Године 1511. Малака је пала у руке Португалаца и султан Махмуд Шах је био приморан да побегне из Малаке.Султан је неколико пута покушао да поврати престоницу, али су његови напори били безуспешни.Португалци су узвратили и натерали султана да побегне у Паханг.Касније је султан допловио у Бинтан и тамо основао нову престоницу.Са успостављеном базом, султан је окупио поремећене малајске снаге и организовао неколико напада и блокада португалског положаја.Са седиштем у Пекан Туа, Сунгаи Телур, Џохор, Џохор Султанат је основао Раја Али Ибни Султан Махмуд Мелака, познат као Султан Алауддин Риаиат Схах ИИ (1528–1564), 1528. ^[53] Иако султан Алауддин Риаиат Схах и његов наследник Морали су да се изборе са нападима Португалаца у Малаки и Ацехнезана на Суматри, успели су да одрже власт над султанатом Џохор.Чести напади на Малаку изазвали су португалске тешке потешкоће и помогли су да се Португалци убеде да униште прогнане султанове снаге.Било је неколико покушаја да се потисну Малајци, али тек 1526. Португалци су коначно сравнили Бинтан са земљом.Султан се затим повукао у Кампар на Суматри и умро две године касније.Иза себе је оставио два сина по имену Музаффар Схах и Алауддин Риаиат Схах ИИ.^[53] Музафар Шах је наставио да успоставља Перак док је Алаудин Ријат Шах постао први султан Џохора.^[53]