Шемјака је владао неефикасно, није успео да привуче савезнике, а племство је почело да пребегне из Москве у Вологду.Василиј је такође успео да се удружи са казанским Татарима.Крајем 1446. године, када је Дмитриј Шемјака био у Волоколамску, војска Василија ИИ је ушла у Москву.Василиј је тада почео да јури Шемјаку.1447. тражили су мир, и пристали да прихвате надмоћ Василија.Ипак, Дмитриј Шемјака је наставио отпор, покушавајући да привуче савезнике и прикупи довољно велику војску за борбу против Василија.Године 1448. Василиј је започео војну акцију, која је обухватала углавном северне земље до Великог Устјуга и са неким прекидима настављена до 1452. године, када је Шемјака коначно поражен и побегао у Новгород.Ту је 1453. године отрован по директном Василијевом наређењу.Након тога, Василиј је успео да уклони све локалне кнезове који су раније подржавали Шемјаку.Можајска и Серпуховска кнежевина је ушла у састав Великог московског кнежевине.