Председништво Первеза Мушарафа од 1999. до 2007. означило је први пут да су либералне снаге имале значајну власт у Пакистану.Уведене су иницијативе за економску либерализацију, приватизацију и слободу медија, при чему је извршни директор Ситибанке Шаукат Азиз преузео контролу над економијом.Мушарафова влада дала је амнестију политичким радницима из либералних партија, стављајући по страни конзервативце и левичаре.Мушараф је значајно проширио приватне медије, са циљем да се супротстави културном утицају Индије.Врховни суд је наредио опште изборе до октобра 2002, а Мушараф је подржао америчку инвазију на Авганистан 2001. Тензије са Индијом око Кашмира довеле су до војног сукоба 2002. године.Мушарафов референдум из 2002. године, који се сматра контроверзним, продужио је његов председнички мандат.На општим изборима 2002. либерали и центристи су освојили већину, формирајући владу уз Мушарафову подршку.17. амандман на пакистански устав ретроактивно је легитимисао Мушарафове поступке и продужио његово председништво.Шаукат Азиз је постао премијер 2004. године, фокусирајући се на економски раст, али се суочио са противљењем социјалним реформама.Мушараф и Азиз су преживели неколико покушаја атентата повезаних са Ал Каидом.На међународном плану, оптужбе за ширење нуклеарног оружја нарушиле су њихов кредибилитет.Домаћи изазови укључивали су сукобе у племенским областима и примирје са талибанима 2006. године, иако је секташко насиље и даље трајало.