
กองทัพเรือฮอสปิทัลเลอร์เข้าร่วมใน สงครามออตโตมัน–เวนิส หลายครั้งในช่วงศตวรรษที่ 17 และต้นศตวรรษที่ 18 การสู้รบที่โดดเด่นคือการกระทำในวันที่ 28 กันยายน ค.ศ. 1644 ซึ่งนำไปสู่การปะทุของสงครามเครตัน กองทัพเรือถึงจุดสูงสุดในช่วงทศวรรษที่ 1680 ระหว่างที่ดำรงตำแหน่งผู้พิพากษา Gregorio Carafa เมื่อมาถึงจุดนี้ อู่ต่อเรือใน Birgu ก็ขยายใหญ่ขึ้น