ประมาณ 45,000 ปีก่อนคริสตศักราช มีการพบซากมนุษย์จากยุค Homo sapiens ตอนต้นในถ้ำ Koněprusy ใกล้เมือง Beroun การค้นพบเหล่านี้ตามมาด้วยการค้นพบเพิ่มเติม เช่น ถ้ำ Mladeč ซึ่งเป็นซากศพมนุษย์จาก 30,000 ปีก่อนคริสตศักราช และงาช้างมหึมาที่มีการแกะสลักอย่างละเอียด ซึ่งค้นพบใน Pavlov และ Předmostí ซึ่งเน้นการพัฒนาของศิลปะยุคแรกและการแสดงออกเชิงสัญลักษณ์ในพื้นที่ ใน Předmostí การสะสมซากศพมนุษย์ที่เกี่ยวข้องกับวัฒนธรรม Gravettian เผยให้เห็นถึงศิลปะขั้นสูง โดยเฉพาะอย่างยิ่งรูปปั้นวีนัส Venus of Dolní Věstonice มีอายุระหว่าง 29,000 ถึง 25,000 ปีก่อนคริสตศักราช เป็นสิ่งประดิษฐ์ที่โดดเด่นจากช่วงเวลานี้ และถูกค้นพบใน Dolní Věstonice ควบคู่ไปกับสิ่งประดิษฐ์อื่นๆ ในโมราเวียตอนใต้

ถ้ำโคลนายังคงเป็นสถานที่สำคัญ โดยจัดแสดงซากของนักล่าแมมมอธประมาณ 22,000 ปีก่อนคริสตศักราช และนักล่ากวางเรนเดียร์และม้าราวๆ 12,000 ปีก่อนคริสตศักราช ซึ่งบ่งบอกถึงประเพณีอันยาวนานของกิจกรรมการล่าสัตว์เฉพาะทาง ในยุคหินใหม่ ประมาณ 5,500 ถึง 4,500 ปีก่อนคริสตศักราช วัฒนธรรมเครื่องปั้นดินเผาเชิงเส้นได้ก่อตั้งขึ้นในดินแดนเช็ก สืบทอดโดยวัฒนธรรมการเกษตรอื่นๆ รวมถึงวัฒนธรรม Lengyel, Funnelbeaker และวัฒนธรรมเครื่องปั้นดินเผาที่ประดับด้วยลายเส้น ซึ่งเป็นจุดสิ้นสุดของยุคหินใน ภูมิภาคที่มีการเปลี่ยนแปลงไปสู่สังคมเกษตรกรรมที่ซับซ้อนมากขึ้น การตั้งถิ่นฐานในยุคแรกและความก้าวหน้าทางวัฒนธรรมทำให้ภูมิภาคเช็กเป็นหนึ่งในแหล่งโบราณคดีที่สำคัญของยุโรป

ในช่วงยุคทองแดงในดินแดนเช็ก สองวัฒนธรรมหลักได้ครอบงำ: วัฒนธรรมเครื่องถ้วยมีสายทางตอนเหนือและวัฒนธรรมบาเดนทางตอนใต้ เมื่อสังคมเหล่านี้ก้าวหน้าไป วัฒนธรรมเบลล์บีกเกอร์ก็ถือกำเนิดขึ้น โดยเป็นสะพานเชื่อมการเปลี่ยนแปลงจากยุคทองแดงไปสู่ยุคสำริดประมาณ 2,300 ปีก่อนคริสตศักราช เมื่อเริ่มต้นยุคสำริด วัฒนธรรม Únětice ได้หยั่งราก โดยตั้งชื่อตามหมู่บ้านใกล้กรุงปราก ซึ่งเป็นที่ซึ่งมีการขุดพบโบราณวัตถุและเนินดินฝังศพของพวกเขาครั้งแรกในทศวรรษที่ 1870 วัฒนธรรมนี้มองเห็นได้ชัดเจนเป็นพิเศษในโบฮีเมียตอนกลาง ตามมาด้วยวัฒนธรรมทูมูลุสในยุคสำริดกลางประมาณ 1600 ปีก่อนคริสตศักราช โดยมีพิธีฝังศพที่โดดเด่น

เมื่อถึงยุคสำริดตอนปลาย วัฒนธรรม Urnfield ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในประเพณีงานศพ โดยเผาศพและวางขี้เถ้าไว้ในโกศ ซึ่งเป็นแนวทางปฏิบัติที่แพร่กระจายไปทั่วดินแดนเช็กประมาณ 1,300–800 ปีก่อนคริสตศักราช ช่วงเวลานี้สิ้นสุดลงที่วัฒนธรรมฮัลล์ชตัทท์ ซึ่งครอบคลุมช่วงยุคสำริดตอนปลายจนถึงยุคเหล็กตอนต้น ถ้ำ Býčí skála ซึ่งเป็นสถานที่สำคัญของเมืองฮัลชตัทท์ในสาธารณรัฐเช็ก มีสิ่งค้นพบที่น่าทึ่ง รวมถึงรูปปั้นวัวทองสัมฤทธิ์ที่หายาก โบราณสถานหลายแห่งเหล่านี้ถูกใช้โดยวัฒนธรรมที่สืบทอดกันมานับพันปี โดยเน้นให้ดินแดนเช็กเป็นศูนย์กลางอย่างต่อเนื่องของวิวัฒนาการทางวัฒนธรรมและสังคมในยุโรปยุคก่อนประวัติศาสตร์

เมื่อยุคเหล็กเริ่มต้นขึ้นในบริเวณที่ปัจจุบันคือสาธารณรัฐเช็ก ชนเผ่าเซลติก รวมถึง Boii ผู้โด่งดัง ได้เข้ามาตั้งถิ่นฐานในพื้นที่นี้ Boii ตั้งชื่อให้ภูมิภาคนี้ว่า Boiohaemia ซึ่งพัฒนามาเป็นศัพท์สมัยใหม่ว่า Bohemia ประมาณช่วงเปลี่ยนศตวรรษที่ 1 ก่อนคริสตศักราช ชนเผ่าเซลติกเหล่านี้เผชิญกับแรงกดดันจากการอพยพชนเผ่าดั้งเดิม เช่น ชนเผ่า Marcomanni, Quadi และ Lombards ซึ่งท้ายที่สุดก็นำไปสู่การย้ายถิ่นฐานของ Boii

ในช่วงกลางศตวรรษที่ 1 ก่อนคริสตศักราช กษัตริย์ Dacian Burebista ได้ขยายอาณาจักรของเขาเพื่อรวมดินแดนที่ Boii อาศัยอยู่ด้วย อิทธิพลของพระองค์ขยายออกไปในส่วนของสิ่งที่ปัจจุบันคือสาธารณรัฐเช็ก โดยเฉพาะอย่างยิ่งส่งผลกระทบต่อพื้นที่ใกล้กับสโลวาเกีย อย่างไรก็ตาม อาณาจักรของ Burebista ล่มสลายหลังจากการสิ้นพระชนม์ของเขาใน 44 ปีก่อนคริสตศักราช ทำให้ดินแดน Boii เป็นอิสระจากการควบคุมของ Dacian

เรื่องราวโรมันเกี่ยวกับการเคลื่อนไหวของ Boii © ไทรการานัส

หลายศตวรรษต่อจากนั้น ทางใต้ของโมราเวียเห็นหลักฐานการมีอยู่ของทหารโรมัน รวมถึงค่ายฤดูหนาวที่สำคัญใกล้กับมูซอฟ ซึ่งสร้างขึ้นเพื่อรองรับทหารโรมันประมาณ 20,000 นาย ในช่วงสองศตวรรษแรกก่อนคริสต์ศักราช ชาวโรมันปะทะกับ Marcomanni บ่อยครั้ง ซึ่งเป็นหนึ่งในชนเผ่าดั้งเดิมที่มีอิทธิพลในภูมิภาคนี้ แผนที่ปโตเลไมออสสมัยศตวรรษที่ 2 ยังระบุถึงการตั้งถิ่นฐานดั้งเดิมหลายแห่งในพื้นที่ เช่น คอริดอร์จิส ซึ่งระบุว่าเป็นจิห์ลาวา ช่วงเวลานี้ถือเป็นช่วงเวลาแห่งการเปลี่ยนแปลงอำนาจและการมีปฏิสัมพันธ์ระหว่างเซลต์ ดาเซียน ชนเผ่าดั้งเดิม และโรมันในประวัติศาสตร์เช็กตอนต้น

ในศตวรรษที่ 6 การอพยพครั้งใหญ่ได้กวาดประชากรใหม่เข้าสู่ดินแดนเช็ก โดยเฉพาะชาวสลาฟ ซึ่งเริ่มตั้งถิ่นฐานในโบฮีเมียและโมราเวีย ชนเผ่าสลาฟเหล่านี้มาจากทางตะวันออก ซึ่งน่าจะได้รับแรงผลักดันจากแรงกดดันจากการอพยพของชนเผ่าดั้งเดิม เช่น แลงโกบาร์ดและทูรินเจียน ชาวสลาฟได้ตั้งถิ่นฐานทั่วยุโรปกลางและได้ก่อตั้งรากฐานทางวัฒนธรรมและเศรษฐกิจอย่างรวดเร็ว ซึ่งปัจจุบันมองเห็นได้จากโบราณวัตถุมากมาย รวมถึงเครื่องปั้นดินเผาประเภทปรากและการตั้งถิ่นฐาน เช่น พื้นที่ขนาดใหญ่ที่ Roztoky

ชาวสลาฟยุคแรกเผชิญกับความขัดแย้งบ่อยครั้งกับอาวาร์ ซึ่งเป็นกลุ่มเตอร์กเร่ร่อนที่ควบคุมลุ่มน้ำแพนโนเนียน พวก Avars บุกโจมตีดินแดนสลาฟและกระทั่งเข้าถึง จักรวรรดิแฟรงกิช อย่างไรก็ตาม ในช่วงต้นศตวรรษที่ 7 ชนเผ่าสลาฟในดินแดนเช็กได้รวมตัวกันภายใต้ผู้นำชื่อซาโม ซึ่งเป็นพ่อค้าชาวแฟรงก์ เพื่อต่อต้านการครอบงำของอาวาร์ ความเป็นผู้นำทางทหารที่ประสบความสำเร็จของซาโมนำไปสู่การก่อตั้งสหภาพทางการเมืองครั้งแรกของชนเผ่าสลาฟ หรือที่รู้จักในชื่ออาณาจักรของซาโม ซึ่งได้รับเอกราชจากทั้งอาวาร์และแฟรงค์ในช่วงสั้นๆ ก่อนที่มันจะสลายไปหลังจากการตายของซาโมในปี ค.ศ. 658 ดังบันทึกโดย นักประวัติศาสตร์ชาวแฟรงก์ เฟรเดการ์ ความเป็นผู้นำของซาโมโดดเด่นด้วยความเฉียบแหลมทางยุทธศาสตร์และความกล้าหาญ ทำให้เขาได้รับฉายาว่า "ราชาแห่งชาวสลาฟ" ในขณะที่เขานำกองกำลังสลาฟในการป้องกันอาวาร์และการรุกรานแบบแฟรงก์ได้สำเร็จ ในปี 631 การครองราชย์ของซาโมถือเป็นช่วงเวลาสำคัญเมื่อเขาเอาชนะกษัตริย์ดาโกเบิร์ตที่ 1 แห่งแฟรงค์กิชในยุทธการที่โวกาสติสเบิร์ก หลังจากชัยชนะครั้งนี้ ซาโมได้บุกโจมตีดินแดนแฟรงกิช และขยายอิทธิพลของเขาเหนือชนเผ่าสลาฟ รวมถึงชาวซอร์เบียด้วย

การตั้งถิ่นฐานของชาวสลาฟในช่วงแรกและพันธมิตรทางการเมืองเหล่านี้ได้วางรากฐานสำหรับรัฐต่างๆ ในอนาคต ซึ่งในที่สุดก็นำไปสู่การสถาปนาจักรวรรดิโมราเวียอันยิ่งใหญ่ในศตวรรษที่ 9 และการเกิดขึ้นของโบฮีเมียในฐานะมหาอำนาจที่สำคัญของภูมิภาค

ชาวสลาฟได้ตั้งหลักในดินแดนเช็กระหว่างการอพยพครั้งใหญ่ โดยเริ่มแรกอยู่ภายใต้การควบคุมของอาวาร์ในศตวรรษที่ 6 และเข้าร่วมในการโจมตีของอาวาร์ทั่วยุโรปกลาง ประมาณปี 623 ซาโม พ่อค้าชาวแฟรงก์ได้รวมชนเผ่าสลาฟทั่วโบฮีเมียและโมราเวียเข้าเป็นสหภาพทางการเมืองกลุ่มแรกที่รู้จักในชื่อ อาณาจักรของซาโม ความเป็นผู้นำของเขาทำให้ชาวสลาฟสามารถต่อต้านทั้งภัยคุกคามจากอาวาร์และแฟรงกิช ซึ่งปิดท้ายด้วยชัยชนะครั้งสำคัญของชาวสลาฟเหนือกองกำลังแฟรงกิชในยุทธการโวกาสติสเบิร์ก อย่างไรก็ตาม อาณาจักรของซาโมถูกยุบหลังจากการสวรรคตของเขาในปี 658 และอาวาร์ได้รับอิทธิพลกลับคืนมา โดยตั้งถิ่นฐานบนแม่น้ำดานูบและเรียกร้องการส่งบรรณาการจากชุมชนชาวสลาฟ

เมื่อถึงศตวรรษที่ 8 การตั้งถิ่นฐานของชาวสลาฟที่มีป้อมปราการและนักรบชั้นสูงก็ถือกำเนิดขึ้น ถือเป็นการกำเนิดศูนย์อำนาจในท้องถิ่น การรณรงค์ของชาร์ลมาญในช่วงปลายศตวรรษที่ 8 ได้ทำลายเสถียรภาพของอาวาร์ คากาเนตในที่สุด ทำให้ชาวสลาฟมีอิสระในการปกครองตนเองมากขึ้น ในบริบทใหม่นี้ โมราเวียกลายเป็นศูนย์กลางของชาวสลาฟที่โดดเด่นในช่วงต้นศตวรรษที่ 9 การรวมดินแดน Moravian และ Nitra ภายใต้ Mojmír I ได้วางรากฐานสำหรับ Great Moravia ซึ่งเป็นรัฐสลาฟตะวันตกที่สำคัญแห่งแรก

แผนที่ของยุโรปในปี ค.ศ. 900 แสดงเกรทโมราเวียและประเทศเพื่อนบ้าน © ทอชโค วิเรนสกี้

