
14ویں صدی کے اوائل میں ایسٹونیا کے ٹیوٹونک اور لیوونین آرڈرز کے کنٹرول میں آنے کے بعد، یہ خطہ بالٹک پر غلبہ کے لیے میدان جنگ بنا رہا۔ اس نے لیوونین جنگ (1558–1583) کے لیے مرحلہ طے کیا، ایک ایسا تنازع جس نے خطے کے سیاسی منظر نامے کو نئی شکل دی۔ یہ جنگ روس کے درمیان زار ایوان چہارم کی قیادت میں لڑی گئی تھی، اور ڈنمارک - ناروے ، سویڈن ، اور پولینڈ - لتھوانیا کے ایک بدلتے ہوئے اتحاد کے درمیان لڑی گئی تھی، جو تمام لیوونیا پر کنٹرول چاہتے تھے، جس میں جدید دور کا ایسٹونیا اور لٹویا شامل تھا۔
ابتدائی طور پر روس نے جنگ پر غلبہ حاصل کیا، 1550 کی دہائی کے آخر میں اسٹونین کے اہم شہروں جیسے ناروا اور ترتو پر قبضہ کر لیا۔ Livonian کنفیڈریشن، اندرونی تقسیم کی وجہ سے کمزور اور مضبوط دفاع کی کمی، تیزی سے الگ ہو گئی۔ جیسے ہی روس نے مغرب کی طرف دھکیل دیا، پولینڈ-لیتھوانیا، ڈنمارک اور سویڈن نے مداخلت کی، ہر ایک علاقے میں اپنا اپنا حصہ ڈھونڈ رہا تھا۔
1561 تک، سویڈن نے شمالی ایسٹونیا پر اپنا کنٹرول قائم کر لیا، جس سے سویڈش ایسٹونیا بن گیا، جبکہ ڈنمارک نے Ösel-Wiek کا بشپ حاصل کر لیا۔ ٹیوٹونک آرڈر کی باقیات، جس کی سربراہی گوٹتھارڈ کیٹلر نے کی، نے پولش-لتھوانیائی تحفظ کے تحت ڈچی آف کورلینڈ کو سیکولرائز کیا اور تشکیل دیا۔ اس دوران سویڈن نے بار بار روسی حملوں کے باوجود ایسٹونیا پر اپنی گرفت مضبوط کی۔
جنگ کا رخ 1570 کی دہائی کے آخر میں ہوا جب پولش-لتھوانیا کے بادشاہ اسٹیفن بیتھوری نے کامیاب جوابی حملے شروع کیے، جس کا اختتام پسکوف کے محاصرے (1581) میں ہوا۔ یہ تنازعہ 1582 میں جام زپولسکی کی جنگ بندی کے ساتھ ختم ہوا، جس نے روس کو پولینڈ-لیتھوانیا میں اپنی لیونین فتوحات کو ترک کرنے پر مجبور کیا۔ اگلے سال، سویڈن اور روس کے درمیان پلسسا کی جنگ بندی نے شمالی ایسٹونیا پر سویڈش کا کنٹرول حاصل کر لیا، جس سے اس علاقے میں سویڈش کے تسلط کو مزید تقویت ملی۔
ایسٹونیا کے سویڈش سلطنت میں شامل ہونے سے ٹیوٹونک اور لیوونین آرڈرز کے اثر و رسوخ کا خاتمہ ہوا۔ لیوونین جنگ نے سویڈش ایسٹونیا کے لیے مرحلہ طے کیا، جو 18ویں صدی کے اوائل تک جاری رہے گا جب عظیم شمالی جنگ کے دوران ایسٹونیا روسی کنٹرول میں چلا گیا۔