
مغلیہ ہندوستان کا سرکاری مذہب اسلام تھا، جس نے فقہ حنفی (مذہب) کو ترجیح دی تھی۔ بابر اور ہمایوں کے دور حکومت میں ہندو مذہب دباؤ میں رہا۔ شمالی ہندوستان کا افغان حکمران شیر شاہ سوری نسبتاً غیر جابرانہ تھا۔ ہندو مذہب 1553-1556 کے دوران ہندو حکمران ہیمو وکرمادتیہ کے تین سالہ دور حکومت میں سامنے آیا جب اس نے اکبر کو آگرہ اور دہلی میں شکست دی تھی اور اس کے 'راجیہ بھیشکے' یا تاجپوشی کے بعد ایک ہندو 'وکرمادتیہ' کے طور پر دہلی سے حکومت سنبھالی تھی۔ دہلی میں پرانا قلعہ۔ تاہم، مغل تاریخ کے دوران، بعض اوقات، رعایا کو اپنی پسند کے کسی بھی مذہب پر عمل کرنے کی آزادی حاصل تھی، حالانکہ آمدنی والے کافر جسم والے بالغ مرد جزیہ ادا کرنے کے پابند تھے، جو ان کی ذمی کی حیثیت کو ظاہر کرتا تھا۔