Президент Линкольн был разочарован выступлением Макклеллана.Он считал, что чрезмерно осторожные и плохо скоординированные действия Макклеллана на поле боя привели к ничьей, а не к сокрушительному поражению Конфедерации.Еще больше удивило президента то, что с 17 сентября по 26 октября, несмотря на неоднократные уговоры военного министерства и самого президента, Макклеллан отказался преследовать Ли через Потомак, сославшись на нехватку снаряжения и опасаясь перенапряжения своих сил.Генерал-главнокомандующий Генри У. Халлек писал в своем официальном отчете: «Долгое бездействие такой большой армии перед лицом побежденного врага и в наиболее благоприятное время года для быстрых движений и энергичной кампании было вопросом большое разочарование и сожаление».Линкольн освободил Макклеллана от командования Потомакской армией 5 ноября, фактически положив конец военной карьере генерала.9 ноября его сменил генерал Бернсайд.Результаты Antietam также позволили президенту Линкольну издать 22 сентября предварительную Прокламацию об освобождении, которая давала штатам Конфедерации срок до 1 января 1863 года для прекращения восстания или потери своих рабов.Хотя Линкольн намеревался сделать это ранее, госсекретарь Уильям Х. Сьюард на заседании кабинета министров посоветовал ему подождать, пока Союз одержит значительную победу, чтобы избежать впечатления, что это было сделано в отчаянии.Победа Союза и провозглашение Линкольна сыграли значительную роль в том, чтобы отговорить правительства Франции и Великобритании от признания Конфедерации;некоторые подозревали, что планировали сделать это после очередного поражения Союза.Когда эмансипация была связана с ходом войны, ни у одного из правительств не было политической воли противостоять Соединенным Штатам, поскольку они связывали поддержку Конфедерации с поддержкой рабства.Обе страны уже отменили рабство, и общественность не потерпела бы, чтобы правительство военным путем поддерживало суверенитет, отстаивающий идеалы рабства.