Rastislav ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อของ Mojmír ได้ขยายอิทธิพลของ Moravian ออกไปอีก และต่อต้านการครอบงำของ Frankish โดยเชิญมิชชันนารีไบแซนไทน์ Cyril และ Methodius ในปี 863 ให้ส่งเสริม ศาสนาคริสต์ และการรู้หนังสือใน Old Church Slavonic Svatopluk I หลานชายของ Rastislav ได้กระชับความสัมพันธ์ระหว่าง Moravia กับตำแหน่งสันตะปาปา โดยขยายขอบเขตไปสู่จุดสูงสุดในปลายศตวรรษที่ 9 อย่างไรก็ตาม ความขัดแย้งภายในและการรุกรานของ ชาวแมกยาร์ ทำให้อาณาจักรแตกร้าวหลังจากการตายของสวาโตพลุก นำไปสู่การล่มสลายของเกรตโมราเวียในที่สุดในปี 907 ยุคสำคัญนี้เป็นจุดเริ่มต้นของการพัฒนาในภายหลังของเช็กเกีย โดยมีพื้นฐานมาจากประเพณีสลาฟและการรู้หนังสือของคริสเตียน

ดัชชีแห่งโบฮีเมียก่อตั้งขึ้นในปลายศตวรรษที่ 9 ถือเป็นการเกิดขึ้นของการปกครองแบบสลาฟที่ชัดเจนในยุโรปกลาง ขณะที่เกรตโมราเวียกระจัดกระจายภายใต้แรงกดดัน ของ Magyar ประมาณปี 900 Bořivoj I แห่งราชวงศ์ Přemyslid ได้ก่อตั้งฐานทัพในกรุงปราก และเริ่มรวมดินแดนใกล้เคียงเข้าด้วยกัน สร้างรากฐานสำหรับรัฐเช็ก หลังจากการสวรรคตของเขา Spytihněv และ Vratislaus ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจาก Bořivoj ได้ร่วมมือกับกษัตริย์ Arnulf แห่งคารินเทียแห่งแฟรงก์ตะวันออกในปี 895 ซึ่งทำให้โบฮีเมียได้รับอิสรภาพจาก Great Moravia

ความขัดแย้งกับกษัตริย์ เยอรมัน โดยเฉพาะออตโตที่ 1 เกิดขึ้นบ่อยครั้ง ในที่สุดโบเลสเลาส์ก็เป็นพันธมิตรกับอ็อตโต โดยนำกองกำลังโบฮีเมียนต่อสู้กับพวกแมกยาร์ในยุทธการเลชเฟลด์ในปี 955 ซึ่งช่วยรักษาเสถียรภาพของภูมิภาค การก่อตั้งอธิการแห่งปรากในปี 973 ได้รวมโบฮีเมียเข้ากับยุโรปที่นับถือศาสนาคริสต์เพิ่มเติมภายใต้จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์

ในช่วงศตวรรษที่ 10 ดยุคโบเลสเลาส์ที่ 1 แห่งโบฮีเมียขยายออกไปทางตะวันออก ยึดคราคูฟและซิลีเซีย ซึ่งเป็นภูมิภาคที่เป็นที่สนใจของโปแลนด์เช่นกัน การแข่งขันครั้งนี้รุนแรงขึ้นเมื่อโปแลนด์ภายใต้การนำของดยุคโบเลสลาฟที่ 1 ผู้กล้าหาญขึ้นสู่อำนาจ ในปี 1002 หลังจากดยุควลาดิวอจสิ้นพระชนม์ โบเลสวัฟที่ 1 แห่งโปแลนด์บุกโบฮีเมียและเข้ายึดอำนาจ โดยปกครองเป็น โบเลสเลาส์ที่ 4 จนถึงปี 1004 เมื่อกษัตริย์เฮนรีที่ 2 ของเยอรมนีสนับสนุนกองกำลังโบฮีเมียในการขับไล่ผู้ปกครองโปแลนด์และสถาปนาการควบคุมพริชิสลิดขึ้นใหม่

ความขัดแย้งเพิ่มเติมเกิดขึ้นในศตวรรษที่ 11 โดยเฉพาะอย่างยิ่งภายใต้ดยุคเบรติสเลาส์ที่ 1 ซึ่งบุกโปแลนด์ในปี 1039 โดยยึดเมืองปอซนานและทำลายล้างเนียซโน อย่างไรก็ตาม ในเวลาต่อมาเบรติสเลาส์ถูกกษัตริย์เฮนรีที่ 3 ของเยอรมันบังคับให้ละทิ้งการพิชิตเหล่านี้ แม้ว่าโบฮีเมียจะรักษาโมราเวีย ซึ่งเป็นภูมิภาคที่มีคุณค่าทางยุทธศาสตร์​ไว้ก็ตาม

ตลอดยุคกลางตอนปลาย โบฮีเมียและโปแลนด์ยังคงแย่งชิงอิทธิพลอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในแคว้นซิลีเซีย ซึ่งเป็นภูมิภาคที่ทั้งสองอาณาจักรโต้แย้งกัน การแข่งขันที่ดำเนินอยู่นี้กำหนดรูปแบบการเมืองระดับภูมิภาคของยุโรปกลาง โดยโบฮีเมียและโปแลนด์มักเปลี่ยนระหว่างการแข่งขันและความร่วมมือ ขึ้นอยู่กับการเมืองของจักรวรรดิที่ใหญ่กว่าภายในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์

ดัชชีกลายเป็นศักดินาของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ในปี 1002 ภายใต้ดยุควลาดิวอจ ตลอดศตวรรษที่ 11 และ 12 ผู้ปกครองชาวโบฮีเมียมักแสวงหาความจงรักภักดีอันซับซ้อนกับจักรวรรดิและ โปแลนด์ โดยยึดคืนและสูญเสียดินแดน เช่น โมราเวียและซิลีเซีย ดยุคโบฮีเมียนค่อยๆ เสริมสร้างอำนาจภายในของตน บ่อยครั้งผ่านทางการแต่งงานเชิงกลยุทธ์และพันธมิตรทางทหาร ดังที่เห็นในสมัยวราทิสเลาส์ที่ 2 ซึ่งได้รับการสวมมงกุฎเป็นกษัตริย์โดยจักรพรรดิในปี 1085 ตำแหน่งดังกล่าวกลายมาเป็นกรรมพันธุ์ในปี ค.ศ. 1198 กับออตโตการ์ที่ 1 ซึ่งถือเป็นเครื่องหมายการเปลี่ยนผ่านของโบฮีเมียไปสู่อาณาจักรและ มหาอำนาจยุโรปที่สำคัญ การเปลี่ยนแปลงครั้งนี้ได้วางรากฐานสำหรับยุคทองของโบฮีเมียภายใต้ราชวงศ์ Přemyslid

ในยุคกลางตอนปลาย ดินแดนเช็กมีการเปลี่ยนแปลงอย่างมีนัยสำคัญในด้านโครงสร้างทางการเมือง อิทธิพลทางศาสนา และการเติบโตทางเศรษฐกิจ หลังจากการสิ้นพระชนม์ของพระเจ้าวลาดิสลาฟที่ 2 ในปี 1174 ราชวงศ์เปรมีสลิดต้องเผชิญกับความขัดแย้งภายใน และจักรพรรดิแห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ เฟรเดอริกที่ 1 (บาร์บารอสซา) ใช้ประโยชน์จากความไม่มั่นคงนี้เพื่อกำหนดให้โมราเวียและอธิการบดีปรากเป็นหน่วยงานที่แยกจากกัน ส่งผลให้จักรวรรดิมีอิทธิพลมากขึ้นในภูมิภาค อย่างไรก็ตาม การขึ้นสู่อำนาจของ Ottokar I ในปี 1197 ทำให้การปกครอง Přemyslid มีเสถียรภาพ การเจรจาของเขากับจักรพรรดิฟิลิปแห่งสวาเบียและออตโตที่ 4 ซึ่งเป็นคู่แข่งกัน พร้อมด้วยทองคำแห่งซิซิลีในปี 1212 ทำให้โบฮีเมียมีสถานะเป็นราชวงศ์ ทำให้บัลลังก์เป็นมรดกตกทอดและเสริมสร้างเอกราชของสถาบันกษัตริย์ภายในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์

ศตวรรษที่ 13 ทำให้เกิดการรวมตัวของคริสตจักรในโบฮีเมียเพิ่มเติม ออตโตการ์ที่ 1 ตกลงที่จะเพิ่มสิทธิในที่ดินของคริสตจักรและความเป็นอิสระของคริสตจักร แม้ว่าอำนาจทางโลกจะยังคงมีอำนาจเหนือกว่าก็ตาม ในช่วงกลางศตวรรษ โบฮีเมียมีการพัฒนาเมืองและเศรษฐกิจอย่างรวดเร็ว โดยได้รับแรงหนุนจากการขุดแร่เงินใกล้กับ Jihlava และ Kutná Hora การขุดเหมืองที่เฟื่องฟูนี้นำไปสู่การจัดตั้งกฎหมายการขุดและดึงดูดคนงานชาวเยอรมันที่มีทักษะ ส่งผลให้เกิดการขยายตัวของเมืองและอิทธิพลทางวัฒนธรรมของเยอรมัน

ภายใต้ออตโตการ์ที่ 2 โบฮีเมียขยายไปสู่ออสเตรีย สติเรีย และบางส่วนของคารินเทีย ถือเป็นจุดสูงสุดของอำนาจเปรมีสลิด อย่างไรก็ตาม หลังจากที่ออตโตการ์ที่ 2 พ่ายแพ้และสิ้นพระชนม์ในปี 1278 ต่อรูดอล์ฟแห่งฮับส์บูร์ก โบฮีเมียต้องเผชิญกับการแทรกแซงจากต่างประเทศและความไม่มั่นคงภายใน เวนเซสลาสที่ 2 พระราชโอรสของพระองค์ฟื้นเสถียรภาพในที่สุด โดยขยายอิทธิพลโบฮีเมียเหนือโปแลนด์และเหนือฮังการีในช่วงสั้นๆ โดยได้รับการสนับสนุนจากความมั่งคั่งจากการปฏิรูปเหมืองเงินและเหรียญกษาปณ์

แม้จะมีอำนาจ แต่ราชวงศ์ Přemyslid ก็จบลงด้วยการลอบสังหารเวนเซสลาสที่ 3 ในปี 1306 จากนั้นขุนนางชาวโบฮีเมียก็เชิญจอห์นแห่งลักเซมเบิร์กขึ้นครองบัลลังก์ ทำให้เกิดยุคใหม่ของการปกครองราชวงศ์ต่างชาติ ซึ่งจะนำไปสู่การขยายอาณาเขตเพิ่มเติมและการเสริมสร้างตำแหน่งของโบฮีเมีย ภายในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ภายใต้พระราชโอรสของพระองค์ พระเจ้าชาร์ลส์ที่ 4

ศตวรรษที่ 14 ถือเป็นยุคทองในประวัติศาสตร์เช็ก โดยเฉพาะในรัชสมัยของพระเจ้าชาร์ลที่ 4 ยุคนี้เริ่มต้นหลังจากการล่มสลายของราชวงศ์ Přemyslid ในปี 1306 ซึ่งนำไปสู่การเลือกตั้งของจอห์นแห่งลักเซมเบิร์กเป็นกษัตริย์โบฮีเมียน จอห์นแต่งงานกับเอลิซาเบธ ธิดาของกษัตริย์เพมีสลิดองค์สุดท้าย โดยได้รับสิทธิเรียกร้อง อย่างไรก็ตาม จอห์นไม่เป็นที่นิยมเนื่องจากเขาใช้เวลาเพียงเล็กน้อยในโบฮีเมียในการรณรงค์ทางทหารทั่วยุโรปจนกระทั่งเสียชีวิตในปี 1346 ใน ยุทธการที่เครซี พระราชโอรสของพระองค์ ชาร์ลส์ที่ 4 ทรงสืบต่อจากพระองค์ ทรงนำพาช่วงเวลาแห่งการเติบโตและอิทธิพลของโบฮีเมียอย่างที่ไม่เคยมีมาก่อน

พระเจ้าชาร์ลส์ที่ 4 ได้รับการเลี้ยงดูจากราชสำนัก ฝรั่งเศส และทรงนำความรู้สึกดังกล่าวมาสู่การปกครองของพระองค์ เขาได้ยกระดับความสำคัญทางศาสนาและการเมืองของปราก ทำให้ที่นี่เป็นที่ตั้งของอัครสังฆราชอิสระในปี 1344 และรวมอาณาจักรโบฮีเมียนให้มั่นคงด้วยการกำหนดดินแดนหลักอย่างเป็นทางการ ได้แก่ โบฮีเมีย โมราเวีย ซิลีเซีย และลูซาเทีย ภายใต้มงกุฎแห่งโบฮีเมีย พระเจ้าชาลส์ทรงสถาปนากรุงปรากให้เป็นเมืองหลวงของจักรพรรดิ ขยายออกไปโดยการก่อตั้งเมืองใหม่ และทรงริเริ่มโครงการก่อสร้างสำคัญๆ รวมถึงการบูรณะปราสาทปรากขึ้นใหม่ ในปี 1348 เขาได้ก่อตั้งมหาวิทยาลัยชาร์ลส์ ซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยแห่งแรกในยุโรปกลาง โดยตั้งใจให้เป็นศูนย์กลางการเรียนรู้ระดับนานาชาติ

ในปี ค.ศ. 1355 พระเจ้าชาลส์เสด็จไปยังกรุงโรม ที่ซึ่งเขาได้สวมมงกุฎเป็นจักรพรรดิแห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ซึ่งเป็นตำแหน่งที่เขาดำรงตำแหน่งจวบจนสิ้นพระชนม์ในปี ค.ศ. 1378 กระทิงทองคำของพระองค์ในปี ค.ศ. 1356 ได้ประมวลกระบวนการเลือกตั้งสำหรับจักรพรรดิในอนาคต และเพิ่มความแข็งแกร่งให้กับบทบาทของโบฮีเมียภายในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ โดยให้ ทรงเป็นกษัตริย์ในหมู่ผู้มีสิทธิเลือกตั้งทั้งเจ็ดของจักรวรรดิ พระเจ้าชาลส์ทรงได้รับตำแหน่งผู้เลือกเป็นบรันเดินบวร์กให้กับพระราชวงศ์ของพระองค์ ทำให้ชาวลักเซมเบิร์กมีอิทธิพลมากขึ้นในการเมืองของจักรวรรดิ

