Året för Temüjins födelse är omtvistat, eftersom historiker föredrar olika datum: 1155, 1162 eller 1167. Vissa traditioner placerar hans födelse i Grisens år, som antingen var 1155 eller 1167. Även om en datering till 1155 stöds av skrifterna från både Zhao Hong och Rashid al-Din, andra viktiga källor som Yuans historia och Shengwu gynnar år 1162. Dateringen från 1167, som favoriserats av Paul Pelliot, kommer från en mindre källa – en text av Yuan-konstnären Yang Weizhen – men är mer förenlig med händelserna i Djingis Khans liv än en placering 1155, vilket antyder att han inte fick barn förrän efter trettio års ålder och fortsatte aktiva kampanjer in i sitt sjunde decennium. 1162 är fortfarande det mest accepterade datumet; historikern Paul Ratchnevsky noterar att Temüjin själv kanske inte kände till sanningen. Platsen för Temüjins födelse diskuteras på liknande sätt: den hemliga historien visar hans födelseplats som Delüün Boldog vid Ononfloden, men denna har placerats antingen vid Dadal i Khentii-provinsen eller i södra Agin-Buryat Okrug, Ryssland.
Temüjin föddes i klanen Borjigin av den mongoliska stammen till Yesügei, en hövding som hävdade härkomst från den legendariske krigsherren Bodonchar Munkhag, och hans främsta hustru Hö'elün, ursprungligen av klanen Olkhonud, som Yesügei hade fört bort från sin Merkit-brudgum Chiledu. Ursprunget till hans födelsenamn är ifrågasatt: de tidigaste traditionerna säger att hans far just hade återvänt från en framgångsrik kampanj mot tatarerna med en fånge vid namn Temüchin-uge, efter vilken han döpte den nyfödda för att fira sin seger, medan senare traditioner lyft fram roten temür (som betyder 'järn') och koppla till teorier om att "Temüjin" betyder 'smed'. Yesügei och Hö'elün hade tre yngre söner efter Temüjin: Qasar, Hachiun och Temüge, samt en dotter, Temülen. Temüjin hade också två halvbröder, Behter och Belgutei, från Yesügeis andra fru Sochigel, vars identitet är osäker. Syskonen växte upp i Yesugeis huvudläger på stranden av Onon, där de lärde sig att rida en häst och skjuta båge.
När Temüjin var åtta år gammal bestämde sig Yesügei för att trolova honom med en lämplig tjej. Han tog sin arvtagare till Hö'elüns prestigefyllda Onggirat-stam, som hade gift sig med mongolerna vid många tidigare tillfällen. Där arrangerade han en trolovning mellan Temüjin och Börte, dotter till en Onggirat-hövding vid namn Dei Sechen. Eftersom trolovningen betydde att Yesügei skulle få en mäktig bundsförvant, och eftersom Börte beordrade ett högt brudpris, hade Dei Sechen den starkare förhandlingspositionen och krävde att Temüjin skulle stanna kvar i hans hushåll för att arbeta av sin framtida skuld. Yesügei accepterade detta villkor och begärde en måltid från ett gäng tatarer som han mötte när han red hemåt ensam, och förlitade sig på stäpptraditionen av gästfrihet mot främlingar. Men tatarerna kände igen sin gamla fiende och smet in gift i hans mat. Yesügei blev gradvis sjuk men lyckades återvända hem; nära döden bad han en pålitlig vaktmästare vid namn Münglig att hämta Temüjin från Onggirat. Han dog strax efter.
Vid åtta års ålder trolovades Temüjin av sin far Yesügei med Börte, dotter till Onggirat-hövdingen Dei Sechen, för att säkra en allians genom äktenskap. Detta förbund tvingade Temüjin att stanna hos Onggirats och uppfylla sina skyldigheter gentemot sin framtida bruds familj. På sin återresa kom Yesügei, förgiftad av tatarer han mötte, knappt hem innan han dukade av för giftet. Innan han dog, ordnade han att Temüjin hämtades från Onggiraterna genom en lojal kvarhållare, Münglig.