Кенедијева администрација је наставила да тражи начине да збаци Кастра након инвазије на Залив свиња, експериментишући са различитим начинима прикривеног омогућавања свргавања кубанске владе.Значајне наде полагале су се на програм терористичких напада и других операција дестабилизације познатих као Операција Монгос, осмишљене под Кенедијевом администрацијом 1961. Хрушчов је за пројекат сазнао у фебруару 1962. и као одговор су предузете припреме за инсталирање совјетских нуклеарних пројектила на Куби.Узнемирен, Кенеди је размишљао о разним реакцијама.На постављање нуклеарних пројектила на Куби на крају је одговорио поморском блокадом и поставио ултиматум Совјетском Савезу .Хрушчов је одустао од конфронтације, а Совјетски Савез је уклонио ракете у замену за јавно америчко обећање да неће више вршити инвазију на Кубу, као и за тајни договор о уклањању америчких пројектила из Турске.Кастро је касније признао да бих "пристао на употребу нуклеарног оружја... узели смо здраво за готово да ће то ионако постати нуклеарни рат и да ћемо нестати."Кубанска ракетна криза (октобар–новембар 1962) приближила је свет нуклеарном рату него икада раније.Последице кризе довеле су до првих напора у трци у нуклеарном наоружању на нуклеарном разоружању и побољшању односа, иако је први споразум о контроли наоружања из хладног рата, Уговор о Антарктику, ступио на снагу 1961. године.Године 1964. Хрушчовљеве колеге из Кремља успеле су да га збаце, али су му дозволиле мирно пензионисање.Оптужен за грубост и некомпетентност, Џон Луис Гадис тврди да је Хрушчов такође био заслужан за уништавање совјетске пољопривреде, доводећи свет на ивицу нуклеарног рата и да је Хрушчов постао 'међународна срамота' када је одобрио изградњу Берлинског зида.