พระเจ้าชาร์ลส์สืบต่อโดยพระโอรสของพระองค์ เวนเซสลาสที่ 4 ซึ่งการครองราชย์ของพระองค์เต็มไปด้วยความไม่มั่นคง เวนเซสลาสขาดทักษะความเป็นผู้นำของบิดา และการที่เขาไม่สามารถแก้ไขความแตกแยกของสมเด็จพระสันตะปาปาได้นำไปสู่การปลดออกจากตำแหน่งกษัตริย์แห่งโรมันในปี 1400 ซิกิสมันด์ น้องชายต่างมารดาของเขา เข้ามารับตำแหน่งในจักรวรรดิในเวลาต่อมา Sigismund เรียกประชุมสภา Constance ซึ่งประณาม Jan Hus นักปฏิรูป การประหารชีวิตของ Hus ในปี 1415 จุดชนวนให้เกิดสงคราม Hussite ซึ่งเป็นความขัดแย้งทางศาสนาที่เขย่าภูมิภาคนี้มานานหลายปี แม้ว่าสงครามจะสิ้นสุดลงอย่างเป็นทางการในปี 1434 แต่ความตึงเครียดยังคงมีอยู่ โดยในที่สุด Sigismund ก็ได้รับการยอมรับว่าเป็นกษัตริย์โบฮีเมียนไม่นานก่อนที่เขาจะสิ้นพระชนม์ในปี 1437 นี่เป็นจุดสิ้นสุดการปกครองของราชวงศ์ลักเซมเบิร์กในโบฮีเมีย และปิดบทหนึ่งของยุคทองของโบฮีเมีย

สงคราม Hussite ซึ่งกินเวลาตั้งแต่ปี 1419 ถึง 1434 เป็นช่วงเวลาสำคัญในประวัติศาสตร์เช็ก ภายหลังยุคทองภายใต้พระเจ้าชาร์ลส์ที่ 4 สงครามเหล่านี้เกิดขึ้นจากความตึงเครียดทางศาสนาและการเมืองที่รุนแรงซึ่งจุดประกายโดยการประหารชีวิตแจน ฮุส นักปฏิรูปชาวเช็กผู้ประณามการทุจริตในคริสตจักร และเรียกร้องให้มีการปฏิรูปคล้ายกับการปฏิรูปของนักเทววิทยาชาวอังกฤษ จอห์น ไวคลิฟฟ์ สามีถูกสภาคอนสแตนซ์จับกุมและถูกเผาเพราะเป็นพวกนอกรีตในปี 1415 แม้ว่าจะได้รับการปฏิบัติอย่างปลอดภัยจากซิกิสมุนด์แห่งลักเซมเบิร์กก็ตาม การตายของเขาทำให้ชาวเช็กจำนวนมากโกรธเคือง โดยเฉพาะขุนนางและนักวิชาการที่สนับสนุนการปฏิรูปคริสตจักร สิ่งนี้กระตุ้นให้เกิดขบวนการ Hussite ที่เพิ่มมากขึ้นภายในโบฮีเมีย โดยแบ่งออกเป็นกลุ่ม Utraquists ระดับปานกลาง (ซึ่งสนับสนุนให้มีการมีส่วนร่วมทั้งในด้านขนมปังและไวน์) และกลุ่ม Taborites ที่หัวรุนแรงกว่า

หลังจากการสิ้นพระชนม์ของพระเจ้าเวนสเลาส์ที่ 4 ในปี 1419 ความรู้สึกต่อต้านคาทอลิกในโบฮีเมียก็รุนแรงขึ้น ซิกิสมุนด์ น้องชายของเขา ผู้ซึ่งสืบทอดมงกุฎโบฮีเมียน ประณามชาวฮุสไซต์ว่าเป็นคนนอกรีต และเปิดสงครามครูเสดต่อพวกเขาโดยได้รับการสนับสนุนจากสมเด็จพระสันตะปาปา อย่างไรก็ตาม Hussites ภายใต้ผู้บัญชาการที่มีทักษะเช่น Jan Žižka สามารถต่อต้านสงครามครูเสดเหล่านี้ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในการรบเช่น Sudoměř (1420) กองกำลังของ Žižka ใช้กลยุทธ์ที่สร้างสรรค์ โดยเฉพาะป้อมเกวียนและอาวุธปืนพกพาในยุคแรกๆ เพื่อป้องกันทหารม้าคาทอลิกที่หุ้มเกราะหนา กองทัพ Hussite กลายเป็นกองทัพที่น่าเกรงขามโดยใช้สงครามเคลื่อนที่และปืนใหญ่ในยุคแรกเพื่อเอาชนะกองกำลังคาทอลิกที่ใหญ่กว่าและมีอุปกรณ์ดีกว่าในการรบเช่น Německý Brod ในปี 1422 และ Tachov ในปี 1427

ตระกูลฮุสไซต์ซึ่งบัดนี้มีอำนาจและเป็นหนึ่งเดียวกันโดย "กฎสี่ข้อแห่งปราก" (ความต้องการเสรีภาพและการปฏิรูปทางศาสนา) ขยายการต่อสู้โดยการโจมตีหรือ Spanilé jízdy ทั่วภูมิภาคที่สนับสนุนคาทอลิกใน เยอรมนี ออสเตรีย และ ฮังการี แม้จะมีการแบ่งแยกภายในอย่างต่อเนื่อง แต่ผู้นำ Hussite เช่น Prokop the Great ก็ยังคงหยุดยั้งสงครามครูเสดหลายครั้ง อย่างไรก็ตาม ความขัดแย้งภายในเพิ่มมากขึ้นเมื่อกลุ่มอุทราควิสต์สายกลางพยายามประนีประนอมกับคริสตจักรคาทอลิก ในขณะที่กลุ่มหัวรุนแรงต้องการต่อสู้ต่อไป ความขัดแย้งระหว่างกลุ่มเหล่านี้ถึงจุดสูงสุดในปี 1434 เมื่อกองกำลังยูทราควิสต์ซึ่งเป็นพันธมิตรกับพวกครูเสดคาทอลิก เอาชนะพวกทาโบไรต์ในยุทธการที่ลิปานี และยุติสงครามฮุสไซต์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ

หลังจากนั้น พวก Hussites และคริสตจักรก็ตกลงในข้อตกลงแห่งบาเซิลในปี 1436 โดยอนุญาตให้ชาว Utraquists ปฏิบัติศรัทธาในแบบของตนในขณะที่ยอมจำนนต่ออำนาจของราชวงศ์ แม้ว่าชาวทาโบไรต์จะพ่ายแพ้ แต่ลัทธิอุตราควิสต์ยังคงมีความสำคัญในโบฮีเมียจนกระทั่ง การปฏิรูปโปรเตสแตนต์ ในศตวรรษที่ 16 สงครามทำให้เกิดรอยแผลเป็นลึกบนดินแดนเช็ก ทำให้จำนวนประชากรลดลงและสร้างความเสียหายให้กับเศรษฐกิจในท้องถิ่น ความขัดแย้งทางศาสนาเกิดขึ้นมานานหลายศตวรรษ แต่มรดกของ Hussite ได้หล่อหลอมอัตลักษณ์ของเช็ก และมีอิทธิพลต่อขบวนการโปรเตสแตนต์ในเวลาต่อมา รวมถึงกลุ่มพี่น้องชาวโมราเวียและแนวคิดการปฏิรูปในยุโรปกลาง

หลังจาก สงคราม Hussite มงกุฎโบฮีเมียนได้ส่งต่อไปยังราชวงศ์ฮับส์บูร์ก โดยมีอัลเบิร์ต บุตรเขยของซิกิสมุนด์ สวมมงกุฎเป็นกษัตริย์ การครองราชย์ของอัลเบิร์ตนั้นสั้น และเขาก็สิ้นพระชนม์หลังจากนั้นไม่นาน ลาดิสลอส ลูกชายมรณกรรมของเขา สืบทอดบัลลังก์แต่ยังเด็กเกินไปที่จะปกครอง ผู้สำเร็จราชการตกเป็นของจอร์จแห่งโพเดียบราดี ขุนนางผู้มีความสามารถซึ่งเป็นผู้นำโบฮีเมียได้อย่างมีประสิทธิภาพ และต่อมาได้รับการสวมมงกุฎด้วยสิทธิ์ของเขาเองในปี 1458 จอร์จเป็นที่รู้จักในนาม "ราชาแห่งสองชนชาติ" จอร์จมุ่งเป้าที่จะรักษาสมดุลระหว่างคาทอลิกและฮุสไซต์ โดยสนับสนุนให้มีความอดทนทางศาสนาและ กระทั่งเสนอให้มีสหภาพสันติภาพยุโรป อย่างไรก็ตาม รัชสมัยของพระองค์ต้องเผชิญกับการต่อต้านจากขุนนางคาทอลิกที่ก่อตั้งเอกภาพแห่งภูเขาเขียว และหลังจากที่สมเด็จพระสันตะปาปาปอลที่ 2 ทรงคว่ำบาตรพระองค์ กษัตริย์มัทธีอัส คอร์วินุสแห่งฮังการีก็รุกราน ทำให้เกิดสงครามโบฮีเมียน- ฮังการี

เมื่อจอร์จสิ้นพระชนม์ในปี 1471 วลาดิสเลาส์ที่ 2 แห่งราชวงศ์จากีลลอนก็ขึ้นครองบัลลังก์ เพื่อยุติสงครามกับ Corvinus สนธิสัญญา Olomouc ในปี 1479 ได้แบ่งดินแดนโบฮีเมียน โดยให้ Corvinus ปกครองโมราเวีย ซิลีเซีย และลูซาเทีย อย่างไรก็ตาม วลาดีสเลาส์ที่ 2 ได้ฟื้นฟูสันติภาพทางศาสนาด้วยสันติภาพคุตนา โฮราในปี 1485 ทำให้ขุนนางและสามัญชนสามารถติดตามนิกายโรมันคาทอลิกหรือลัทธิฮัสซิตได้อย่างอิสระ เมื่อ Corvinus สิ้นพระชนม์ในปี 1490 วลาดิสเลาส์ได้ดินแดนที่ถูกยกขึ้นคืนและกลายเป็นกษัตริย์แห่งฮังการีด้วย โดยปกครองจากบูดาและสร้างความสัมพันธ์ระหว่างราชวงศ์ Jagiellon และ Habsburg ผ่านทางพันธมิตรการแต่งงานที่ได้เจรจากันในการประชุมรัฐสภาครั้งแรกแห่งเวียนนา

พระเจ้าหลุยส์ที่ 2 พระราชโอรสของวลาดิสเลาส์ สืบต่อจากพระองค์ แต่ต้องพบกับจุดจบอันน่าสลดใจในสมรภูมิโมฮาคส์ในปี 1526 ซึ่งกองกำลัง ออตโตมัน บุกโจมตีกองทัพฮังการี และหลุยส์จมน้ำตายระหว่างการล่าถอย เมื่อไม่มีรัชทายาท มงกุฎโบฮีเมียนจึงหวนคืนสู่ราชวงศ์ฮับส์บูร์ก โดยเฉพาะพระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 1 ซึ่งทรงควบคุมฮับส์บูร์กเหนือโบฮีเมีย และสร้างพลวัตทางอำนาจของยุโรปกลางมานานหลายศตวรรษต่อจากนี้

หลังจากยุทธการที่โมฮัคในปี 1526 ดินแดนเช็กตกอยู่ภายใต้ การปกครองของราชวงศ์ฮับส์บูร์ก เริ่มต้นยุคที่ซับซ้อนซึ่งเกิดจาก ความขัดแย้งทางศาสนา และความตึงเครียดทางการเมือง เฟอร์ดินันด์ที่ 1 ราชวงศ์ฮับส์บูร์กคนแรกที่ปกครองโบฮีเมีย เผชิญกับแรงกดดันภายนอกจากกองกำลังออตโตมัน เช่นเดียวกับอิทธิพลของโปรเตสแตนต์ที่เพิ่มมากขึ้น เฟอร์ดินันด์เผชิญกับความท้าทายทันทีในการรักษาเสถียรภาพโบฮีเมียท่ามกลางภัยคุกคามที่เพิ่มขึ้นจาก จักรวรรดิออตโตมัน ซึ่งปัจจุบันควบคุมพื้นที่อันกว้างใหญ่ของ ฮังการี เพื่อรักษาความปลอดภัยให้กับโบฮีเมีย เฟอร์ดินานด์ได้รวมอำนาจไว้ที่ศูนย์กลาง ลดเอกราชของขุนนางในท้องถิ่น และบังคับใช้ออร์ทอดอกซ์คาทอลิก นโยบายของเขาเพิ่มความตึงเครียดกับขุนนางโบฮีเมียนโปรเตสแตนต์ซึ่งส่วนใหญ่ยอมรับแนวคิดเรื่องการปฏิรูป เพื่อเป็นการตอบสนอง ขุนนางโปรเตสแตนต์และอุตราควิสต์ในโบฮีเมียเริ่มต่อต้านนโยบายของฮับส์บูร์ก โดยแสวงหาเสรีภาพทางศาสนาและรักษาเอกสิทธิ์ของท้องถิ่น

ในทศวรรษที่ 1540 ความตึงเครียดทวีความรุนแรงมากขึ้นเมื่อเฟอร์ดินันด์และพระอนุชา จักรพรรดิชาร์ลส์ที่ 5 พยายามระดมการสนับสนุนของชาวคาทอลิกเพื่อต่อต้านสันนิบาตชมัลคัลดิกโปรเตสแตนต์ในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ขุนนางเช็กสนับสนุนเฟอร์ดินันด์อย่างไม่เต็มใจ แต่ต่อต้านนโยบายการรวมศูนย์และการกดขี่ของโปรเตสแตนต์ ซึ่งนำไปสู่การกบฏในปี 1547 ซึ่งเฟอร์ดินันด์ปราบอย่างเด็ดขาด หลังจากชัยชนะ เขาได้ริบทรัพย์สินจากขุนนางผู้กบฏ และสนับสนุนการเผยแพร่ศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก โดยเฉพาะอย่างยิ่งการเชิญคณะเยสุอิตมาที่ปรากในปี 1556

แม็กซิมิเลียนที่ 2 ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากเฟอร์ดินันด์ มีจุดยืนที่ใจกว้างมากขึ้น โดยให้เสรีภาพทางศาสนาแก่ชาวโปรเตสแตนต์ตามคำสารภาพของเช็ก และยืนยันอีกครั้งถึงการคุ้มครองทางกฎหมายสำหรับประชากรชาวยิวในโบฮีเมีย ภายใต้พระราชโอรสของแม็กซิมิเลียน รูดอล์ฟที่ 2 ซึ่งย้ายราชสำนักไปยังปรากในปี 1583 เมืองนี้กลายเป็นศูนย์กลางทางวัฒนธรรมที่โดดเด่น ดึงดูดศิลปินและนักวิชาการจากทั่วยุโรป อย่างไรก็ตาม ความลุ่มหลงส่วนตัวและนิสัยสันโดษของรูดอล์ฟนำไปสู่การละเลยกิจการของรัฐ และแมทเธียส ผู้สืบทอดตำแหน่งคาทอลิกของเขา ได้รวมอำนาจไว้ที่เวียนนา และเริ่มยกเลิกสัมปทานทางศาสนาที่รูดอล์ฟมอบให้ ความตึงเครียดถึงจุดสุดยอดในปี 1609 เมื่อรูดอล์ฟถูกบังคับให้ออกพระราชสาส์นแห่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว โดยให้เสรีภาพทางศาสนาอันมากมายแก่ชาวโปรเตสแตนต์ชาวโบฮีเมีย

เฟอร์ดินานด์ที่ 2 ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากมัทธีอัส ซึ่งเป็นชาวคาทอลิกผู้กระตือรือร้น เพิกเฉยต่อพระราชสาส์นแห่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ซึ่งจุดชนวนให้เกิดการป้องกันป้อมปราการครั้งที่สองอันโด่งดังของปราก ซึ่งขุนนางโปรเตสแตนต์ได้โยนเจ้าหน้าที่คาทอลิกสองคนออกจากหน้าต่างปราสาทในปี ค.ศ. 1618 การกระทำนี้จุดชนวนให้เกิดการจลาจลของชาวโบฮีเมีย ซึ่งนำไปสู่สงครามสามสิบปี .

