
اتحادیوں کے زیر قبضہ عراقی علاقے میں ایک امن کانفرنس کا انعقاد کیا گیا جہاں دونوں فریقوں نے جنگ بندی کے معاہدے پر بات چیت کی اور اس پر دستخط کئے۔ کانفرنس میں، عراق کو عارضی سرحد کی طرف مسلح ہیلی کاپٹر اڑانے کا اختیار دیا گیا تھا، بظاہر شہری انفراسٹرکچر کو پہنچنے والے نقصان کی وجہ سے حکومت کی آمدورفت کے لیے۔ اس کے فوراً بعد، یہ ہیلی کاپٹروں اور عراق کی زیادہ تر فوج کو جنوب میں بغاوت سے لڑنے کے لیے استعمال کیا گیا۔ یکم مارچ 1991 کو خلیجی جنگ بندی کے ایک دن بعد بصرہ میں عراقی حکومت کے خلاف بغاوت شروع ہوگئی۔ یہ بغاوت چند ہی دنوں میں جنوبی عراق کے تمام بڑے شیعہ شہروں: نجف، عمارہ، دیوانیہ، ہللا، کربلا، کوت، ناصریہ اور سماوہ تک پھیل گئی۔ 2 فروری 1991 کو "دی وائس آف فری عراق" کے نشر ہونے سے بغاوتوں کی حوصلہ افزائی کی گئی، جسے سعودی عرب سے باہر سی آئی اے کے زیر انتظام ریڈیو اسٹیشن سے نشر کیا گیا تھا۔ وائس آف امریکہ کی عربی سروس نے یہ کہہ کر بغاوت کی حمایت کی کہ باغیوں کی بھرپور حمایت کی گئی ہے اور وہ جلد ہی صدام سے آزاد ہو جائیں گے۔
شمال میں، کرد رہنماؤں نے امریکی بیانات کو قبول کیا کہ وہ بغاوت کی دل سے حمایت کریں گے، اور بغاوت شروع کرنے کی امید میں، لڑائی شروع کردی۔ تاہم جب کوئی امریکی مدد نہیں آئی تو عراقی جرنیل صدام کے وفادار رہے اور کردوں کی بغاوت اور جنوب میں ہونے والی بغاوت کو بے دردی سے کچل دیا۔ لاکھوں کرد پہاڑوں سے نکل کر ترکی اور ایران کے کرد علاقوں میں چلے گئے۔ 5 اپریل کو، عراقی حکومت نے "عراق کے تمام قصبوں میں بغاوت، تخریب کاری اور فسادات کو مکمل طور پر کچلنے کا اعلان کیا۔" ایک اندازے کے مطابق بغاوت میں 25000 سے 100,000 عراقی مارے گئے۔ ان واقعات کے نتیجے میں بعد میں شمالی اور جنوبی عراق میں نو فلائی زون قائم کیے گئے۔
کویت میں، امیر کو بحال کیا گیا، اور مشتبہ عراقی ساتھیوں کو دبایا گیا۔ بالآخر صدام کی PLO کی حمایت کی وجہ سے 400,000 سے زائد افراد کو ملک سے بے دخل کر دیا گیا، جن میں بڑی تعداد میں فلسطینی بھی شامل تھے۔ یاسر عرفات نے عراق کی حمایت پر معذرت نہیں کی، لیکن ان کی موت کے بعد محمود عباس نے PLO کی جانب سے 2004 میں باضابطہ طور پر معافی مانگی۔ یہ بات کویتی حکومت کی جانب سے اس گروپ کو باضابطہ طور پر معاف کرنے کے بعد سامنے آئی ہے۔
بش انتظامیہ پر کچھ تنقید ہوئی، کیونکہ انہوں نے بغداد پر قبضہ کرنے اور اس کی حکومت کا تختہ الٹنے کے بجائے صدام کو اقتدار میں رہنے کی اجازت دینے کا انتخاب کیا۔ 1998 میں اپنی مشترکہ لکھی ہوئی کتاب، A World Transformed، Bush اور Brent Scowcroft نے دلیل دی کہ اس طرح کے کورس سے اتحاد ٹوٹ جاتا، اور اس سے بہت سے غیر ضروری سیاسی اور انسانی اخراجات ہوتے۔