Француску експедицију на Египат , наводно да би подржала Отоманску Порту и сузбилаМамелуке , предводио је Наполеон Бонапарта.Бонапартин проглас у Александрији наглашавао је једнакост, заслуге и поштовање ислама, у супротности са наводним недостатком ових квалитета код Мамелука.Обећао је отворен приступ свим Египћанима за административна места и предложио збацивање папске власти како би се демонстрирао француска приврженост исламу.^[102]Међутим, Египћани су били скептични према француским намерама.Након француске победе у бици код Ембабеха (Битка код пирамида), где су снаге Мурад Бега и Ибрахим Бега поражене, у Каиру је формирано општинско веће које укључује шеике, мамелуке и француске чланове, које је углавном служило за спровођење француских декрета.^[102]Француска непобедивост је доведена у питање након пораза њихове флоте у бици на Нилу и неуспеха у Горњем Египту.Тензије су ескалирале увођењем кућног пореза, што је довело до побуне у Каиру у октобру 1798. Француски генерал Дипуи је убијен, али су Бонапарта и генерал Клебер брзо угушили устанак.Француска употреба џамије Ал-Азхар као штале изазвала је дубоку увреду.^[102]Бонапартова сиријска експедиција 1799. привремено је ослабила француску контролу у Египту.По повратку је поразио заједнички напад Мурад-бега и Ибрахим-бега, а касније је разбио турску војску код Абукира.Бонапарта је потом напустио Египат, постављајући Клебера за свог наследника.^[102] Клебер се суочио са несигурном ситуацијом.Након што су Британци блокирали првобитне договоре о француској евакуацији, Каиро је доживео немире, које је Клебер угушио.Преговарао је са Мурад Бејем, дајући му контролу над Горњим Египтом, али Клебер је убијен у јуну 1800. ^[102]Генерал Жак-Франсоа Мену је наследио Клебера, покушавајући да придобије наклоност муслимана, али је отуђио Египћане проглашењем француског протектората.Године 1801. енглеске и турске снаге искрцале су се код Абу Кира, што је довело до пораза Француза.Генерал Белијар је у мају предао Каиро, а Мену је капитулирао у Александрији у августу, окончавши француску окупацију.^[102] Трајно наслеђе француске окупације био је „Десцриптион де л'Египте“, детаљна студија о Египту коју су урадили француски научници, која је значајно допринела пољу египтологије.^[102]