สงครามสามสิบปี (ค.ศ. 1618–1648) เริ่มขึ้นในโบฮีเมียพร้อมกับการปฏิวัติโบฮีเมียน ซึ่งเป็นปฏิกิริยาต่อต้านการปราบปรามเสรีภาพของโปรเตสแตนต์ในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ที่เพิ่มมากขึ้นของกลุ่มคาทอลิก ฮับส์บูร์ก ความตึงเครียดปะทุขึ้นหลังจากที่จักรพรรดิแมทเธียสทรงแต่งตั้งลูกพี่ลูกน้องชาวคาทอลิกของเขา เฟอร์ดินันด์ที่ 2 ให้เป็นผู้สืบทอด แม้ว่าเฟอร์ดินันด์จะมีจุดยืนต่อต้านโปรเตสแตนต์อย่างแข็งขันก็ตาม ชาวโปรเตสแตนต์เกรงว่าเขาจะเพิกถอนเสรีภาพที่สัญญาไว้ในพระราชสาส์นแห่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ซึ่งนำไปสู่การปกป้องกรุงปรากในปี ค.ศ. 1618 ซึ่งขุนนางโปรเตสแตนต์โยนเจ้าหน้าที่คาทอลิกสองคนของเฟอร์ดินันด์ลงจากหน้าต่างปราสาท เหตุการณ์นี้เป็นสัญลักษณ์ของการต่อต้านอย่างเปิดเผยต่ออำนาจของฮับส์บูร์ก และก่อให้เกิดความขัดแย้งในยุโรปที่มีศูนย์กลางอยู่ที่ความตึงเครียดทางศาสนาและการเมืองภายในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์

ที่ดินของโปรเตสแตนต์ในโบฮีเมียได้ยกกองทัพและประกาศให้เฟรเดอริกที่ 5 แห่งพาลาทิเนต ซึ่งเป็นโปรเตสแตนต์เป็นกษัตริย์ของพวกเขา ท้าทายการควบคุมของฮับส์บูร์ก เพื่อเป็นการตอบสนอง พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 2 ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากมัทธีอัส ทรงเป็นพันธมิตรกับสันนิบาตคาทอลิกและรวบรวมกองกำลังเพื่อปราบปรามการกบฏ การรบแตกหักที่ไวท์เมาน์เทนในปี 1620 กองทัพโบฮีเมียพ่ายแพ้ใกล้กับกรุงปราก ซึ่งนำไปสู่การตอบโต้อย่างรุนแรง ขุนนางโปรเตสแตนต์ต้องเผชิญกับการประหารชีวิต ในขณะที่การยึดที่ดินอย่างกว้างขวางทำให้ทรัพย์สินของชาวโบฮีเมียตกไปอยู่ในมือของขุนนางคาทอลิก ซึ่งหลายคนเป็นพันธมิตรชาวเยอรมันที่จงรักภักดี การสูญเสียอย่างเด็ดขาดนี้เริ่มต้นยุคแห่งการบังคับให้เปลี่ยนศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกอีกครั้ง โดยที่ราชวงศ์ฮับส์บูร์กขับไล่นักบวชนิกายโปรเตสแตนต์ ยึดที่ดินอันสูงส่ง และบังคับใช้แนวทางปฏิบัติของคาทอลิก ที่ดินที่ถูกยึดถูกแจกจ่ายให้กับขุนนางคาทอลิกผู้จงรักภักดี หลายคนมาจาก เยอรมนี ซึ่งนำไปสู่การเปลี่ยนสัญชาติเยอรมันอย่างมีนัยสำคัญในดินแดนเช็ก

เมื่อสงครามขยายไปทั่วยุโรป โบฮีเมีย โมราเวีย และซิลีเซียกลายเป็นสมรภูมิสำคัญ ทนต่อการรุกรานและการยึดครองอย่างไม่หยุดยั้งของกองทัพต่างชาติต่างๆ ดึงดูดเดนมาร์ก สวีเดน และฝรั่งเศส โดยแต่ละฝ่ายมีผลประโยชน์ของตนเองในการจำกัดอำนาจของฮับส์บูร์ก โบฮีเมียและโมราเวีย ซึ่งเป็นสมรภูมิกลางในช่วงสงคราม ได้รับความเสียหายอย่างกว้างขวางจากการยึดครอง การปล้นสะดม และโรคภัยไข้เจ็บ ผู้นำทางทหารโดยกำเนิดในเช็กที่มีชื่อเสียง ได้แก่ อัลเบรชท์ ฟอน วอลเลนสไตน์ ซึ่งในตอนแรกต่อสู้เพื่อฝ่ายฮับส์บูร์กก่อนที่จะสอดคล้องกับผลประโยชน์ของนิกายโปรเตสแตนต์ และยาน อามอส โคเมเนียส นักศาสนศาสตร์นิกายโปรเตสแตนต์ที่ถูกเนรเทศ ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของการสูญเสียวัฒนธรรมในโบฮีเมีย

เศรษฐกิจและชุมชนท้องถิ่นได้รับความเสียหาย หมู่บ้าน ปราสาท และเมืองถูกปล้นหรือถูกทำลาย การทำลายล้างของสงครามรุนแรงมากจนเมื่อสิ้นสุดในปี ค.ศ. 1648 โบฮีเมียได้สูญเสียประชากรไปเกือบสองในสาม โดยบางพื้นที่ลดลงถึง 50% เนื่องจากความอดอยาก โรคภัยไข้เจ็บ และการสูญเสียทางทหารอย่างหนัก

ในปี ค.ศ. 1648 สนธิสัญญาเวสต์ฟาเลียยุติความขัดแย้งอย่างเป็นทางการ โดยยืนยันการควบคุมของฮับส์บูร์กและการอยู่ใต้บังคับบัญชาของโบฮีเมียภายในจักรวรรดิ สนธิสัญญาดังกล่าวทำให้การบูรณาการโบฮีเมียเข้ากับระบอบกษัตริย์ฮับส์บูร์กและการปกครองแบบรวมศูนย์จากเวียนนา ช่วงเวลานี้ซึ่งมักเรียกกันว่า "ยุคมืด" ในประวัติศาสตร์เช็ก ส่งผลให้เกิดการปราบปรามวัฒนธรรมโปรเตสแตนต์ของเช็ก บังคับให้ปฏิบัติตามศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก และการเปลี่ยนให้เป็นเยอรมันอย่างกว้างขวางซึ่งจะหล่อหลอมดินแดนเช็กมานานหลายศตวรรษ

ช่วงเวลาหลังสงครามสามสิบปี มักเรียกกันว่า "ยุคมืด" ในประวัติศาสตร์เช็ก ซึ่งกินเวลาตั้งแต่กลางศตวรรษที่ 17 จนถึงปลายศตวรรษที่ 18 ยุคนี้โดดเด่นด้วยการรวมอำนาจของราชวงศ์ฮับส์บูร์กและการกำจัดลัทธิโปรเตสแตนต์อย่างเป็นระบบ โดยเฉพาะอย่างยิ่งลัทธิ Hussitism ซึ่งเจริญรุ่งเรืองในภูมิภาคก่อนสงคราม ราชวงศ์ฮับส์บูร์ก บังคับใช้มาตรการ ต่อต้านการปฏิรูป ที่เข้มงวด โดยส่งเสริมออร์ทอดอกซ์คาทอลิก ขณะเดียวกันก็ปราบปรามผู้เห็นต่างและจำกัดสิทธิของขุนนางเช็กที่ส่วนใหญ่เป็นนิกายโปรเตสแตนต์

ในปี ค.ศ. 1663 โมราเวียเผชิญกับการรุกรานของ พวกเติร์กและตาตาร์ออต โตมัน ซึ่งนำไปสู่การจับกุมบุคคลประมาณ 12,000 คนเป็นทาส กองทัพฮับส์บูร์กตอบโต้ภายใต้การบังคับบัญชาของฌอง-หลุยส์ ราดุยต์ เดอ ซูชส์ โดยประสบความสำเร็จบางส่วนในการต่อสู้กับออตโตมานโดยการยึดคืนดินแดน เช่น นิตราและเลวิซ ชัยชนะครั้งสำคัญในสมรภูมิเซนต์กอตธาร์ดในปี ค.ศ. 1664 บังคับให้ออตโตมานลงนามในสนธิสัญญาวาสวาร์ ซึ่งทำให้ภูมิภาคมีเสถียรภาพชั่วคราวเป็นเวลาประมาณ 20 ปี

ในรัชสมัยของพระเจ้าเลโอโปลด์ที่ 1 (ค.ศ. 1656–1705) ได้มีการปฏิบัติการทางทหารเพิ่มเติมต่อออตโตมาน ซึ่งปิดท้ายด้วยการรณรงค์ที่ประสบความสำเร็จในการคืนพื้นที่บางส่วนของ ฮังการี ให้อยู่ภายใต้การควบคุมของฮับส์บูร์ก หลังจากการปกครองของเลโอโปลด์ โจเซฟที่ 1 (ค.ศ. 1705–1711) และพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 6 (ค.ศ. 1711–1740) ยังคงสำรวจความซับซ้อนของการปกครองฮับส์บูร์กเหนือดินแดนที่หลากหลาย

ภายใต้จักรพรรดิชาร์ลส์ที่ 6 โดเมนฮับส์บูร์กได้รวมเป็นหนึ่งเดียวทางการบริหารในช่วงต้นศตวรรษที่ 18 โดยได้สถาปนากฎหมายการสืบทอดมรดกทางพันธุกรรมที่อนุญาตให้มาเรีย เทเรซา ธิดาของเขาสืบทอดราชบัลลังก์ได้ อย่างไรก็ตาม เอกภาพที่กำหนดโดยราชวงศ์ฮับส์บูร์กทั่วดินแดนเช็ก ยังคงสร้างความแปลกแยกให้กับขุนนางในท้องถิ่นและประชากรที่พูดภาษาเช็ก สำหรับชาวเช็กจำนวนมาก การต่อต้านการปฏิรูปอย่างกดขี่ ความเสื่อมถอยทางเศรษฐกิจ และการสูญเสียชนชั้นสูงชาวเช็กโดยกำเนิด ถือเป็นยุคแห่งความยากลำบากและการปราบปรามทางวัฒนธรรม ซึ่งเป็นการเปิดเวทีสำหรับขบวนการชาตินิยมเช็กในเวลาต่อมา​

แม้จะมีสภาพแวดล้อมที่กดดัน แต่วัฒนธรรมบาโรกก็เริ่มเจริญรุ่งเรืองในดินแดนเช็กในช่วงเวลานี้ และยุคนั้นได้วางรากฐานสำหรับการปฏิรูปสังคมและการศึกษาในอนาคต และในที่สุดขบวนการระดับชาติของเช็กก็ผงาดขึ้นมาในศตวรรษที่ 19

ยุคแห่งลัทธิสมบูรณาญาสิทธิราชย์ที่รู้แจ้งในดินแดนเช็กภายใต้มาเรีย เทเรซา (ค.ศ. 1740–1780) และลูกชายของเธอ โจเซฟที่ 2 (พ.ศ. 2323–2333) นำมาซึ่งการเปลี่ยนแปลงครั้งสำคัญที่ได้รับอิทธิพลจากอุดมการณ์แห่งการรู้แจ้ง ผู้ปกครองทั้งสองต้องการการบริหารงานโบฮีเมียที่มีเหตุผลและมีประสิทธิภาพมากขึ้น โดยย้ายไปรวมศูนย์การควบคุมและลดอำนาจของนิคมในภูมิภาค การปกครองแบบรวมศูนย์นี้มีจุดมุ่งหมายเพื่อรวมดินแดน ฮับส์บูร์ก เข้าด้วยกัน แต่ค่อยๆ รื้อถอนเอกราชแบบดั้งเดิมของอาณาจักรโบฮีเมียน

การปกครองของมาเรีย เทเรซาถูกท้าทายในตอนแรกเมื่อพระเจ้าฟรีดริชที่ 2 แห่ง ปรัสเซีย ซึ่งเป็นพันธมิตรกับบาวาเรียและแซกโซนี บุกโบฮีเมียในปี พ.ศ. 2283 แม้จะยึดคืนโบฮีเมียส่วนใหญ่ได้ แต่มาเรีย เทเรซาก็ถูกบังคับให้ยกแคว้นซิลีเซียเกือบทั้งหมดให้กับปรัสเซียในสนธิสัญญาเบรสเลา (พ.ศ. 2285) กีดกันโบฮีเมียจากภูมิภาคอุตสาหกรรมส่วนใหญ่ ต่อมาเธอได้รวมการปกครองแบบโบฮีเมียนเข้ากับออสเตรีย โดยทำลายอำนาจทางการเมืองของเช็ก และสร้างภาษาเยอรมันเป็นภาษาทางการในการปกครอง การปฏิรูปของเธอขยายไปถึงคริสตจักรและการศึกษา การโอนโรงเรียนเป็นชาติ ขจัดอิทธิพลของนิกายเยซูอิต และส่งเสริมวิทยาศาสตร์มากกว่าเทววิทยา แม้ว่าชาวเยอรมันจะมีความโดดเด่นมากขึ้น แต่การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ยังขยายการเข้าถึงทางการศึกษาอีกด้วย โดยเปิดโอกาสให้ประชาชนเช็กก้าวหน้า

