1958. пакистански парламентарни систем је окончан увођењем ванредног стања.Разочарење јавности корупцијом у цивилној бирократији и администрацији довело је до подршке акцијама генерала Ајуба Кана.^[16] Војна влада је предузела значајне земљишне реформе и спровела Наредбу о дисквалификацији изборних тела, забрањујући ХС Сухравардију јавну функцију.Кан је увео „Основну демократију“, нови председнички систем где је бирачки колеџ од 80.000 бирао председника и прогласио устав из 1962. године.^[17] Године 1960. Ајуб Кан је добио подршку народа на националном референдуму, прелазећи са војне на уставну цивилну владу.^[16]Значајан развој догађаја током председавања Ајуба Кана укључивао је измештање инфраструктуре главног града из Карачија у Исламабад.Ова ера, позната као „Велика деценија“, слави се због свог економског развоја и културних промена, ^[18] укључујући успон поп музике, филма и драмске индустрије.Ајуб Кан је повезао Пакистан са Сједињеним Државама и западним светом, придруживши се Централној организацији уговора (ЦЕНТО) и Организацији споразума југоисточне Азије (СЕАТО).Приватни сектор је растао, а земља је напредовала у образовању, људском развоју и науци, укључујући покретање свемирског програма и наставак програма нуклеарне енергије.^[18]Међутим, инцидент са шпијунским авионом У2 1960. године разоткрио је тајне америчке операције из Пакистана, компромитујући националну безбедност.Исте године Пакистан је потписао споразум о водама Инда са Индијом ради нормализације односа.^[19] Односи са Кином су ојачали, посебно након кинеско-индијског рата, што је довело до споразума о границама 1963. који је променио динамику хладног рата .1964. пакистанске оружане снаге су угушиле наводну прокомунистичку побуну у Западном Пакистану, а 1965. Ајуб Кан је тесно победио на контроверзним председничким изборима против Фатиме Џина.