Холандска Малака (1641–1825) била је најдужи период у коме је Малака била под страном контролом.Холанђани су владали скоро 183 године уз повремену британску окупацију током Наполеонових ратова (1795–1815).Ова ера је видела релативан мир са малим озбиљним прекидима од стране Малајских султаната због разумевања склопљеног између Холанђана и Султаната Џохора 1606. Ово време је такође означило пад значаја Малаке.Холанђани су преферирали Батавију (данашњу Џакарту) као свој економски и административни центар у региону, а њихово држање у Малаки требало је да спрече губитак града од других европских сила и, последично, конкуренцију која ће доћи са њим.Тако је у 17. веку, када је Малака престала да буде важна лука, Јохор Султанат је постао доминантна локална сила у региону због отварања својих лука и савеза са Холанђанима.