การปฏิรูปดำเนินต่อไปภายใต้โจเซฟที่ 2 ซึ่งขยายความอดทนทางศาสนาด้วยสิทธิบัตรความอดทนในปี พ.ศ. 2324 โดยอนุญาตให้มีการนมัสการโปรเตสแตนต์ พระองค์ทรงยกเลิกพันธกรณีของระบบศักดินา เช่น การบังคับใช้แรงงาน โดยให้เสรีภาพแก่ชาวนาในการเคลื่อนย้ายและแต่งงาน การเคลื่อนย้ายทางสังคมที่เพิ่มขึ้นนี้ทำให้ชาวนาเช็กจำนวนมากอพยพไปยังเมืองต่างๆ เร่งการเติบโตของเมือง การพัฒนาอุตสาหกรรม และการเกิดขึ้นของชนชั้นกลางเช็กในเมืองต่างๆ ซึ่งก่อนหน้านี้ส่วนใหญ่พูดภาษาเยอรมัน

ความก้าวหน้าทางสังคมและเศรษฐกิจที่เกิดจากการปฏิรูปเหล่านี้ได้ช่วยเหลือประชากรเช็กในท้ายที่สุด การขยายตัวทางอุตสาหกรรมด้วยการลงทุนในสิ่งทอ ถ่านหิน และการผลิตแก้ว และพื้นที่เขตเมืองก็ขยายตัวเมื่อชาวเช็กย้ายเข้ามาทำงานและสถาบันการศึกษา อย่างไรก็ตาม การทำให้การปกครองแบบเยอรมันและชนชั้นสูงคุกคามเอกลักษณ์ทางวัฒนธรรมของเช็ก ซึ่งนำไปสู่การกัดเซาะเอกราชของอาณาจักรโบฮีเมียอย่างค่อยเป็นค่อยไป

ภายใต้การปกครองในเวลาต่อมา โดยเฉพาะอย่างยิ่งฟรานซิสที่ 2 การปฏิรูปหลายอย่างของโยเซฟถูกถอยกลับภายใต้แรงกดดันจากชนชั้นสูง และจักรวรรดิออสเตรียก็ถือกำเนิดขึ้นหลังจากการล่มสลายของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ในปี พ.ศ. 2349 แม้ว่าการปฏิรูปของมาเรีย เทเรซาและโจเซฟที่ 2 จะทำให้การปกครองตนเองทางการเมืองของเช็กอ่อนแอลง พวกเขาวางรากฐานทางอ้อมสำหรับการฟื้นฟูแห่งชาติเช็กด้วยการส่งเสริมชนชั้นกลางเช็กที่มีความรู้และมีส่วนร่วม ซึ่งต่อมาจะสนับสนุนอัตลักษณ์ของชาติและเอกราช

ในปี ค.ศ. 1805 กองทัพของนโปเลียนบุกครองดินแดนออสเตรีย และไปสิ้นสุดในยุทธการเอาสเตอร์ลิทซ์หรือยุทธการที่ 3 จักรพรรดิ ซึ่งสู้รบในโมราเวียใต้ใกล้เบอร์โน ชัยชนะของนโปเลียนเหนือกองกำลังผสมออสเตรียและรัสเซียบีบให้จักรพรรดิฮับส์บูร์กฟรานซิสที่ 1 ลงนามในสนธิสัญญาเพรสสบูร์ก ซึ่งยกดินแดนอันกว้างใหญ่ของฮับส์บูร์กให้กับพันธมิตรของนโปเลียน หลังจากนั้นไม่นาน จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ก็ถูกล่มสลายอย่างเป็นทางการ และแทนที่นโปเลียนได้ก่อตั้งสมาพันธ์แม่น้ำไรน์ ซึ่งเป็นกลุ่มรัฐของเยอรมนีภายใต้อิทธิพลของฝรั่งเศส

สำหรับดินแดนเช็ก การล่มสลายของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ถือเป็นจุดสิ้นสุดของยุคหนึ่ง เมื่อจักรวรรดิออสเตรียกลายเป็นองค์กรใหม่ภายในยุโรปกลาง การปรับโครงสร้างใหม่นี้ทำให้การควบคุมแบบรวมศูนย์ของราชวงศ์ฮับส์บูร์กเพิ่มเติม รวมถึงเหนือราชอาณาจักรโบฮีเมียน และเพิ่มความตึงเครียดให้กับประชากรเช็กเนื่องจากการเกณฑ์ทหาร การเก็บภาษี และความต้องการทรัพยากรในช่วงการทัพนโปเลียน แรงกดดันเหล่านี้กระตุ้นให้เกิดความไม่พอใจในท้องถิ่น และส่งผลทางอ้อมต่อการรับรู้ที่เพิ่มขึ้นเกี่ยวกับอัตลักษณ์ประจำชาติของเช็ก ซึ่งต่อมาได้ขับเคลื่อนการฟื้นฟูชาติของเช็ก

ต้นศตวรรษที่ 19 ถือเป็นช่วงเวลาแห่งความตื่นตัวของชาติในโบฮีเมีย ในขณะที่ยุโรปกลางประสบกับคลื่นแห่งลัทธิชาตินิยมที่ได้รับแรงบันดาลใจจากการปฏิวัติฝรั่งเศสและการขยายตัวของนโปเลียน สำหรับชาวเช็ก สิ่งนี้แปลเป็นการฟื้นฟูวัฒนธรรมที่นำโดยไม่ได้นำโดยขุนนางเยอรมัน แต่โดยปัญญาชนเช็กที่เพิ่มขึ้น ซึ่งส่วนใหญ่มาจากต้นกำเนิดของชาวนา ปัญญาชนเหล่านี้ริเริ่มการฟื้นฟูแห่งชาติเช็ก ซึ่งมีเป้าหมายเพื่อฟื้นฟูภาษา วรรณกรรม และอัตลักษณ์ของเช็ก

ในขั้นต้น การฟื้นฟูเน้นไปที่ภาษาศาสตร์ นักวิชาการเช่น Josef Dobrovský และ Josef Jungmann ได้จัดทำเอกสารและปรับปรุงภาษาเช็กให้ทันสมัย ​​ซึ่งส่วนใหญ่ดำรงอยู่ได้เพียงเป็นภาษาท้องถิ่นในชุมชนชนบทเท่านั้น งานด้านภาษาของ Dobrovský และความพยายามของ Jungmann ในการพัฒนาภาษาเช็กให้เป็นภาษาวรรณกรรมช่วยสร้างเวทีสำหรับวรรณกรรมเช็ก การมีส่วนร่วมของพวกเขากระตุ้นให้มีผู้อ่านชาวเช็กเพิ่มมากขึ้น และสนับสนุนผลงานต้นฉบับของนักเขียนอย่าง Ján Kollár, Karel Hynek Mácha และนักเขียนบทละคร เช่น Josef Kajetán Tyl

ในทางสถาบัน การเคลื่อนไหวดังกล่าวแข็งแกร่งขึ้นด้วยการก่อตั้งพิพิธภัณฑ์แห่งอาณาจักรโบฮีเมียนในปี พ.ศ. 2361 ซึ่งเป็นศูนย์กลางของทุนการศึกษาของเช็ก และสถานที่ที่อัตลักษณ์ของเช็กสามารถเจริญรุ่งเรืองผ่านการตีพิมพ์และการวิจัย พิพิธภัณฑ์แห่งนี้เปิดตัววารสารเช็กในปี พ.ศ. 2370 และในปี พ.ศ. 2373 ได้รวมเข้ากับ Matice česká ซึ่งเป็นสมาคมที่ตีพิมพ์หนังสือและสนับสนุนวัฒนธรรมเช็ก องค์กรเหล่านี้วางตำแหน่งปรากให้เป็นศูนย์กลางการศึกษาเกี่ยวกับภาษาสลาฟ โดยสร้างความสัมพันธ์กับประเทศสลาฟอื่นๆ

บุคคลที่มีอิทธิพลมากที่สุดในการฟื้นฟูครั้งนี้คือ František Palacký นักประวัติศาสตร์ โดยอาศัยอุดมคติชาตินิยมของประเพณี Hussite ปาลัคกี้ได้เขียนประวัติศาสตร์อันยิ่งใหญ่ของชาวเช็ก ซึ่งเฉลิมฉลองการต่อต้านการกดขี่ของเช็ก และมุ่งเป้าที่จะสร้างแรงบันดาลใจให้กับจิตสำนึกทางการเมืองของเช็ก งานของเขาวางกรอบการต่อสู้ของเช็กโดยเป็นส่วนหนึ่งของมรดกสลาฟและโปรเตสแตนต์ที่กว้างขึ้น โดยเชื่อมโยงกับอุดมคติของ Jan Amos Komenský นักการศึกษาผู้มีอิทธิพลและผู้นำพี่น้องชาวเช็ก ภายในปี 1848 ระหว่างการปฏิวัติครั้งใหญ่ของยุโรป ปาลัคกี้กลายเป็นผู้นำทางการเมืองของชาวเช็ก โดยพัฒนาวิสัยทัศน์ที่มีรากฐานมาจากการฟื้นฟูวัฒนธรรม ซึ่งจะกลายเป็นศูนย์กลางของอัตลักษณ์ประจำชาติของเช็ก

การปฏิวัติในปี 1848 ใน จักรวรรดิออสเตรีย ซึ่งได้รับแรงบันดาลใจจาก การปฏิวัติฝรั่งเศส ในปี 1848 ก่อให้เกิดการลุกฮือของลัทธิเสรีนิยมและชาตินิยม ซึ่งรวมถึงในอาณาจักรโบฮีเมียด้วย ที่นั่น ชาวเยอรมัน ชาวเยอรมันและชาวเช็กได้ร่วมมือกันในคณะกรรมการระดับชาติเป็นครั้งแรก อย่างไรก็ตาม เมื่อสมาชิกชาวเยอรมันถอนตัวออกไปโดยสนับสนุนวิสัยทัศน์ "เยอรมนีอันยิ่งใหญ่" ก็ได้เน้นย้ำถึงความตึงเครียดระหว่างเช็ก-เยอรมนีที่กำลังอุบัติขึ้น ฟรานติเชค ปาลัคกี้ ผู้นำสาธารณรัฐเช็กสนับสนุนลัทธิออสโตร-สลาฟ โดยเสนอว่าจักรวรรดิออสเตรียยังคงสภาพสมบูรณ์เป็นป้อมปราการต่อต้านการขยายตัวของเยอรมนีและ รัสเซีย โดยจักรวรรดิได้ปรับโครงสร้างใหม่เป็นสหพันธ์จังหวัดสลาฟเพื่อรักษาผลประโยชน์ของชาวสลาฟ

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2391 การประชุมสภาสลาฟครั้งแรกจัดขึ้นในกรุงปราก โดยรวบรวมตัวแทนชาวสลาฟจากทั่วทั้งจักรวรรดิ รวมทั้งเช็ก สโลวัก โปแลนด์ ชาวยูเครน สโล วีเนีย โครแอต และเซิร์บ ความพยายามเพื่อความสามัคคีของชาวสลาฟนี้ต้องเผชิญกับการต่อต้านอย่างรุนแรงจากทั้งผู้รักชาติชาวเยอรมันและทางการฮับส์บูร์ก ในที่สุดการปฏิวัติก็ถูกบดขยี้โดยกองกำลังออสเตรีย ผู้ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากรัสเซีย สามารถฟื้นฟูการควบคุมของจักรพรรดิได้ ซึ่งนำไปสู่ระบอบทหารที่กดขี่ภายใต้จักรพรรดิฟรานซ์ โจเซฟ

ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2391 ถึง พ.ศ. 2410 ฟรานซ์ โจเซฟ ปกครองในฐานะกษัตริย์สมบูรณาญาสิทธิราชย์ ใช้กำลังยึดครองและบังคับใช้กฎอัยการศึกในโบฮีเมีย ความสูญเสียทางการทหารในต่างประเทศทำให้จักรวรรดิอ่อนแอลง และในปี พ.ศ. 2410 ฟรานซ์ โจเซฟได้ประกาศใช้ข้อตกลงประนีประนอมระหว่างออสเตรีย-ฮังการี ทำให้เกิดระบบกษัตริย์คู่ร่วมกับฮังการี แต่ไม่รวมข้อเรียกร้องของเช็กในเรื่องการปกครองตนเอง ในโบฮีเมีย ผู้รักชาติชาวเยอรมันและเช็กพบว่าตนเองถูกกีดกันโดยกองทัพฮับส์บูร์ก ซึ่งปราบปรามขบวนการชาตินิยมทั้งสองเพื่อรักษาเอกภาพของจักรวรรดิ ช่วงเวลานี้ทำให้ชาวเช็กและชาวสลาฟอื่นๆ ในออสเตรีย-ฮังการีรู้สึกแปลกแยกมากขึ้นเรื่อยๆ ทำให้เกิดการเคลื่อนไหวชาตินิยมต่อไปในทศวรรษต่อๆ ไป

ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2410 ถึง พ.ศ. 2461 ดินแดนเช็กซึ่งประกอบด้วยโบฮีเมีย โมราเวีย และบางส่วนของซิลีเซีย เป็นส่วนหนึ่งของแคว้นซิสไลทาเนียน (ออสเตรีย) ครึ่งหนึ่งของจักรวรรดิ ออสโตร - ฮังการี หลังจากการประนีประนอมระหว่างออสโตร-ฮังการี แม้ว่าออสเตรียและฮังการีจะรวมกันเป็นหนึ่งเดียวภายใต้จักรพรรดิฟรานซ์ โจเซฟที่ 1 แต่ออสเตรียและฮังการีก็ดำเนินการอย่างเป็นอิสระโดยมีรัฐสภาและฝ่ายบริหารที่แยกจากกัน สำหรับชาวเช็ก ช่วงเวลานี้นำมาซึ่งความหวังในการปกครองตนเองภายในจักรวรรดิ แต่ท้ายที่สุดแล้ว แรงบันดาลใจของพวกเขาก็พบกับการต่อต้านอย่างมาก

