На Куби, Покрет 26. јула, предвођен младим револуционарима Фиделом Кастром и Че Геваром, преузео је власт у Кубанској револуцији 1. јануара 1959. свргнувши председника Фулхенција Батисту, чијем непопуларном режиму је Ајзенхауерова администрација ускратила оружје.Иако је Фидел Кастро први одбио да своју нову владу категорише као социјалистичку и више пута је порицао да је комуниста, Кастро је именовао марксисте на високе владине и војне положаје.Најзначајније је да је Че Гевара постао гувернер Централне банке, а потом и министар индустрије.Дипломатски односи између Кубе и Сједињених Држава настављени су неко време након Батистиног пада, али председник Ајзенхауер је намерно напустио престоницу како би избегао сусрет са Кастром током његовог путовања у Вашингтон, ДЦ у априлу, остављајући потпредседнику Ричарду Никсону да води састанак уместо њега. .Куба је почела преговоре о куповини оружја од Источног блока у марту 1960. У марту те године Ајзенхауер је дао одобрење за планове и средства ЦИА за свргавање Кастра.У јануару 1961, непосредно пре него што је напустио функцију, Ајзенхауер је формално прекинуо односе са кубанском владом.Тог априла, администрација новоизабраног америчког председника Џона Ф. Кенедија организовала је неуспешну инвазију бродом на острво Плаја Гирон и Плаја Ларгу у провинцији Санта Клара – неуспех који је јавно понизио Сједињене Државе.Кастро је одговорио тако што је јавно прихватио марксизам-лењинизам, а Совјетски Савез се обавезао да ће пружити даљу подршку.У децембру је америчка влада започела кампању терористичких напада против кубанског народа и тајних операција и саботаже против администрације, у покушају да збаци кубанску владу.