Раја Хијау, Зелена краљица, попела се на трон Патанија 1584. због недостатка мушких наследника.Признала је сијамски ауторитет и усвојила титулу перацау.Под њеном влашћу, која је трајала 32 године, Патани је напредовао, постајући културно средиште и истакнути трговачки центар.Кинески, малајски, сијамски, португалски, јапански, холандски и енглески трговци су посећивали Патани, доприносећи његовом економском расту.Кинески трговци су, посебно, одиграли кључну улогу у успону Патанија као трговачког центра, а европски трговци су Патани гледали као капију за кинеско тржиште.Након владавине Раја Хијауа, Патанијом је владао низ краљица, укључујући Раја Биру (Плава краљица), Раја Унгу (Љубичаста краљица) и Раја Кунинг (Жута краљица).Раја Биру је укључио Келантан Султанат у Патани, док је Раја Унгу формирао савезе и одупирао се сијамској доминацији, што је довело до сукоба са Сијамом.Владавина Раја Кунинга означила је пад Патанијеве моћи и утицаја.Тражила је помирење са Сијамцима, али је њену владавину обележила политичка нестабилност и пад трговине.До средине 17. века моћ краљица Патани је опала, а политички неред је захватио регион.Раја Кунинга је наводно свргнуо раја Келантана 1651. године, чиме је успостављена династија Келантана у Патанију.Регион се суочио са побунама и инвазијама, пре свега из Ајутаје.До краја 17. века, политички немири и безакоње обесхрабрили су стране трговце да тргују са Патанијом, што је довело до његовог опадања, како је описано у кинеским изворима.