ในขั้นต้น ผู้นำเช็กแสวงหาระดับการปกครองตนเองที่คล้ายกับของฮังการี ในปีพ.ศ. 2414 บทความพื้นฐานสัญญาว่าจะฟื้นฟูสิทธิทางประวัติศาสตร์แก่โบฮีเมีย โดยจินตนาการถึงระบอบกษัตริย์แบบสหพันธรัฐ แต่การตอบโต้จากฝ่ายเยอรมันและฮังการีทำให้แผนนี้ไม่เป็นรูปธรรม แม้จะมีความพ่ายแพ้ แต่การเป็นตัวแทนของเช็กก็เติบโตขึ้นหลังปี ค.ศ. 1907 เมื่อการลงคะแนนเสียงของผู้ชายสากลทำให้เช็กมีส่วนร่วมทางการเมืองมากขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งผ่านความร่วมมือของพรรคเช็กเก่ากับรัฐบาลของเคานต์เอดูอาร์ด ทาฟเฟ ความร่วมมือนี้นำไปสู่การได้รับผลประโยชน์ที่สำคัญ เช่น การยอมรับภาษาเช็กเป็นภาษาราชการในการบริหารราชการของโบฮีเมียในปี พ.ศ. 2423 และการแบ่งมหาวิทยาลัย Charles-Ferdinand ในปรากออกเป็นสถาบันเช็กและ เยอรมัน ที่แยกจากกันในปี พ.ศ. 2425

เมื่อการเคลื่อนไหวทางการเมืองของเช็กพัฒนาขึ้น แนวทางของเช็กเก่าก็สูญเสียความนิยม ส่งผลให้คนหนุ่มสาวเช็กกล้าแสดงออกมากขึ้น สังคมเช็กแตกแยกตามรุ่นและอุดมการณ์ โดยผู้นำรุ่นเยาว์ผลักดันให้เกิดอิสรภาพมากขึ้นและปะทะกับผู้รักชาติชาวเยอรมันซึ่งต่อต้านการมองเห็นภาษาและวัฒนธรรมของเช็กที่เพิ่มขึ้น อย่างไรก็ตาม ในโมราเวีย การประนีประนอมเกิดขึ้นในปี พ.ศ. 2448 เป็นการปกป้องสิทธิทางวัฒนธรรมของเช็ก ซึ่งตรงกันข้ามกับการแบ่งแยกทางชาติพันธุ์ที่รุนแรงกว่าของโบฮีเมีย

ในช่วงเปลี่ยนศตวรรษ ความตึงเครียดเกี่ยวกับชาตินิยมเพิ่มมากขึ้น และการเคลื่อนไหวทางการเมืองก็ทวีความรุนแรงมากขึ้นด้วยบุคคลเช่น Tomáš Masaryk ที่สนับสนุนประชาธิปไตยและอธิปไตยของประชาชน เมื่อเริ่มต้น สงครามโลกครั้งที่ 1 ความท้อแท้ของเช็กกับการปกครองฮับส์บูร์กก็ลึกซึ้งยิ่งขึ้น แถลงการณ์ของนักเขียนชาวเช็กในปี พ.ศ. 2460 เรียกร้องให้เช็กเอกราช โดยขยายข้อเรียกร้องเพื่อเอกราชที่จะถึงจุดสูงสุดในการก่อตั้งเชโกสโลวาเกียหลังจากการล่มสลายของจักรวรรดิในปี พ.ศ. 2461

กองทัพเชโกสโลวะเกียมีบทบาทสำคัญในการเกิดขึ้นของเชโกสโลวะเกียในฐานะรัฐเอกราช โดยหล่อหลอมเอกลักษณ์ของตนผ่านการปฏิบัติการในช่วง สงครามโลกครั้งที่ 1 และ สงครามกลางเมืองรัสเซีย ในเวลาต่อมา

เมื่อสงครามโลกครั้งที่ 1 เริ่มขึ้นในปี 1914 ผู้นำเช็กและสโลวักอย่าง Tomáš Garrigue Masaryk และ Milan Rastislav Štefánik มองเห็นโอกาสที่จะผลักดันเอกราชจากจักรวรรดิ ออสโตร - ฮังการี ผู้อพยพชาวเช็กและสโลวักในรัสเซียยื่นคำร้องให้จัดตั้งหน่วยทหารอาสาสมัคร "ดรูชินา" ซึ่งต่อมาได้พัฒนาเป็นกองทัพเชโกสโลวัก เพื่อแสดงความจงรักภักดีต่อมหาอำนาจที่ตกลงใจ แม้ว่าในตอนแรกจะมีขนาดเล็ก แต่ในไม่ช้าหน่วยนี้ก็ได้รับการสนับสนุนจากเชลยศึกเช็กและสโลวักจากออสเตรีย-ฮังการี และเติบโตขึ้นเป็นกองกำลังที่น่าเกรงขามมากกว่า 100,000 นาย

ในรัสเซีย กองทัพได้รับชื่อเสียงหลังจากชนะการรบกับกองทัพออสเตรีย โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่ซโบรอฟในปี 1917 ซึ่งทำให้ชื่อเสียงของพวกเขาสูงขึ้นอย่างมาก และนำรัฐบาลเฉพาะกาลของรัสเซียให้การยอมรับและขยายกองทัพอย่างเป็นทางการ หลังการปฏิวัติเดือนตุลาคมในรัสเซีย มาซาริกได้จัดทำแผนการถอนกองทัพไปยัง ฝรั่งเศส ผ่านทางทางรถไฟสายทรานส์ไซบีเรีย โดยมีเป้าหมายที่จะต่อสู้กับฝ่ายมหาอำนาจกลางต่อไป อย่างไรก็ตาม ความตึงเครียดกับกองกำลังบอลเชวิคทำให้เกิดการปะทะกันตามเส้นทางรถไฟในที่สุด และกองทัพก็พัวพันกับสงครามกลางเมืองรัสเซียอย่างลึกซึ้ง การควบคุมทางรถไฟของ Legion และชัยชนะเชิงกลยุทธ์ต่อกองกำลังบอลเชวิคมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการต่อต้านต่อต้านบอลเชวิคของขบวนการสีขาวในไซบีเรีย

ในขณะเดียวกัน ในฝรั่งเศสและอิตาลี หน่วยเชโกสโลวักขนาดเล็ก เช่น กองร้อย "Nazdar" ทำหน้าที่อย่างโดดเด่นในกองทัพพันธมิตร ซึ่งมีส่วนทำให้ชื่อเสียงของ Legion ทั่วยุโรป ภายในปี พ.ศ. 2461 รัฐบาลพันธมิตรเริ่มรับรองสภาแห่งชาติเชโกสโลวักอย่างเป็นทางการว่าเป็นรัฐบาลลี้ภัยที่ถูกต้องตามกฎหมาย ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากความกล้าหาญของกองทัพ

ในฤดูใบไม้ร่วงปี พ.ศ. 2461 เมื่อสงครามโลกครั้งที่ 1 ใกล้สิ้นสุดลงและจักรวรรดิออสโตร-ฮังการีล่มสลาย เชโกสโลวาเกียจึงประกาศเอกราชอย่างเป็นทางการ หลังจากการสงบศึก ลำดับความสำคัญของ Legion ก็เปลี่ยนไปเป็นการกลับบ้าน แม้ว่าฝ่ายรัสเซียขาวและแดงจะล่าช้าในตอนแรก แต่ในที่สุดกองทัพลีเจียนแนร์ก็ออกจากไซบีเรียด้วยการขนส่งหลายรูปแบบ และกลับมายังบ้านเกิดใหม่ภายในปี พ.ศ. 2463 ทหารผ่านศึกของกองทัพมีบทบาทสำคัญในกองทัพเชโกสโลวักที่จัดตั้งขึ้นใหม่ และก่อตั้งองค์กรที่มีอิทธิพล เช่น สมาคมแห่ง Czechoslovak Legionnaires ซึ่งช่วยให้รัฐหนุ่มมีความมั่นคง

มรดกของ The Legion เชื่อมโยงอย่างลึกซึ้งกับเรื่องราวการก่อตั้งของเชโกสโลวะเกีย ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของการต่อสู้เพื่อการตัดสินใจด้วยตนเอง เรื่องราวของเรื่องนี้ยังคงเป็นข้อพิสูจน์อันทรงพลังถึงการเดินทางของชาวเช็กและสโลวักจากกลุ่มชาติพันธุ์ที่ถูกยึดครองภายในจักรวรรดิฮับส์บูร์กไปจนถึงพลเมืองของเชโกสโลวะเกียที่เป็นอิสระ

การก่อตั้งเชโกสโลวาเกียในปี พ.ศ. 2461 ถือเป็นการเกิดขึ้นของรัฐใหม่ที่มีความหลากหลายทางเชื้อชาติในยุโรปกลางหลังจากการล่มสลายของจักรวรรดิออสโตร-ฮังการี สาธารณรัฐเชโกสโลวักที่หนึ่ง นำโดยTomáš Garrigue Masaryk และ Edvard Beneš ในตอนแรกมีความมั่นคงทางการเมืองและการเติบโตทางเศรษฐกิจ อย่างไรก็ตาม ประชากรที่หลากหลายรวมถึงชนกลุ่มน้อยที่สำคัญ เช่น ชาวเยอรมัน (ส่วนใหญ่อยู่ในซูเดเตนแลนด์) ชาวฮังกาเรียน และชาวรูเธเนียน ซึ่งก่อให้เกิดความตึงเครียดและการแข่งขันขบวนการชาตินิยม

หลังจากประกาศอิสรภาพในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2461 ผู้นำของเชโกสโลวะเกียได้จัดตั้งรัฐบาลเฉพาะกาลและรัฐธรรมนูญที่เป็นประชาธิปไตยภายใน พ.ศ. 2463 โดยมีมาซาริกเป็นประธานาธิบดีและแนวร่วมที่เรียกว่า "เปตกา" ยังคงรักษาเสถียรภาพทางการเมือง แม้จะมีกรอบการทำงานที่หลากหลายจากหลายเชื้อชาติ แต่โครงสร้างของรัฐบาลแบบรวมศูนย์ได้กระตุ้นให้เกิดความไม่พอใจในหมู่ชนกลุ่มน้อยที่แสวงหาเอกราชมากขึ้น ในช่วงปลายคริสต์ทศวรรษ 1920 รัฐบาลอนุญาตให้มีตัวแทนและสิทธิทางภาษาแก่ชนกลุ่มน้อยในการบริหารส่วนท้องถิ่น แต่ผู้รักชาติชาวเยอรมันและสโลวักจำนวนมากยังคงไม่พอใจ เนื่องจากกลัวว่าวัฒนธรรมจะถูกปราบปราม

การผงาดขึ้นของอดอล์ฟ ฮิตเลอร์ในปี พ.ศ. 2476 ทำให้เกิดความตึงเครียดเพิ่มมากขึ้น โดยเฉพาะในหมู่ชาวเยอรมันซูเดเตนที่นำโดยพรรคซูเดเตนเยอรมัน (SdP) ของคอนราด เฮนไลน์ ซึ่งได้รับการสนับสนุนอย่างมากจากการสนับสนุนจากนาซี ในปีพ.ศ. 2481 SdP เรียกร้องให้ซูเดเตนแลนด์มีเอกราชและมีความสอดคล้องกับนาซีเยอรมนี และการเพิ่มกิจกรรมทางทหารในภูมิภาคนำไปสู่การสู้รบระหว่างเชโกสโลวะเกีย-เยอรมันที่เพิ่มมากขึ้น แรงกดดันจากต่างประเทศถึงจุดสูงสุดในข้อตกลงมิวนิก ซึ่งในเดือนกันยายน พ.ศ. 2481 ได้ยกซูเดเทนลันด์ให้กับเยอรมนี พระราชบัญญัตินี้ได้รื้อสาธารณรัฐเชโกสโลวักที่หนึ่ง ทำลายเสถียรภาพของประเทศและปูทางให้เยอรมันยึดครองดินแดนเช็กในปี พ.ศ. 2482

เชโกสโลวะเกียเผชิญกับการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ในช่วง สงครามโลกครั้งที่สอง โดยเริ่มต้นจากการแบ่งแยกและการยึดครองโดย นาซีเยอรมนี หลังจากข้อตกลงมิวนิกในปี พ.ศ. 2481 บังคับให้เชโกสโลวะเกียยกดินแดนซูเดเตนแลนด์ให้แก่เยอรมนี ซึ่งเป็นเขตชายแดนที่มีประชากรชาวเยอรมันหนาแน่น การป้องกันของรัฐก็อ่อนแอลงอย่างยิ่ง ไม่นานหลังจากนั้น ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2482 แวร์มัคท์ของเยอรมันก็บุกเข้ามา และฮิตเลอร์ได้ประกาศอาณาเขตในอารักขาของโบฮีเมียและโมราเวีย ทำให้ดินแดนเช็กส่วนที่เหลืออยู่ภายใต้การควบคุมของเยอรมัน สโลวาเกียแยกตัวออกเป็นรัฐหุ่นเชิดที่แยกจากกัน และคาร์เพเทียน รูเทเนียถูก ฮังการี ผนวก

ภายใต้การปกครองของนาซี อุตสาหกรรมของเช็ก โดยเฉพาะโรงงาน Škoda ได้รับการออกแบบใหม่เพื่อรองรับเครื่องจักรสงครามของเยอรมัน โดยผลิตอาวุธและเสบียงที่จำเป็นต่อกองทัพนาซี ชาวเช็กจำนวนมากถูกบังคับให้ทำงาน ทั้งในเยอรมนีหรือในท้องถิ่นเพื่อสนับสนุนการยึดครองนี้ มีการบังคับใช้การตอบโต้อย่างรุนแรง โดยมีชาวเช็กประมาณ 300,000 คน ซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวยิว ต้องพินาศ การยึดครองทวีความรุนแรงขึ้นในปี พ.ศ. 2485 หลังจากการลอบสังหารไรน์ฮาร์ด เฮย์ดริช ผู้รักษาการผู้พิทักษ์ไรช์ และเป็นหนึ่งในสถาปนิกของการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ โดยนักสู้ฝ่ายต่อต้านชาวเช็ก ในการตอบโต้ กองกำลังเยอรมันได้ทำลายหมู่บ้าน Lidice และ Ležáky สังหารผู้อยู่อาศัยส่วนใหญ่

