
În timpul iernii, una dintre navele flotei, Santiago, a fost pierdută într-o furtună în timp ce supraveghea apele din apropiere, deși niciun bărbat nu a fost ucis. După iarnă, flota și-a reluat căutarea unei treceri către Pacific în octombrie 1520. Trei zile mai târziu, au găsit un golf care i-a condus în cele din urmă către o strâmtoare, cunoscută acum sub numele de Strâmtoarea Magellan, care le-a permis trecerea către Pacific. În timp ce explora strâmtoarea, una dintre cele patru nave rămase, San Antonio, a părăsit flota, întorcându-se spre est, în Spania. Flota a ajuns în Pacific până la sfârșitul lunii noiembrie 1520. Pe baza înțelegerii incomplete a geografiei lumii la acea vreme, Magellan se aștepta la o scurtă călătorie în Asia, care poate dura doar trei sau patru zile. De fapt, traversarea Pacificului a durat trei luni și douăzeci de zile. Călătoria lungă le-a epuizat rezerva de hrană și apă și în jur de 30 de bărbați au murit, majoritatea de scorbut. Magellan însuși a rămas sănătos, poate din cauza rezervei personale de gutui conservate.