انکا سلطنت کے زوال کے بعد انکا ثقافت کے بہت سے پہلوؤں کو منظم طریقے سے تباہ کر دیا گیا، بشمول ان کا جدید ترین کاشتکاری کا نظام، جسے زراعت کے عمودی جزیرہ نما ماڈل کہا جاتا ہے۔ہسپانوی نوآبادیاتی حکام نے Inca mita corvée لیبر سسٹم کو نوآبادیاتی مقاصد کے لیے استعمال کیا، بعض اوقات بے دردی سے۔ ہر خاندان کے ایک فرد کو سونے اور چاندی کی کانوں میں کام کرنے پر مجبور کیا گیا، جن میں سب سے اہم پوٹوسی میں ٹائٹینک چاندی کی کان تھی۔ جب خاندان کے کسی فرد کی موت ہو جاتی ہے، جو کہ عام طور پر ایک یا دو سال کے اندر ہو جاتی ہے، تو خاندان کو متبادل بھیجنے کی ضرورت ہوتی تھی۔
انکا سلطنت پر چیچک کے اثرات اور بھی زیادہ تباہ کن تھے۔ کولمبیا سے شروع ہو کر، چیچک تیزی سے پھیلی اس سے پہلے کہ ہسپانوی حملہ آور پہلی بار سلطنت میں پہنچے۔ ممکنہ طور پر موثر انکا روڈ سسٹم کے ذریعہ پھیلاؤ میں مدد ملی۔ چیچک صرف پہلی وبا تھی۔ دیگر بیماریاں، بشمول 1546 میں ممکنہ ٹائفس کی وباء، 1558 میں انفلوئنزا اور چیچک ایک ساتھ، 1589 میں دوبارہ چیچک، 1614 میں خناق، اور 1618 میں خسرہ، سبھی نے انکا لوگوں کو تباہ کر دیا۔
18ویں صدی کے آخر تک مقامی رہنماؤں کی طرف سے ہسپانوی نوآبادیات کو بے دخل کرنے اور انکا سلطنت کو دوبارہ بنانے کی متواتر کوششیں ہوتی رہیں گی۔