รัฐบาลพลัดถิ่นของเช็ก นำโดยอดีตประธานาธิบดีเอ็ดวาร์ด เบเนช ปฏิบัติการจากลอนดอน ประสานงานการต่อต้านและทำงานเพื่อการสนับสนุนจากฝ่ายสัมพันธมิตร ในปีพ.ศ. 2485 รัฐบาลที่ถูกเนรเทศได้รับการยอมรับและปฏิเสธข้อตกลงมิวนิก การต่อต้านภายในเชโกสโลวะเกียมีทั้งเครือข่ายใต้ดินและกลุ่มติดอาวุธ ซึ่งทำให้กิจกรรมการรบแบบกองโจรรุนแรงขึ้นเมื่อสงครามดำเนินไป ในปีพ.ศ. 2487 การลุกฮือแห่งชาติสโลวักพยายามโค่นล้มรัฐบาลสโลวักที่สนับสนุนนาซี แต่ท้ายที่สุดก็ถูกปราบปราม

การสิ้นสุดการยึดครองของนาซีเกิดขึ้นในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2488 เมื่อกองทัพโซเวียตปลดปล่อยกรุงปราก หลังสงคราม รัฐบาลเชโกสโลวะเกียกลับมา และเอ็ดวาร์ด เบเนชลงนามในกฤษฎีกาให้ขับไล่ประชากรเชื้อสายเยอรมันออกจากเชโกสโลวะเกีย ซึ่งนำไปสู่การบังคับย้ายถิ่นฐานหลายล้านคน Subcarpathian Ruthenia ถูกยกให้กับ สหภาพโซเวียต และเชโกสโลวะเกียหลังสงครามมีเป้าหมายที่จะสถาปนาตัวเองขึ้นใหม่เป็นรัฐที่เป็นเอกภาพ แม้ว่าจะมีบาดแผลลึกจากการยึดครอง ความขัดแย้ง และการแบ่งแยกทางชาติพันธุ์ก็ตาม

การต่อต้านของเช็กต่อการยึดครองของนาซีในเขตอารักขาของโบฮีเมียและโมราเวียเริ่มขึ้นทันทีหลังจากการสถาปนารัฐในอารักขา ของเยอรมนี ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2482 การต่อต้านในช่วงแรกรวมถึงการประท้วงครั้งใหญ่ การคว่ำบาตรระบบขนส่งสาธารณะ และการประท้วง แม้ว่าทางการเยอรมันจะระงับกิจกรรมนี้ไว้มาก แต่การต่อต้านใต้ดินก็เริ่มรวมตัวกัน โดยมีกลุ่มต่างๆ เช่น Central Leadership of Home Resistance (ÚVOD) เป็นรูปเป็นร่าง นำโดยผู้เนรเทศเชโกสโลวะเกียเช่นประธานาธิบดี Edvard Beneš และ František Moravec จากลอนดอน ÚVOD ได้ประสานการต่อต้านภายในเขตอารักขา โดยหลักๆ ผ่านเครือข่ายของกลุ่มลับ เช่น ศูนย์การเมือง คณะกรรมการคำร้อง "เรายังคงซื่อสัตย์" และการป้องกันประเทศ พวกเขาสนับสนุนความพยายามในการรวบรวมข่าวกรองและสนับสนุนการกระทำต่อต้านการยึดครองอย่างกว้างขวาง

ปฏิบัติการที่มีชื่อเสียงที่สุดอย่างหนึ่งของกลุ่มต่อต้านคือการลอบสังหารไรน์ฮาร์ด เฮย์ดริช เจ้าหน้าที่ระดับสูงของนาซีและไรช์โปรเทคเตอร์ผู้โหดเหี้ยม ในวันที่ 27 พฤษภาคม พ.ศ. 2485 นักสู้ต่อต้าน ยาน คูบิส และโจเซฟ กาบชิก ได้ซุ่มโจมตีเฮย์ดริชในกรุงปราก ก่อให้เกิดความเสียหายอย่างรุนแรงต่อผู้นำเยอรมันในเขตอารักขา อย่างไรก็ตาม กองกำลังเยอรมันตอบโต้ด้วยการตอบโต้อย่างรุนแรง รวมถึงการทำลายหมู่บ้าน Lidice และ Ležáky และการประหารชีวิตจำนวนมาก การปราบปรามครั้งนี้ได้ทำลายล้างเครือข่ายต่อต้าน นำไปสู่การยุบกลุ่ม ÚVOD และทำให้กลุ่มต่อต้านอยู่ในความระส่ำระสายไปตลอดชีวิตที่เหลือของการยึดครอง

ในช่วงปีหลังสงคราม กลุ่มพรรคพวกเช่นกองพล Jan Žižka ได้ทำสงครามกองโจรโดยมุ่งเป้าไปที่โครงสร้างพื้นฐานของเยอรมนีผ่านการก่อวินาศกรรมและการซุ่มโจมตี โดยเฉพาะอย่างยิ่งตามเส้นทางรถไฟ พลพรรคซึ่งปฏิบัติการส่วนใหญ่ในพื้นที่ห่างไกลหรือพื้นที่ภูเขา เติบโตขึ้นจนครอบคลุมสมาชิกที่หลากหลาย เช่น คนงานในชนบทของเช็ก อดีตเชลยศึก และแม้แต่ผู้ละทิ้งชาวเยอรมัน

การต่อต้านถึงจุดสูงสุดในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2488 โดยมีการจลาจลในกรุงปราก ซึ่งเป็นการก่อจลาจลทั่วเมืองในช่วงวันสุดท้ายของสงคราม พลเรือนโจมตีกองกำลังเยอรมัน สร้างเครื่องกีดขวาง และต่อสู้กับการต่อสู้บนท้องถนน แม้ว่ากองทัพแดงจะมาถึงในวันที่ 9 พฤษภาคมเพื่อปลดปล่อยเมืองอย่างเป็นทางการ แต่ปรากก็เกือบจะได้รับอิสรภาพจากความพยายามในท้องถิ่น การจลาจลครั้งนี้กลายเป็นสัญลักษณ์ของความสามารถในการฟื้นตัวของเช็ก และต่อมาภายใต้ระบอบการปกครองของคอมมิวนิสต์ ได้รับการตีกรอบใหม่เป็นการบรรยายถึงเอกภาพระหว่างโซเวียตและเช็ก การต่อต้านในช่วง สงครามโลกครั้งที่ 2 ยังคงเป็นบทสำคัญในประวัติศาสตร์เชโกสโลวะเกีย ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของความมุ่งมั่นของประเทศที่จะต่อต้านการยึดครอง แม้จะมีการตอบโต้และปราบปรามอย่างรุนแรงก็ตาม

สาธารณรัฐเชโกสโลวะเกียที่ 3 กินเวลาตั้งแต่เดือนเมษายน พ.ศ. 2488 ถึงกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2491 เป็นตัวแทนของช่วงเวลาสั้น ๆ ของการฟื้นฟูและรัฐบาลผสมในเชโกสโลวะเกียหลัง สงครามโลกครั้งที่สอง ภายใต้ประธานาธิบดีเอ็ดวาร์ด เบเนช รัฐบาลได้รับการสถาปนาขึ้นใหม่โดยมีพรมแดนก่อนสงคราม แม้ว่า สหภาพโซเวียต จะยืนกรานที่จะผนวกคาร์เพเทียน รูเธเนียก็ตาม ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2488 รัฐบาลแนวร่วมแห่งชาติชุดใหม่ได้ก่อตั้งขึ้นภายใต้โครงการโคชิตเซ ไม่รวมพรรคอนุรักษ์นิยม และเป็นตัวแทนจำนวนมากแก่พรรคคอมมิวนิสต์เชโกสโลวะเกีย (KSŠ) ซึ่งนำโดยเคลมองต์ ก็อตต์วัลด์ ในตอนแรก แนวร่วมดูเหมือนเป็นประชาธิปไตย โดยมีพรรคสังคมนิยมและพรรคสายกลางผสมปนเปกัน

ตลอดปี พ.ศ. 2489 KSŠ มีอิทธิพลมากขึ้น โดยได้รับความช่วยเหลือจากการสนับสนุนจากสาธารณะอย่างกว้างขวางสำหรับสหภาพโซเวียตในฐานะผู้ปลดปล่อยเชโกสโลวะเกียในช่วงสงคราม ในการเลือกตั้งเดือนพฤษภาคม คอมมิวนิสต์ได้รับคะแนนเสียงมากที่สุดในภูมิภาคเช็ก แม้ว่าพรรคประชาธิปไตยสโลวักจะชนะในสโลวาเกียก็ตาม การทำเช่นนี้ทำให้คอมมิวนิสต์สามารถควบคุมกระทรวงสำคัญต่างๆ ได้ โดยเฉพาะกระทรวงที่ดูแลตำรวจและกองกำลังรักษาความปลอดภัย ซึ่งจะช่วยอำนวยความสะดวกในการรวมอำนาจในเวลาต่อมา

ความตึงเครียดเพิ่มสูงขึ้นในปี พ.ศ. 2490 หลังจากที่รัฐบาลเชโกสโลวักแสดงความสนใจในการเข้าร่วมแผนมาร์แชลล์ ซึ่งเป็นความเคลื่อนไหวที่ต่อต้านโดยมอสโก ผู้นำKSŠกลับทิศทาง ภายใต้แรงกดดันของสหภาพโซเวียต และเปิดตัวแคมเปญโฆษณาชวนเชื่อที่เตือนถึง "ภัยคุกคามเชิงปฏิกิริยา" ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2491 พรรคคอมมิวนิสต์เริ่มเข้ามาแทนที่ผู้ที่ไม่ใช่คอมมิวนิสต์ภายในกองกำลังตำรวจ ซึ่งทำให้รัฐบาลผสมตึงเครียดมากขึ้น วิกฤตการณ์ทางการเมืองปะทุขึ้นเมื่อรัฐมนตรีที่ไม่ใช่คอมมิวนิสต์ลาออก โดยคาดหวังว่าเบเนชจะปฏิเสธการลาออกและจัดการเลือกตั้งใหม่ แต่ในที่สุดเบเนชกลับยอมทำตามข้อเรียกร้องของก็อตต์วาลด์สำหรับรัฐบาลใหม่ที่นำโดยคอมมิวนิสต์ โดยกลัวว่าโซเวียตจะเข้ามาแทรกแซง สิ่งนี้ถือเป็นการยึดอำนาจของพรรคคอมมิวนิสต์ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2491 ซึ่งยุติสาธารณรัฐที่ 3 อย่างมีประสิทธิภาพ และนำไปสู่ยุคการปกครองของคอมมิวนิสต์ที่จะครอบงำภูมิทัศน์ทางการเมืองของเชโกสโลวะเกียไปอีกสี่ทศวรรษข้างหน้า

สาธารณรัฐสังคมนิยมเชโกสโลวะเกีย (CSSR) ซึ่งก่อตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการหลังการรัฐประหารของคอมมิวนิสต์ในปี พ.ศ. 2491 เป็นรัฐสังคมนิยมของเชโกสโลวะเกียภายใต้อิทธิพลของสหภาพโซเวียต ยุคนี้เริ่มต้นด้วยรัฐธรรมนูญฉบับที่ 9 พฤษภาคมในปี 1948 ซึ่งผนึกกำลังครอบงำพรรคคอมมิวนิสต์ภายใต้ผู้นำอย่าง Klement Gottwald และต่อมา Antonín Novotný หลังจากการเติบโตทางเศรษฐกิจในช่วงแรก ŠSSR เผชิญกับความท้าทายตามปกติของเศรษฐกิจแบบสั่งการ: ความไร้ประสิทธิภาพการผลิต การขาดแคลนสินค้าอุปโภคบริโภค และการพึ่งพาทรัพยากรนำเข้าของสหภาพโซเวียต

ช่วงเวลาสำคัญช่วงหนึ่งในประวัติศาสตร์ของ CISSR คือฤดูใบไม้ผลิแห่งกรุงปรากปี 1968 ซึ่งในระหว่างนั้นผู้นำนักปฏิรูป อเล็กซานเดอร์ ดุบเชก ได้แนะนำการปฏิรูปเสรีนิยมเพื่อส่งเสริม "ลัทธิสังคมนิยมที่มีหน้าตาเป็นมนุษย์" อย่างไรก็ตาม การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ถูกระงับเนื่องจากการรุกรานของสนธิสัญญาวอร์ซอ ซึ่งนำไปสู่ช่วงเวลา "การฟื้นฟู" ภายใต้การนำของกุสตาฟ ฮูซัค ซึ่งจำกัดเสรีภาพและเพิ่มการเซ็นเซอร์และการสอดแนมอย่างเข้มข้น ในช่วงเวลานี้ ขบวนการผู้ไม่เห็นด้วยใต้ดินที่นำโดยบุคคลสำคัญอย่างวาตซลาฟ ฮาเวล ได้รับอิทธิพลจากการเรียกร้องสิทธิที่มากขึ้น แม้ว่าผู้เห็นต่างจะถูกจำคุกและถูกจำกัดการจ้างงานก็ตาม

ในช่วงทศวรรษที่ 1980 ความไม่พอใจกับนโยบายปราบปรามของ CISSR และเศรษฐกิจที่ซบเซาทวีความรุนแรงมากขึ้น ในปี 1989 การปฏิวัติกำมะหยี่ ซึ่งเป็นขบวนการประท้วงอย่างสันติ นำไปสู่การล่มสลายของการปกครองของคอมมิวนิสต์ และVáclav Havel ขึ้นเป็นประธานาธิบดี ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2533 ŠSSR ได้เปลี่ยนชื่อเป็นสหพันธ์สาธารณรัฐเช็กและสโลวัก ซึ่งส่งสัญญาณถึงการเปลี่ยนผ่านสู่ระบบประชาธิปไตยแบบหลายพรรค และเป็นจุดสิ้นสุดการปกครองของพรรคคอมมิวนิสต์

Prague Spring ซึ่งเป็นขบวนการปฏิรูปการเมืองและสังคมในปี 1968 เชโกสโลวะเกีย นำโดย Alexander Dubček ซึ่งกลายเป็นเลขาธิการคนที่หนึ่งของพรรคคอมมิวนิสต์โดยสัญญาว่าจะ "สังคมนิยมที่มีใบหน้าเป็นมนุษย์" Dubček มีเป้าหมายที่จะแนะนำการเปิดเสรีที่สำคัญ—เสรีภาพของสื่อ การปฏิรูปเศรษฐกิจ และการรวมศูนย์เพื่อให้มีการปกครองตนเองมากขึ้นในหมู่สาธารณรัฐเช็กและสโลวัก ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2511 เขาได้เปิดตัว "โครงการปฏิบัติการ" ซึ่งสนับสนุนให้มีการอภิปรายอย่างเปิดเผย ลดอิทธิพลของตำรวจลับ และส่งเสริมสินค้าอุปโภคบริโภค โดยมีวิสัยทัศน์ระยะยาวสำหรับการเลือกตั้งตามระบอบประชาธิปไตยในที่สุด

