1517 میں مارٹن لوتھر کی طرف سے شروع کی گئی پروٹسٹنٹ ریفارمیشن 1520 کی دہائی میں ایسٹونیا میں تیزی سے پھیل گئی۔ لوتھرانزم نے زور پکڑ لیا، خاص طور پر عام لوگوں میں خواندگی کو فروغ دیا کیونکہ چرچ کی خدمات لاطینی سے مقامی اسٹونین زبان میں منتقل ہوئیں۔ اسٹونین زبان میں پہلی کتابیں اسی دور میں چھپی تھیں۔ تاہم، بہت سے اسٹونین کسان، روایتی کیتھولک طریقوں سے مطمئن تھے، نئے عقیدے کو مکمل طور پر قبول کرنے میں سست تھے۔
1600 کے بعد، سویڈش حکمرانی کے تحت، لوتھرانزم زیادہ غالب ہو گیا، جس نے چرچ کے فن تعمیر اور عبادت کے طریقوں کو متاثر کیا۔ گرجا گھروں کو زیادہ براہ راست اجتماعات کو شامل کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا تھا، جس میں پیوز اور قربان گاہیں کیتھولک تصویروں کی جگہ لاسٹ سپر جیسی تصویر کشی کی گئی تھیں۔ اس دور نے ایسٹونیوں کے لیے ایک آسان، زیادہ قابل رسائی مذہبی تجربے کی طرف ایک تبدیلی کا نشان لگایا، جو اصلاح کے وسیع تر اثر کو ظاہر کرتا ہے۔