار برلين.