ความพยายามที่จะสร้างรัฐสังคมนิยมที่เปิดกว้างมากขึ้นนี้ต้องเผชิญกับความกังวลที่เพิ่มขึ้นจากผู้นำ สหภาพโซเวียต และกลุ่มตะวันออก ซึ่งเกรงว่าการปฏิรูปจะทำให้สนธิสัญญาวอร์ซอไม่มั่นคง แม้ว่าDubčekจะพยายามรับรองความภักดีของโซเวียตในเชโกสโลวาเกียต่อลัทธิสังคมนิยม แต่สถานการณ์ก็ทวีความรุนแรงขึ้น ในคืนวันที่ 20-21 สิงหาคม พ.ศ. 2511 กองกำลังสนธิสัญญาวอร์ซอบุกเชโกสโลวาเกียโดยมีทหารมากกว่า 200,000 นายและรถถังหลายพันคัน ส่งผลให้กรุงปรากสปริงสิ้นสุดลงอย่างมีประสิทธิภาพ แม้ว่าจะพบกับการต่อต้านแบบไม่ใช้ความรุนแรงเป็นส่วนใหญ่ แต่การรุกรานดังกล่าวทำให้มีผู้เสียชีวิตจำนวนมากและการจับกุมDubčekและพันธมิตรของเขา

หลังจากการรุกราน Dubček ถูกถอดออกจากอำนาจ และช่วงเวลาของ "การฟื้นฟู" เริ่มต้นขึ้นภายใต้ Gustáv Husák ซึ่งถอยกลับการปฏิรูปเกือบทั้งหมด โดยสถาปนาการเซ็นเซอร์ที่เข้มงวดและการควบคุมพรรคคอมมิวนิสต์อีกครั้ง การรุกรานทำให้เกิดผลกระทบที่ยั่งยืน ทำให้เกิดความท้อแท้กับลัทธิคอมมิวนิสต์สไตล์โซเวียตทั่วยุโรปตะวันออก และกระตุ้นให้เกิดการเคลื่อนไหวเพื่อการปฏิรูปในเวลาต่อมา

บทสุดท้ายของประวัติศาสตร์เชโกสโลวะเกียเริ่มต้นด้วยการปฏิวัติกำมะหยี่ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2532 ซึ่งยุติการปกครองของคอมมิวนิสต์อย่างสงบในช่วงสี่ทศวรรษ การเปลี่ยนผ่านสู่ประชาธิปไตยเริ่มขึ้นท่ามกลางการเปลี่ยนแปลงในระดับภูมิภาคโดยได้รับแรงบันดาลใจจากการปฏิรูปของมิคาอิล กอร์บาชอฟในสหภาพโซเวียต ซึ่งทำให้การควบคุมของคอมมิวนิสต์ในยุโรปตะวันออกอ่อนแอลง ภายใต้ผู้นำเชโกสโลวาเกีย Gustáv Husák การปฏิรูปต่างๆ ได้รับการยอมรับอย่างระมัดระวัง แต่ความไม่พอใจต่อเสรีภาพที่จำกัดและการปราบปรามทางการเมืองยังคงคุกรุ่นอยู่ โดยเห็นได้ชัดในการประท้วง เช่น การสาธิตเทียนในบราติสลาวาในปี 1988

การปฏิวัติกำมะหยี่จุดชนวนเมื่อวันที่ 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2532 เมื่อตำรวจปราบปรามการประท้วงอย่างสันติของนักศึกษาในกรุงปรากอย่างไร้ความปราณี การประท้วงเพิ่มสูงขึ้นทั่วประเทศ โดยมีสาเหตุมาจากเสียงโห่ร้องของประชาชนเกี่ยวกับความรุนแรงของตำรวจ ตลอดสองสัปดาห์ต่อจากนี้ คลื่นของการประท้วงดึงดูดชาวเชโกสโลวาเกียหลายแสนคน พรรคคอมมิวนิสต์ตระหนักถึงความอ่อนแอของตนอย่างรวดเร็ว และในวันที่ 24 พฤศจิกายน ผู้นำทั้งหมด รวมทั้งมิโลช เจเกส ก็ก้าวลงจากตำแหน่ง ภายในไม่กี่วัน สมัชชากลางได้แก้ไขรัฐธรรมนูญเพื่อลบบทบัญญัติที่รับประกันการครอบงำของพรรคคอมมิวนิสต์

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2532 ฮูซัคสาบานในรัฐบาลผสมกับรัฐมนตรีที่ไม่ใช่คอมมิวนิสต์ และในไม่ช้าก็ลาออกจากตำแหน่งประธานาธิบดี เชโกสโลวะเกียจัดการเลือกตั้งโดยเสรีครั้งแรกนับตั้งแต่ปี พ.ศ. 2489 ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2533 โดยที่ Civic Forum (ในสาธารณรัฐเช็ก) และ Public Against Violence (ในสโลวาเกีย) ได้รับการควบคุมอย่างถล่มทลาย นำมาซึ่งการเปลี่ยนแปลงอย่างลึกซึ้งของรัฐบาล อย่างไรก็ตาม การเคลื่อนไหวทั้งสองพบว่าการปกครองทำได้ยาก เนื่องจากก่อตั้งขึ้นเพื่อเป็นพันธมิตรต่อต้านคอมมิวนิสต์ในวงกว้าง แทนที่จะเป็นพรรคการเมืองที่สอดคล้องกัน ภายในปี 1991 พรรคการเมืองใหม่เกิดขึ้นจากการล่มสลายของ Civic Forum รวมถึงพรรค Civic Democratic Party ภายใต้การนำของ Václav Klaus ซึ่งกลายเป็นบุคคลสำคัญในการเมืองของประเทศ

ช่วงปี พ.ศ. 2532-2535 ถือเป็นช่วงการเปลี่ยนแปลงสั้นๆ แต่เด็ดขาด เนื่องจากเชโกสโลวาเกียเปลี่ยนจากลัทธิคอมมิวนิสต์ไปสู่ประชาธิปไตย อย่างไรก็ตาม ความแตกต่างทางวัฒนธรรมและการเมืองที่มีมาอย่างยาวนานระหว่างเช็กและสโลวาเกียเริ่มโดดเด่นขึ้น โดยเป็นเหตุให้เชโกสโลวาเกียสลายตัวเป็นสาธารณรัฐเช็กและสโลวาเกียอย่างสันติในวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2536

การยุบเชโกสโลวาเกีย ซึ่งมักเรียกว่า "การหย่ากำมะหยี่" ถือเป็นการยุติเอกภาพของประเทศอย่างสันติเมื่อวันที่ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2535 โดยแบ่งสหพันธรัฐออกเป็นสองรัฐเอกราช ได้แก่ สาธารณรัฐเช็กและสโลวาเกีย เหตุการณ์นี้เกิดขึ้นหลังจาก "การปฏิวัติกำมะหยี่" เมื่อปี 1989 ซึ่งได้เปลี่ยนเชโกสโลวาเกียจากการปกครองแบบคอมมิวนิสต์ไปสู่ประชาธิปไตยอย่างสันติ แม้ว่าพลเมืองจำนวนมากในทั้งสองสาธารณรัฐหวังที่จะรักษารัฐที่เป็นเอกภาพ แต่แรงกดดันทางการเมืองและความทะเยอทะยานทางเศรษฐกิจและชาตินิยมที่แตกต่างกันทำให้เกิดความแตกแยก

ในปี 1992 รัฐสภาสโลวักประกาศเอกราช และเคลาส์และเมชิอาร์ก็ตกลงที่จะดำเนินการยุบสภาต่อไป สมัชชากลางผ่านร่างกฎหมายในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2535 ซึ่งสรุปการแบ่งส่วน โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 31 ธันวาคม ทรัพย์สิน ทรัพย์สิน และทรัพยากรของรัฐบาลกลางถูกแบ่งออก โดยทั่วไปในอัตราส่วน 2:1 สะท้อนถึงความสมดุลของประชากรเช็กต่อสโลวัก โครูนาเชโกสโลวักเริ่มแรกทำหน้าที่เป็นสกุลเงินที่ใช้ร่วมกัน แต่ความกังวลทางเศรษฐกิจทำให้ทั้งสองประเทศต้องออกสกุลเงินแยกกันภายในไม่กี่เดือน

แผนกดังกล่าวส่งผลกระทบต่อเศรษฐกิจของทั้งสองประเทศ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงแรก เนื่องจากความสัมพันธ์ทางธุรกิจแบบดั้งเดิมจำเป็นต้องปรับตัวให้เข้ากับนโยบายการค้าระหว่างประเทศ อย่างไรก็ตาม ทั้งสองประเทศมีการเติบโตอย่างต่อเนื่อง และในช่วงกลางทศวรรษ 2000 เศรษฐกิจของสโลวาเกียยังแซงหน้าสาธารณรัฐเช็ก ส่วนหนึ่งเนื่องมาจากการปฏิรูปเศรษฐกิจและการยอมรับเงินยูโรของสโลวาเกียในปี 2009 สาธารณรัฐเช็กยังคงรักษาโครูนาไว้ แม้ว่าจะคาดว่าจะนำเงินยูโรมาใช้ ยูโรในอนาคต

หลังจากการแตกแยก แต่ละสาธารณรัฐได้ให้เกียรติสนธิสัญญาระหว่างประเทศของเชโกสโลวาเกียและเข้าร่วมกับสหประชาชาติในฐานะหน่วยงานที่แยกจากกันในปี พ.ศ. 2536 ความเป็นพลเมืองถูกกำหนดโดยถิ่นที่อยู่ สถานที่เกิด และเกณฑ์อื่นๆ โดยแต่ละบุคคลจะมีตัวเลือกในการยื่นขอสัญชาติในอีกประเทศหนึ่ง การเคลื่อนไหวข้ามพรมแดนยังคงเปิดอยู่ และทั้งสองประเทศได้เข้าร่วมสหภาพยุโรปในปี พ.ศ. 2547 และเขตเชงเก้นในปี พ.ศ. 2550 เพื่ออำนวยความสะดวกในการเคลื่อนย้ายและการค้าอย่างเสรีต่อไป

The Velvet Divorce โดดเด่นในฐานะรูปแบบการแยกกันอยู่อย่างสันติและให้ความร่วมมือ ซึ่งตรงกันข้ามกับการเลิกรากันอย่างรุนแรงในรัฐหลังคอมมิวนิสต์อื่นๆ ในขณะที่แต่ละประเทศเผชิญกับความท้าทายทางเศรษฐกิจในช่วงแรก ทั้งสองประเทศได้รับประโยชน์จากช่วงเวลาของการเติบโตอย่างรวดเร็ว การรวมตัวของสหภาพยุโรป และเสถียรภาพทางการเมือง การแยกจากกันนี้ทำให้สโลวาเกียและสาธารณรัฐเช็กสามารถพัฒนาอัตลักษณ์ที่แตกต่างในขณะที่ยังคงรักษาความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดและความร่วมมือผ่านความร่วมมือในยุโรปและกลุ่มVisegrád

การปฏิวัติกำมะหยี่ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2532 นำเชโกสโลวาเกียกลับคืนสู่ระบอบประชาธิปไตยเสรีนิยม และในไม่ช้า จิตวิญญาณแห่งอิสรภาพก็ได้จุดประกายแรงบันดาลใจใหม่ของชาติสโลวัก ความตึงเครียดเกิดขึ้นใน "สงครามยัติภังค์" ปี 1990 ซึ่งเป็นการถกเถียงเรื่องชื่อประเทศที่ตอกย้ำความแตกต่างระหว่างเช็กและสโลวักที่เพิ่มมากขึ้น ในช่วงหลายปีต่อมา ความแตกต่างเหล่านี้นำไปสู่ข้อตกลงโดยสันติในการยุบสหพันธรัฐ และในวันที่ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2535 เชโกสโลวะเกียก็แยกออกเป็นสาธารณรัฐเช็กและสโลวาเกียที่เป็นอิสระ

ทั้งสองประเทศเริ่มดำเนินการปฏิรูปเศรษฐกิจ การแปรรูป และการเปลี่ยนผ่านสู่ระบบเศรษฐกิจแบบตลาด ความสำเร็จของสาธารณรัฐเช็กได้รับการยอมรับในระดับสากล ภายในปี พ.ศ. 2549 ธนาคารโลกจัดให้เป็น "ประเทศที่พัฒนาแล้ว" และต่อมาได้รับการจัดอันดับ "การพัฒนามนุษย์ที่สูงมาก" จากสหประชาชาติ ในขณะที่มีการปรับทิศทางทางเศรษฐกิจและการเมือง สาธารณรัฐเช็กได้เข้าร่วมกับกลุ่มVisegrád, OECD (1995), NATO (1999), สหภาพยุโรป (2004) และพื้นที่เชงเก้น (2007)

ตั้งแต่กลางคริสต์ทศวรรษ 1990 จนถึงปี 2017 การเมืองของเช็กสลับกันระหว่างพรรคโซเชียลเดโมแครตกลางซ้ายและพรรคซีวิคเดโมแครตกลางขวา แต่ในปี 2017 ขบวนการประชานิยม ANO 2011 ซึ่งนำโดยมหาเศรษฐี Andrej Babiš ได้รับส่วนแบ่งคะแนนเสียงมากที่สุด Babišกลายเป็นนายกรัฐมนตรีภายใต้ประธานาธิบดี Miloš Zeman แต่พ่ายแพ้อย่างหวุดหวิดในปี 2021 ในปีนั้น Petr Fiala จากพรรค Civic Democratic Party ได้จัดตั้งรัฐบาลผสมร่วมกับ SPOLU (พันธมิตรรวมทั้งพรรคของเขาเองด้วย) และพันธมิตร Pirates and Mayors

ในปี 2023 นายพลปีเตอร์ พาเวลที่เกษียณอายุแล้ว เข้ามารับตำแหน่งต่อจากซีมานในตำแหน่งประธานาธิบดี เพื่อตอบโต้การรุกราน ยูเครน โดยรัสเซียในปี 2022 สาธารณรัฐเช็กรับผู้ลี้ภัยชาวยูเครนเกือบครึ่งล้านคน ซึ่งเป็นหนึ่งในอัตราต่อหัวที่สูงที่สุดทั่วโลก ซึ่งสอดคล้องกับพันธมิตรระดับภูมิภาคและสหภาพยุโรปเพิ่มเติม