
ایسٹونیا کی قدیم تاریخ آٹھویں صدی قبل مسیح سے لے کر 13ویں صدی کے اوائل تک پھیلی ہوئی ہے، جس کا اختتام شمالی صلیبی جنگوں کے دوران مقامی فنک قبائل کی فتح کے ساتھ ہوا۔ ایسٹونیا کی ابتدائی انسانی بستیاں آخری برفانی دور کے بعد نمودار ہوئیں، کنڈا ثقافت اپنا نشان چھوڑنے والا پہلا اہم ثقافتی گروہ ہے۔ سب سے قدیم معلوم بستی پلی ہے، جس کی تاریخ تقریباً 9000 قبل مسیح ہے، جو جنوب مغربی ایسٹونیا میں دریائے پرنو کے قریب واقع ہے۔ کنڈا ثقافت، جس کا نام شمالی ایسٹونیا میں ایک آباد کاری کی جگہ کے نام پر رکھا گیا ہے، پتھر اور ہڈیوں کے اوزار استعمال کیے گئے، جس میں چقماق اور کوارٹز پسند کے مواد تھے۔ کنڈا ثقافت سے منسلک نمونے پورے ایسٹونیا اور آس پاس کے علاقوں میں پائے گئے ہیں، جو ایک وسیع ثقافتی اثر کو ظاہر کرتے ہیں۔
جیسا کہ نوولتھک دور کا آغاز 5ویں صدی قبل مسیح کے آس پاس ہوا، ناروا ثقافت نے سیرامکس متعارف کرایا، جس سے طرز زندگی میں تبدیلی آئی۔ مٹی کے برتنوں کے یہ ابتدائی ٹکڑے موٹے تھے اور مختلف نامیاتی مواد کے ساتھ مل کر مٹی سے بنائے گئے تھے۔ اس دور کے پتھر اور ہڈیوں کے اوزار پہلے کنڈا ثقافت سے مماثلت دکھاتے ہیں، جو کچھ روایات کے تسلسل کی نشاندہی کرتے ہیں۔ ناروا سیرامکس زیادہ تر اسٹونین ساحل اور جزائر کے ساتھ پائے جاتے تھے۔
چوتھی صدی قبل مسیح کے وسط تک، کومب سیرامک کلچر ابھرا، جس کی خصوصیت پیچیدہ مٹی کے برتنوں اور جانوروں کی ہڈیوں اور عنبر سے بنی ہوئی تھی۔ یہ ثقافت ایک وسیع خطہ پر پھیلی ہوئی ہے، بشمول فن لینڈ، روس اور بالٹکس کے کچھ حصے۔ ابتدائی طور پر بالٹک فن کی آمد سے منسلک ہونے کے باوجود، حالیہ اسکالرشپ سے پتہ چلتا ہے کہ نمونے قطعی نسلی ہجرت کے بجائے ثقافتی یا اقتصادی تبدیلیوں کی عکاسی کرتے ہیں۔ کچھ لوگ یہ بھی تجویز کرتے ہیں کہ یورالک زبانیں، جس خاندان سے اسٹونین کا تعلق ہے، اس خطے میں آخری برفانی دور کے اختتام سے بولی جاتی رہی ہو گی۔
2200 قبل مسیح کے لگ بھگ شروع ہونے والے نو پستان کے آخری دور میں، کورڈڈ ویئر کلچر کا عروج دیکھا گیا، جو اپنے مخصوص مٹی کے برتنوں اور پالش شدہ پتھر کے کلہاڑوں کے لیے جانا جاتا ہے۔ اس عرصے کے دوران زراعت کے شواہد جلے ہوئے اناج کی دریافت اور جنگلی سؤر کو پالنے کی کوششوں کے ساتھ ظاہر ہونا شروع ہوئے۔ اس دور کے تدفین کے طریقوں میں میت کو جنین کی حالت میں رکھنا شامل تھا، جس میں قبر کا سامان اکثر پالتو جانوروں کی ہڈیوں سے بنایا جاتا تھا۔