
ہسپانوی نے کیلیفورنیا کو دو حصوں، باجا کیلیفورنیا اور الٹا کیلیفورنیا، نیو اسپین (میکسیکو) کے صوبوں کے طور پر تقسیم کیا۔ باجا یا لوئر کیلیفورنیا باجا جزیرہ نما پر مشتمل تھا اور تقریباً سان ڈیاگو، کیلیفورنیا پر ختم ہوا، جہاں سے الٹا کیلیفورنیا شروع ہوا۔ الٹا کیلیفورنیا کی مشرقی اور شمالی سرحدیں بہت غیر معینہ تھیں، کیونکہ ہسپانوی، جسمانی موجودگی اور بستیوں کی کمی کے باوجود، بنیادی طور پر ہر چیز کا دعویٰ کرتے تھے جو اب مغربی ریاستہائے متحدہ ہے۔
باجا کیلیفورنیا میں پہلا مستقل مشن، Misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó، کی بنیاد 15 اکتوبر 1697 کو Jesuit پادری جوآن ماریا سالوٹیرا (1648–1717) نے رکھی تھی جس کے ساتھ ایک چھوٹی کشتی کا عملہ اور چھ سپاہی تھے۔ 1769 کے بعد الٹا کیلیفورنیا میں مشن کے قیام کے بعد، ہسپانوی نے باجا کیلیفورنیا اور الٹا کیلیفورنیا، جسے لاس کیلیفورنیا کے نام سے جانا جاتا ہے، کو ایک واحد انتظامی اکائی کے طور پر مانٹیری کے ساتھ اس کا دارالحکومت قرار دیا، اور میکسیکو میں مقیم نیو اسپین کی وائسرائیلٹی کے دائرہ اختیار میں آتے رہے۔ شہر
باجا کیلیفورنیا میں تقریباً تمام مشن جیسوٹ آرڈر کے ارکان کے ذریعے قائم کیے گئے تھے جن کی حمایت چند فوجیوں نے کی تھی۔ اسپین کے چارلس III اور جیسوئٹس کے درمیان طاقت کے تنازعہ کے بعد، جیسوئٹ کالج بند کر دیے گئے اور یسوع کو 1767 میں میکسیکو اور جنوبی امریکہ سے نکال دیا گیا اور واپس اسپین بھیج دیا گیا۔ جیسوٹ آرڈر کی زبردستی بے دخلی کے بعد، زیادہ تر مشن فرانسسکن اور بعد میں ڈومینیکن فریئرز نے اپنے قبضے میں لے لیے تھے۔ یہ دونوں گروہ ہسپانوی بادشاہت کے بہت زیادہ براہ راست کنٹرول میں تھے۔ اس تنظیم نو نے سونورا میکسیکو اور باجا کیلیفورنیا میں بہت سے مشنوں کو ترک کر دیا۔ کیلیفورنیا میں اسپین کی کالونیوں میں برطانوی اور روسی تاجروں کی دخل اندازی کے خدشات نے فرانسسکن مشن کو الٹا کیلیفورنیا تک توسیع دینے کے ساتھ ساتھ پریسیڈیو کو بھی اکسایا۔