
صفوی سلطنت کے ظہور کے ساتھ ہی، مغلیہ سلطنت ، جس کی بنیاد تیموری وارث بابر نے رکھی تھی، جنوبی ایشیا میں ترقی کر رہی تھی۔ مغلوں نے بڑی تعداد میں ہندو آبادی پر حکمرانی کرتے ہوئے (زیادہ تر) روادار سنی اسلام پر عمل کیا۔ بابر کی موت کے بعد، اس کے بیٹے ہمایوں کو اس کے علاقوں سے بے دخل کر دیا گیا تھا اور اسے اس کے سوتیلے بھائی اور حریف نے دھمکی دی تھی، جسے بابر کے علاقوں کا شمالی حصہ وراثت میں ملا تھا۔ شہر سے دوسرے شہر بھاگنے کے بعد، ہمایوں نے بالآخر 1543 میں قزوین میں تہماسپ کے دربار میں پناہ لی۔ تہماسپ نے ہمایوں کو مغل خاندان کے حقیقی شہنشاہ کے طور پر حاصل کیا، اس حقیقت کے باوجود کہ ہمایوں پندرہ سال سے زیادہ جلاوطنی کی زندگی گزار رہا تھا۔
ہمایوں کے شیعہ اسلام قبول کرنے کے بعد (انتہائی دباؤ کے تحت)، تہماسپ نے اسے قندھار کے بدلے اپنے علاقوں کو دوبارہ حاصل کرنے کے لیے فوجی مدد کی پیشکش کی، جو وسطی ایران اور گنگا کے درمیان زمینی تجارتی راستے کو کنٹرول کرتا تھا۔ 1545 میں ایک مشترکہ ایرانی مغل فوج قندھار پر قبضہ کرنے اور کابل پر قبضہ کرنے میں کامیاب ہوگئی۔ ہمایوں نے قندھار کے حوالے کر دیا، لیکن تہماسپ نے اسے 1558 میں واپس لینے پر مجبور کیا، جب ہمایوں نے صفوی گورنر کی موت پر اس پر قبضہ کر لیا۔