Последњи султан из Малаканске династије, Султан Махмуд Шах ИИ, био је познат по свом несталном понашању, које је у великој мери остало неконтролисано након смрти Бендехаре Хабиба и каснијег именовања Бендахаре Абдул Јалила.Ово понашање кулминирало је тако што је султан наредио погубљење племићке трудне жене због мањег прекршаја.Као одмазду, султана је убио оштећени племић, остављајући трон упражњеним 1699. Оранг Каји, султанови саветници, обратили су се Са Акар ДиРаји, Раџи Теменгонгу од Муара, који је предложио да Бендахара Абдул Џалил наследи трон.Међутим, сукцесија је наишла на извесно незадовољство, посебно код Оранг Лаута.Током овог периода нестабилности, две доминантне групе у Џохору — Буги и Минангкабау — виделе су прилику да преузму власт.Минангкабау је представио Рају Кецила, принца који тврди да је постхумни син султана Махмуда ИИ.Уз обећање богатства и моћи, Бугији су у почетку подржавали Рају Кецила.Међутим, Раја Кецил их је издао и крунисао се за султана Џохора без њиховог пристанка, због чега је претходни султан Абдул Џалил ИВ побегао и на крају био убијен.У знак одмазде, Бугији су удружили снаге са Раџом Сулејманом, сином султана Абдула Џалила ИВ, што је довело до свргавања Раје Кецила с престола 1722. Док се Раја Сулаиман попео на место султана, постао је под јаким утицајем Бугија, који су, у ствари, управљали Џохором.Током владавине султана Сулејмана Бадрула Алам Шаха средином 18. века, Буги су имали значајну контролу над администрацијом Џохора.Њихов утицај је порастао тако значајан да су се до 1760. различите породице Бугис удале у краљевску лозу Џохора, додатно учврстивши своју доминацију.Под њиховим вођством, Џохор је доживео економски раст, подржан интеграцијом кинеских трговаца.Међутим, крајем 18. века, Енгкау Муда из фракције Теменгонг је почео да преузима власт, постављајући темеље за будући просперитет султаната под вођством Теменгонга Абдула Рахмана и његових потомака.