Грци су се задржали на Пелопонезу до 1460. године, а Млечани и Ђеновљани су се држали неких острва, али почетком 16. века цела копнена Грчка и већина острва Егејског мора колонизовало је Отоманско царство , искључујући још неколико лучких градова. држали Млечани (Нафплио, Монемвасија, Парга и Метон најважнији од њих).Кикладска острва, усред Егејског мора, су званично припојена Османлијама 1579. године, иако су била под вазалним статусом од 1530-их.Кипар је пао 1571, а Млечани су задржали Крит до 1669. Османлије никада нису биле под влашћу Јонских острва, изузев Кефалоније (од 1479. до 1481. и од 1485. до 1500.), и остала су под влашћу Венецијанске Републике .На Јонским острвима је рођена модерна грчка државност, стварањем Републике седам острва 1800.Османска Грчка је била мултиетничко друштво.Међутим, савремени западни појам мултикултурализма, иако се на први поглед чини да одговара систему миллета, сматра се некомпатибилним са отоманским системом.Грци су с једне стране добили неке привилегије и слободу;са другим су били изложени тиранији која је проистекла из злоупотреба њеног административног особља над којом је централна влада имала само даљинску и непотпуну контролу.Када су Османлије стигли, догодиле су се две грчке миграције.Прва миграција подразумевала је миграцију грчке интелигенције у Западну Европу и утицај на појаву ренесансе.Друга миграција подразумевала је да су Грци напустили равнице грчког полуострва и преселили се у планине.Миллет систем је допринео етничкој кохезији православних Грка одвајањем различитих народа унутар Отоманског царства на основу религије.Грци који су живели у равницама током отоманске владавине били су или хришћани који су се носили са теретом туђинске владавине или криптохришћани (грчки муслимани који су били тајни практичари грчке православне вере).Неки Грци су постали криптохришћани да би избегли велике порезе и истовремено изразили свој идентитет одржавајући своје везе са Грчком православном црквом.Међутим, Грци који су прешли на ислам и нису били криптохришћани сматрани су „Турцима“ (муслиманима) у очима православних Грка, чак и ако нису усвојили турски језик.Османлије су владале већим делом Грчке до почетка 19. века.Прва самоуправна, од средњег века, хеленска држава успостављена је током Француских револуционарних ратова, 1800. године, 21 годину пре избијања грчке револуције у континенталној Грчкој.Била је то Септинска република са престоницом Крфом.