
ขณะที่ประจำการอยู่ในมอลตา ออร์เดอร์และกองทัพเรือได้เข้าร่วมในการรบทางเรือหลายครั้งกับกองทัพเรือออตโตมันหรือโจรสลัดบาร์บารี คณะออร์เดอร์ได้ส่งเรือบรรทุกเรือและห้องครัวสี่ลำเพื่อสนับสนุนจักรวรรดิสเปนและพันธมิตรในการพิชิตตูนิสในปี ค.ศ. 1535 นอกจากนี้ยังเข้าร่วมในยุทธการที่เปรเวซา (ค.ศ. 1538) คณะสำรวจแอลเจียร์ (ค.ศ. 1541) และยุทธการที่เจรบา (ค.ศ. 1560) ซึ่งพวกออตโตมานได้รับชัยชนะเหนือกองกำลังคริสเตียน
เรือเดินสมุทรสี่ลำของคณะ ได้แก่ ซานตาเฟ่ ซานมิเคเล่ ซานฟิลิปโป และซานคลอดิโอ ล่มด้วยพายุทอร์นาโดในแกรนด์ฮาร์เบอร์ในปี ค.ศ. 1555 เรือเหล่านั้นถูกแทนที่ด้วยเงินทุนที่ส่งมาจากสเปน รัฐสันตะปาปา ฝรั่งเศส และสำนักนายกรัฐมนตรีเซนต์ไจลส์ . ห้องครัวแห่งหนึ่งถูกสร้างขึ้นด้วยค่าใช้จ่ายของปรมาจารย์คลอดด์ เดอ ลา เซนเกิล
เมื่อเมืองวัลเลตตาเริ่มสร้างขึ้นในทศวรรษที่ 1560 มีแผนที่จะสร้างคลังแสงและมันดราคิโอสำหรับกองทัพเรือของภาคี คลังแสงไม่เคยถูกสร้างขึ้น และในขณะที่งานเริ่มต้นเกี่ยวกับมันดราคคิโอ มันก็หยุดลง และพื้นที่ดังกล่าวก็กลายเป็นสลัมที่รู้จักกันในชื่อมานเดรัจจิโอ ในที่สุด คลังแสงก็ถูกสร้างขึ้นในเมือง Birgu ในปี 1597 ท่าเรือถูกสร้างขึ้นในคูน้ำของ Valletta ในปี 1654 แต่ปิดในปี 1685