Почетком 21. века, Сингапур се суочио са неколико значајних изазова, пре свега са избијањем САРС-а 2003. и растућом претњом тероризма.Године 2001. осујећена је алармантна завера усмерена на амбасаде и кључну инфраструктуру, што је довело до хапшења 15 припадника Јемаах Исламииах.Овај инцидент је подстакао увођење свеобухватних мера против тероризма у циљу откривања, превенције и ублажавања штете.Истовремено, национална економија је остала релативно стабилна, са просечним месечним приходима домаћинства у 2003. пријављеним на 4.870 СГД.Године 2004. Ли Хсиен Лоонг, најстарији син Ли Куан Јуа, попео се на позицију трећег премијера Сингапура.Под његовим вођством, предложено је и спроведено неколико трансформативних националних политика.Значајно је да је трајање обуке у Националној служби скраћено са две и по године на две у 2005. Влада је такође покренула програм „Смањивање бирократије“, активно тражећи повратне информације од грађана о низу питања, од правних оквира до друштвених брига.Општи избори 2006. означили су значајну прекретницу у политичком пејзажу Сингапура, пре свега због невиђеног утицаја интернета и блоговања, који су остали нерегулисани од стране владе.У стратешком потезу непосредно пред изборе, влада је поделила готовински бонус "прогрес пакет" свим одраслим грађанима, у укупном износу од 2,6 милијарди СГД.Упркос великом одзиву на митинзима опозиције, владајућа Партија народне акције (ПАП) задржала је своје упориште, обезбедивши 82 од 84 места и сакупивши 66 одсто гласова.Однос Сингапура са Малезијом након стицања независности био је замршен, често карактерисан несугласицама, али подвученим узајамним ослањањем.Као чланице АСЕАН-а, обе нације признају своје заједничке регионалне интересе.Ова међузависност је додатно наглашена зависношћу Сингапура од Малезије за значајан део водоснабдевања.Иако су се обе земље повремено укључивале у вербалне препирке због својих дивергентних путања након стицања независности, на срећу су се клониле тешких сукоба или непријатељстава.